一园林绿化工程公司，既有园林绿化工程，也有花卉苗木种植销售，绿化工程用到的花卉苗木如何才能抵扣？企业可以开免税普票，能自己开给自己免税发票计算抵扣吗？如果从外部购入的苗木用于绿化工程，取得的免税普票能计算抵扣吗？如果能是按11%计算抵扣吗？有抵扣期限吗？
根据《增值税暂行条例》第八条第二款第三项、《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知—附件1：营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号）第二十五条第二款第三项以及《财政部 国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）的规定：购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算的进项税额。
即购进农产品允许抵扣进项税额的扣税凭证为：（1）增值税专用发票；（2）海关进口增值税专用缴款书；（3）农产品收购发票；（4）销售普通发票，农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的普通发票。
所以公司从企业外部购入的苗木，取得的增值税普通发票可以依据发票上注明的农产品买价和11%的抵扣率计算抵扣进项税额。根据《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2017年第11号）第十条的规定，自2017年7月1日起，增值税一般纳税人取得的2017年7月1日及以后开具的增值税专用发票和机动车销售统一发票，应自开具之日起360日内认证或登录增值税发票选择确认平台进行确认，并在规定的纳税申报期内，向主管国税机关申报抵扣进项税额。但其适用范围仅限于增值税专用发票和机动车销售统一发票，并不包括农产品免税销售发票，即公司取得的外部免税农产品销售发票无抵扣时限限制。
公司将自种花卉苗木用于自己的绿化工程，涉及到购进花卉苗木种苗时的进项税额抵扣问题，如果购进种苗用于花卉苗木种植，之后对外销售，因属于用于免税项目的购进货物，其进项税额不得抵扣，所以无论取得普通发票还是专用发票，均不得抵扣。如果花卉苗木用于绿化工程，属于用于应税项目，种苗的进项税额可以抵扣，且不得自开免税发票计算抵扣。
提别提醒1：按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额。
特别提醒2：将自种花卉苗木用于绿化工程，允许抵扣的进项税额较少，可以通过重构业务流程进行筹划，增加可抵扣的进项税额。
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