甲状腺癌的治疗方式因人而异，医生会依据每个病人的不同情况，采取相应的治疗方式。通常，主要治疗仍以接受开刀切除癌组织为主，对于容易转移或复发的病人，会于术后接受口服放射性碘-131治疗，追杀可能残留或已转移的癌细胞，之后终身服用甲状腺素，以维持身体正常机能所需，并防止癌细胞有机会落地生根，再来繁殖而危害身体。

1、外科手术切除：在全身麻醉下，在下颈部靠近锁骨这个部位，依水平方向切开，切除范围会依据癌细胞种类、大小、是否转移等而有所不同，一般可分为甲状腺全切除术（切除全部的甲状腺）、甲状腺次全切除术（保留一小部份的甲状腺不切）、小部分甲状腺切除术，切除时有时会因不慎伤及副甲状腺及喉返神经，造成副甲状腺功能低下及声带麻痹，别担心，一般来讲这是暂时性的。当甲状腺附近组织也受到癌细胞的侵害时，如淋巴结，也要尽量切除这些受侵害的部位，以避免复发。

a)甲状腺近全切除术：为了保留副甲状腺，通常会保留甲状腺癌另一侧甲状腺的包被，会配合放射线碘-131清除治疗。

b)甲状腺全切除术：切除全部的甲状腺，会合并做局部淋巴清除手术。虽说是甲状腺全切除，但因不易将残留的功能性组织完全去除，多配合放射线碘治疗来杀掉残余的甲状腺细胞，导致甲状腺激素无法分泌，接着出现甲状腺机能不足现象，必须终身补充甲状腺素（T4）。

2、口服放射线碘-131治疗：采口服方式吃下含放射性碘的胶囊，利用甲状腺中的癌细胞对碘的亲和力比别的组织高400～600倍之特质，将放射性碘只带入甲状腺中，进而破坏剩余的甲状腺组织，或未被发现的细微癌病变，以彻底清除癌组织，以达预防复发或转移的治疗目标。期间需定期做全身扫描及补充甲状腺贺尔蒙。

3、体外放射线治疗：以钴-60直线加速器所产生的放射线能量来破坏、杀害癌细胞。适用于远程转移发生，或以上治疗方法都无法控制癌细胞生长时。

4、服用甲状腺激素：适用于甲状腺全切除术后合并口服放射性碘-131服用者，藉由贺尔蒙药物补充，来替代甲状腺的功能，并避免甲状腺功能不足发生。