1.诊断检查：
1.1.克岁恩病的实验室检查：
1.1.1.血液检查：贫血、血沉增快、白细胞增多，严重者血清白蛋白、钾、钠、钙降低，凝血酶原时间延长，C-反应蛋白水平明显升高。
1.1.2.粪便检查;隐血试验阳性，有时可见红、白细胞。
1.2.克岁恩病的x线检查：胃肠钡餐、钡灌肠、气钡双重造影等检查，x线特征有：
1.2.1.肠管狭窄，呈“线样征”。
1.2.2.节段性肠道病变，呈“跳跃”现象。
1.2.3.病变黏膜皱襞粗乱、有裂隙状溃疡、呈鹅卵石症。
1.2.4.瘘管或窦道形成。
1.2.5.假息肉与肠梗阻的x线征象。
1.3.克岁恩病的结肠镜检查：纤维结肠镜可见整个结肠至回肠末端，可见病变呈节段性分布.病变肠段之间黏膜外观正常。可见纵行裂隙状溃疡、鹅卵石样改变、肠腔狭窄、炎性息肉等，组织活检有非干酪性肉芽肿形成及大量淋巴细胞聚集。
1.4.CT表现：肠壁增厚、肠管狭窄以及窦道、瘘管、腹腔脓肿形成。为诊断提供客观依据。
1.5.MRI：有助于瘘管或窦道、脓肿形成、肛门直肠周围病变的诊断。
2.诊断要点：
2.1.克岁恩病的临床诊断标准
2.1.1.克岁恩病的典型症状;
2.1.2.x线特征性改变，CT显示肠壁增厚的肠襻，盆腔或腹腔的脓肿;
2.1.3.内镜下的典型所见，或病理活检有非干酪样坏死性肉芽肿或大量淋巴细胞聚集。具备2.1.1.为临床可疑。若同时具备2.1.1.和2.1.2.或2.1.3.项之一，临床可拟诊为本病。
2.2.克岁恩病的病理诊断标准：
2.2.1.肠壁和肠系膜淋巴结无干酪样坏死;
2.2.2.镜下特点：a.节段性病变，全壁炎。b.裂隙样溃疡。c. 黏膜下层高度增宽(水肿、淋巴管血管扩张、纤维组织淋巴组织增生等所致)。d.淋巴细胞聚集。e.结节样肉芽肿。
具备2.2.1.和2.2.2.项中任何4点可确诊，基本具备病理诊断条件但无肠系膜淋巴结标本者为可疑。
3.鉴别诊断：
3.1. 急性阑尾炎：发生在回肠的急性克罗恩病应除外急性阑尾炎。
3.2. 溃疡性结肠炎：脓血黏液便多见，伴里急后重，较少发热，很少瘘管形成和舡周病变，x线钡灌肠或纤维结肠镜检查，病变主要累及直、乙状结肠，病变连续，溃疡浅，充血明显，无肉芽肿。
3.3.肠结核：常有肠外结核，病变多见于回盲部，瘘管及肛门直肠病变少见，结核菌素试验阳性。对鉴别有困难者，可先行抗结核治疗观察疗效。如手术探查见病变肠段与肠系膜淋巴结病病理检查有干酪性肉芽肿或结核杆菌可获确诊。
3.4.小肠恶性淋巴瘤：病程短，进展快，为进行性持续发作，x线检查病变范围广，呈不规则、较大的指压痕或充盈缺损。CT发现腹腔淋巴结肿大较支持小肠恶性淋巴瘤的诊断，必要时手术探查获病理诊断。
3.5.Behcet病：克岁恩病常因消化道溃疡而出现腹痛等症状，重者有肠出血、肠穿孔、瘘管形成等需鉴别。反复口腔溃疡为本病必备症状，反复外阴溃疡、眼炎、皮肤病变及内脏系统损害相继或同时出现，详细的病史和临床分析对诊断十分必要。
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