《史记》最早的刻本是淳化本，此本虽已失传，但其修补本依然流传，即刊于北宋仁宗景祐年间的十行本。此本是对淳化本的继承，含淳化本之旧，因刊行于景祐年间，故称其为景祐本。此本由原刻与补刻两部分构成，补刻部分刻于北宋政和年间。此本现藏台湾中央研究院历史语言研究所。景祐本在南宋初又经覆刻，现藏于北京图书馆的存四十卷本、一百三十卷本的原刻部分及藏于台湾中央图书馆的存一百二十六卷本即此本的覆刻本。
与景祐本互为前后刊刻的是十四行的杏雨藏本。此本刊刻于宋真宗景德年间，是在淳化本的基础上，经过刊校而重新开雕的刊本，与景祐本有同源的关系。此本原本已残，仅存六十九卷，现藏日本大阪杏雨书屋，故称其为杏雨藏本。此本于南宋绍兴间覆刻于杭州，覆刻本藏于北京图书馆，其中原版一百零二卷，其余为它本配初。十四行本《史记》在《史记》版本体系中占有重要地位，对后世本影响较大。今存十四行本有两种，一为上述杏雨藏本，一为刊于北宋仁宗嘉祐六年刊本。北宋仁宗嘉祐六年刊本存十四卷本藏北京图书馆，另有三卷(即《秦本纪》、《秦始皇本纪》、《项羽本纪》)存于北京大学图书馆藏南宋建刊《史记集解》本中，与杏雨藏本属同一系统，其与失传的蜀刻小字本似有渊源。
上述三本是今仅存的北宋本。杏雨藏本与景祐本皆祖淳化本，是同源而分流，二本差异并不很明显，后世本分别对二本有所继承，故在《史记》版本中占有重要地位，对勘正后世本的讹误具有极高价值。
南宋本《史记》除去覆刻北宋本外，有十二行的建安朱中奉刊本。此本为私刻《史记》之首，其版本特点与杏雨藏本为近，但并不是对杏雨藏本的全部继承，而是以杏雨藏本为主要底本，参校诸本而成。作为建刊本，此本刊刻质量不高，但保存了北宋本的特点，对后世《史记》的校勘亦有一定价值。与朱中奉本类似的南宋建刊《集解》本，即北京大学图书馆所藏本。此本刻于南宋孝宗以后，晚于朱中奉本，与朱中奉本同属杏雨藏本系统。然此本刊刻质量亦不高，讹误甚多，版本价值不大。
南宋地方州府刊刻的《史记》现亦仅存一种，即淮南路本，为淮南路转运司所刊官本，是以北宋本底本的翻刻本。以其与北宋本相校，此本更近杏雨藏本系统，但在翻刻之际曾参校诸本，故与杏雨藏本差异较大。
北宋时期的《史记》版本皆为《集解》单注本，至南宋，《史记》版本发生了重大变化，产生了《集解》、《索隐》二家注合刻本与《集解》、《索隐》、《正义》三家注合刻本。
二家注合刻本始于乾道七年的蔡梦弼刊本。此本参校京蜀诸《集解》本而成，其《史》文及《集解》注文虽近北宋《集解》本系统，但不主一本，是一新产生的刻本。二家注合刻本中，张杆本与耿秉本属同本，是以蜀刻《集解》本为底本，合一《索隐》本而成，与蔡本不是一个系统。刊于蒙古中统二年的段子成刊本，刻于宋元之交，其时当南宋理宗景定二年，虽称蒙古，尚未入元，故此本亦应视为宋本。此本亦是以一单《集解》本合一《索隐》本而成，其所据《集解》本与蔡本所据本相近。以现存宋刻二家注合刻本而论，各本均独创二家注合刻体例，相互间不存在整体承继关系，这与明代刊刻《史记》不同。明代所刊合刻本《史记》，基本是以宋本为底本翻刻，如游明本、建阳慎独斋本均是翻刻中统本。
三家注合刻本始于刊南宋绍熙、庆元年间的黄善夫本。黄善夫本是在二家注合刻本的基础上演化而成，其所依据的二家注合刻本为蔡梦弼本，在蔡本基础上合以《正义》，而成三家注合刻本。但其并不是二本的简单合并，而是参照诸本有所取舍，但因校勘不精及学识不逮，讹误之处为数不少，故难称善本。此本价值有二：一是创三注合刻的体例，使之成为后世《史记》版本的主要形式，极大地方便了《史记》的研究，至此《史记》版本形成了定式，奠定了《史记》版本学的基础。二是进促进了三家注的流传，尤其是对《正义》的流传有保存之功。张守节于唐开元二十四年完成《史记正义》，晁公武《郡斋读书志》、陈振孙《直斋书录解题》著录为三十卷，知其体例如《索隐》标字列注，不与《史记》原文相比附。然《正义》原本已佚，自宋以后不见诸家著录，亡于何时不可考。今所见最早《正义》注文是散刊于黄善夫三家注本中。将《正义》注文散刻于《集解》、《索隐》之下始于黄善夫本，其后诸本《正义》文皆据此本以出，可以说黄善夫本对《正义》的流传起到了重要作用。第一部承继黄善夫本的三家注本是刻于元至元二十五年的彭寅翁本。彭寅翁本虽据黄善夫本刊刻，但行款稍异，又因所据底本残缺，故注文时有脱落，非如后人所说的有意删削。明代刊刻三家注合刻本多种，其中廖铠本、柯维熊本、王延喆本均据黄善夫体刻。所不同的是，廖铠本、柯维熊本为翻刻黄善夫本，并作了一定校改。
王延喆本则是覆刻黄善夫本，亦因所据黄善夫本或残或缺，以致偶与黄善夫本不能密合。刻于嘉靖十三年的秦藩本不是据黄善夫本翻刻，而是覆刻王延喆本，但同属黄善夫本系统。明代南京国子监、北京国子监均刊刻《史记》三家注本，世称南监本、北监本。南监本凡三种，首刻于嘉靖九年。其时南监不藏三家注合刻本，张邦奇等人据元大德九年刊《集解》《索隐》二家注本合以《正义》注文而成。因此本合二本为一本及所据底本不善，三家注文多有脱落，尤以《正义》脱落为甚。后人据此斥其删削三家注，实情并非如此。南北监本中，刊于万历三年的余有丁本是有意删削注文，而刊于万历二十四年的冯梦祯本、刊于万历二十六年的刘应秋本均竭其所能恢复三家注文，无删削之事。
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