南宋咸淳九年(1273)于清河口设清河军,清河县附郭。咸淳十年于大清口(今袁集乡桂塘)筑清河县城。元至元十五年(1278)裁清河军,存清河县。泰定元年(1324年)因黄河决口,大清口县城被毁,县城迁到甘罗城。天历元年(1328)又迁小清口西北(今码头镇旧县)。明崇祯元年(1628)县治迁回甘罗城。清顺治三年(1646年)再次迁县治于小清口西北。清乾隆二十七年(1762),位于小清口的清河县城坏,以山阳县的清江浦为清河县治;同时,将清江浦周围原属山阳县的10余乡(等地)划归清河县。
1914年因与河北省清河县混同,复称淮阴县。1945年曾建清江市,1948年复称淮阴县。1948年12月,淮阴城解放,城区清江与淮安组成两淮市(农村仍为淮阴县)。1949年3月撤销两淮市,清江复为淮阴县城。1951年春,县城清江划出设立清江市,淮阴县政府迁至王营镇。1958年8月,市、县合并为淮阴市,市政府设立在清江西大街。1964年11月市、县分治。1972年,淮阴县政府复迁至王营镇营西路73号。
2000年12月21日,国务院批准:淮阴市更名为淮安市;同时撤销淮阴县,设立淮安市淮阴区,以原淮阴县的行政区域为淮阴区的行政区域,区政府驻王营镇。2001年2月正式实施。
1949年10月,官荡区划入涟水县。1952年,成立蒋坝区。1954年8月,撤销宋集区划归文科区,撤销蒋坝区保留蒋坝镇。1956年2月,撤销张集、丁集、新渡、城南、顺河、吴集、盱宝、高涧8个区,新增棉花、陈集、双沟3个区;同年,顺河、高涧、盱宝及蒋坝镇划归洪泽县。1957年11月,撤销8个区级机构,62个小乡合并为22个大乡。1958年9月,乡改称公社。
1958年8月,淮阴县与清江市合并成立淮阴市,下设清江、文科、汤集、公墓、加英、渔沟、志举、五里、丁集、三树、袁集、蒋集、海明、同袍、王兴、武墩、高堰、赵集、陈集、吴集、新渡、码头、钵池、王营等公社。
1964年,市、县分设。淮阴县下设小营、杨庄、城南、赵集、陈集、吴集、高堰、码头、和平、武墩、钵池、新渡、王兴、棉花、张集、刘老庄、古寨、徐溜、五里、丁集、袁集、渔沟、三树、蒋集、汤集、北吴集、韩圩、宋集28个公社和果林场。
1972年,省政府批准将城南、钵池划给清江市。1983年,将和平、武墩划给清浦区。1983年9月,省政府批准新增韩桥、凌桥、大兴、韩庄4个乡。1987年3月,经省批准,码头、渔沟两乡撤乡设镇。
至此,淮阴县辖王营、码头、渔沟3个镇和高堰、赵集、韩桥、南吴集、南陈集、杨庄、袁集、丁集、五里、刘老庄、古寨、徐溜、韩庄、西宋集、汤集、北吴集、韩圩、蒋集、凌桥、三树、老张集、大兴庄、王兴、新渡、棉花庄、小营26个乡及乡级果林场。
1996年,淮阴县面积1264.1平方千米,人口79.3万人。辖4个镇、24个乡:王营镇、码头镇、渔沟镇、赵集镇、汤集乡、徐溜乡、三树乡、新渡乡、王兴乡、南吴集乡、南陈集乡、五里乡、蒋集乡、韩庄乡、韩圩乡、西宋集乡、刘老庄乡、凌桥乡、高堰乡、韩桥乡、古寨乡、老张集乡、棉花庄乡、北吴集乡、丁集乡、大兴庄乡、袁集乡、杨庄乡;以及3个场(圃)。县政府驻王营镇。
2000年2月,撤销杨庄(并入凌桥、王营)、大兴庄(并入棉花庄)、汤集(并入西宋集乡)、蒋集(并入三树)、韩圩(并入渔沟)、高堰(并入赵集)、韩庄(并入徐溜)7个乡和果林杨、开发区。区划调整后,全县辖13个镇、8个乡:王营镇、赵集镇、吴城镇、南陈集镇、码头镇、王兴镇、棉花庄镇、丁集镇、五里镇、徐溜镇、渔沟镇、吴集镇、西宋集镇、韩桥乡、新渡乡、老张集乡、凌桥乡、袁集乡、刘老庄乡、古寨乡、三树乡。
2000年第五次人口普查,淮阴县总人口838184人,其中:王营镇145518人,赵集镇39263人,南陈集镇59594人,码头镇25217人,棉花庄镇50246人,丁集镇31657人,徐溜镇35519人,渔沟镇55120人,南吴集镇31678人,王兴镇32494人,五里镇27933人,北吴集镇33822人,西宋集镇46892人,韩桥乡30855人,新渡乡26256人,老张集乡27726人,凌桥乡29929人,袁集乡25809人,刘老庄乡24698人,古寨乡21249人,三树乡36709人。
2004年末,全区辖13个镇、8个乡。王营镇61.39平方千米/161399人,赵集镇98.25平方千米/41585人,吴城镇53.12平方千米/32737人,南陈集镇134.68平方千米/62769人,码头镇32.80平方千米/24609人,王兴镇58.00平方千米/33809人,棉花庄镇70.78平方千米/52734人,丁集镇40.30平方千米/32140人,五里镇51.00平方千米/29670人,徐溜镇64.30平方千米/35552人,渔沟镇88.40平方千米/52296人,吴集镇57.00平方千米/33210人,西宋集镇73.90平方千米/50333人,韩桥乡120.70平方千米/32385人,新渡乡46.50平方千米/23963人,老张集乡50.88平方千米/27789人,凌桥乡68.56平方千米/30075人,袁集乡39.40平方千米/26526人,刘老庄乡41.20平方千米/24853人,古寨乡44.90平方千米/21300人,三树乡78.98平方千米/39716人。(数据来源于《江苏省统计年鉴》)
随着经济开发区的建设和发展,先后将王营镇、新渡乡、棉花庄镇的部分村划归开发区管理。2005年,经省政府批准,正式成立淮阴经济开发区。2006年,撤销三树乡,设立三树镇。调整后,全区辖14个镇、7个乡:王营镇、赵集镇、吴城镇、南陈集镇、码头镇、王兴镇、棉花庄镇、丁集镇、五里镇、徐溜镇、渔沟镇、吴集镇、西宋集镇、三树镇、韩桥乡、新渡乡、老张集乡、凌桥乡、袁集乡、刘老庄乡、古寨乡;淮阴工业园。区政府驻王营镇。
2009年末,淮阴区总面积1264平方千米、总人口90.00万人。其中,王营镇面积61.39平方千米、人口157475人,赵集镇面积98.25平方千米、人口38156人,吴城镇面积53.12平方千米、人口33142人,南陈集镇面积134.68平方千米、人口55418人,码头镇面积42平方千米、人口24681人,王兴镇面积61平方千米、人口34504人,棉花庄镇面积70.78平方千米、人口43088人,丁集镇面积40.3平方千米、人口33259人,五里镇面积51平方千米、人口29648人,徐溜镇面积64.3平方千米、人口39106人,渔沟镇面积97平方千米、人口56615人,吴集镇面积57平方千米、人口35961人,西宋集镇面积73.9平方千米、人口51000人,三树镇面积79.68平方千米、人口39935人,韩桥乡面积54平方千米、人口32969人,新渡乡面积46.5平方千米、人口26718人,老张集乡面积50.88平方千米、人口28429人,凌桥乡面积68.56平方千米、人口29813人,袁集乡面积39.4平方千米、人口23746人,刘老庄乡面积32.79平方千米、人口25484人,古寨乡面积38.85平方千米、人口20665人。(数据来源于《江苏省统计年鉴》)
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