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素有“山中宰相”之称的陶弘景是历史上一位少有的博学之士，除了宗教领域的重要贡献之外，他还好学不倦，广泛涉猎。除了文史之外，尤其精通“五行、阴阳、风角、气候、太医、遁甲、星历、算术、山川地理、方国所产及医方香药分剂、虫鸟草木”，在多个领域皆有深湛的研究，称得上是一位百科全书式的大学者。
陶弘景在医药学领域用力尤深，这当然与其身为道教中人，追求长生之术的需要密切相关，但也与其家族的影响分不开。陶家虽然累世做官，但却对医药极感兴趣，陶弘景的祖父陶隆便已经“善解药性”，他的父亲陶贞宝也“深解药术”，耳濡目染之下，陶弘景对于药物知识自小便格外熟稔。陶弘景笔耕不辍，医学著述也颇丰，除了编写本草学名著《本草经集注》之外，还撰有《养性延命录》、《效验施用药方》、《灵方秘奥》、增补葛洪《肘后百一方》《服草木杂药方》、《集金丹药白药方》等，可惜的是多已散佚。
陶氏的医学贡献当中，最为人推崇的是养生和药物文献整理，特别是他对《神农本草经》所进行的整理工作，在整个本草学的发展中都占有重要的地位。
《神农本草经》大体成书于东汉，当时的传播手段决定了只能以传抄为主，不可避免地会出现人为的舛错，加之汉末战乱不断，书籍保存不易，等传到陶弘景所处的时代，已经是“遗误相系，字义残阙”。另一方面，在《本草经》成书之后，又陆续出现了一些新的本草书籍，比如《吴普本草》、《名医别录》等，均记载了不少《本草经》中未曾收录的药物，但收录标准不一，医家智识也有个人的局限，而一般人则缺乏鉴别能力，给临床使用带来了种种不便。
由于服食、养生需要，陶弘景与药物时常打交道，有着丰富的医疗实践。他深感当时药物学的种种乱象，不但数量不一，而且“三品混糅，冷热舛错，草石不分，虫兽无辨”，因此发愿要在《神农本草经》的基础上，以一己之力重新对当时的药物知识进行一番整理，于是便有了《本草经集注》一书的问世。
经过陶弘景的认真研究与整理，《本草经集注》不但所收录的药物数量从《神农本草经》中的365种增加到730种，数量增加一倍之多，而且在药物分类、编写体例、药性认识等方面都颇多创新之处。
以药物分类而言，众所周知，《神农本草经》所采用的是三品分类法，即将药物按照其功效、毒性的不同分为上、中、下三品，这种分类法的缺陷是显然的，不但过于笼统，而且分类的标准事实上也难以把握，如果用之临床，很容易造成治疗上的差错。
陶弘景在《本草经集注》中则改进了药物的分类体系，首创了三品结合自然属性分类，将药物分为玉石、草木、虫兽、果、菜、米食6类，又把一些虽有文字记载但无人认识的药物归入“有名未用”类，一共7类。同时在各类中仍然分为上、中、下三品，以保留《本草经》三品分类的内容。而在各分类中，也努力将种类、形态相似的药物放在相近的位置。与单纯的三品分类相比，这无疑是一个重要的突破，是一种更为合理的方案。此后，历代的本草书籍也多采用这种方法，直到《本草纲目》才又有新的突破。
此外，陶弘景还从临床需要出发，首创了按照药效分类的方法，提出了“诸病通用药”的概念，也就是以病为纲，然后列举各种疾病的通用药物，并且注明药性，便于临证选用。例如，祛风的药物有防风、秦艽、防己、独活等，就归在同一类。这种分类方法便于治疗参考，在现在当然是再平常不过，但在陶弘景的时代，却需要有打破常规的勇气。
因为陶弘景是在《本草经》基础上编写，书中又收录了《名医别录》等其他药书的内容，再加上也有不少陶氏自己的用药心得，因此《本草经集注》实际上包含了多种来源的内容。以陶弘景才智，要将这些内容综合在一起，以自家之口道出当然不是难事，但他却选择了更麻烦的方法，要将来源不同的文献有所区分，以求保留各家原貌。为了避免混淆不清，陶弘景在编撰《本草经集注》时采用不同颜色、大小并用的方式来进行区分。其中朱色大字代表《本草经》，墨色大字表示《名医别录》，墨色小字表示陶氏自己的注文。陶弘景所发明的方法是本草编写体例上的创新之举，客观上相对完整地保留了古代本草文献原貌，当然，这其中也可看出陶弘景的自信，他既不愿意掠人之美，同时，也不致将自己的才智混于众书之中。
《本草经集注》的贡献与创新之处当然不止于此，它不但对药物的加工炮灸与制剂法则等都有详细的论述，而且对于不少药物药性的鉴别认识比前人深入细致，对于药物的冷热属性尤为重视，并且采取了简明的方法予以注明：以朱点为热性，墨点为寒性，如果是药性平实，则不予加点。
虽然《本草经集注》是在《神农本草经》基础上而来，而且取材甚广，不是严格意义上的原创著作，但陶弘景对于《本草经集注》的价值却相当自信，他在序言中表示：《本草经集注》是自己的“一家撰制”，也就是一家之言，即便自己去世之后，这本书依然会流传下去。事实也果真如此，后世公认《本草经集注》是继《神农本草经》之后对本草学的一次比较系统、全面的归纳和总结，是继《神农本草经》之后又一部划时代的药物学著作。
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