在伤寒病理发展过程中的六经病理阶段是以病性与病位相区分的，六经病的传变过程又是以病性的变化和病位的转移而造成的。在治疗上，汗吐清下和温诸法，六经病各有所宜亦各有所忌，这是六经病的病性与病位决定的。如太阳表病宜汗忌吐下，阳明里病宜清吐下忌发汗，少阳气机病宜和解而忌汗吐下等，形成六经的治疗原则。然而在六经传变过程中，还有同一病性不同病位间的合并过程。由于不同病位在治法上宜忌的矛盾性，所以在治法上有着表里气机先后主从的特殊性质。
所谓并病即两经先后俱病，两经证状同时并见的过程。例如，太阳传变阳明，阳明证见而太阳证不解的为太阳阳明并病。太阳病传变少阳，少阳证见而太阳证不解为太阳少阳并病。少阳传变阳明，阳明证见而少阳不解为少阳阳明并病。若太阳、阳明、少阳证先后出现而同时并存的为三阳并病。所谓合病即两经或三经同时发病的病理过程。
合并病的表里气机先后主从的治法是其合并的病位决定的。例如，太阳与阳明并病，表证宜汗解而忌下，同时里证宜下而忌发汗，表证误下会导致结胸、痞硬、下利清谷等严重后果，而且里证误汗可致伤津发生谵语。显然，表证与里证上的治疗矛盾应以表证为主，里证为从，先解表而后议治里，若先用下法治里会造成不良的后果。再如太阳与少阳并病，表证宜汗解，气机证宜和解而忌发汗，这自然以和解少阳气机为主，以太阳表证为从。如少阳与阳明并病，少阳气机宜和解而忌下，阳明里热结实宜下法。若误下少阳或结胸或痞硬或发惊悸，后果严重，自应以治少阳为主，阳明为从。若太阳、阳明、少阳三经合并，太阳、阳明、少阳三经合并，太阳表证宜汗，阳明里证宜下，少阳宜和解而忌汗下，这显然应以少阳为主，太阳与阳明为从。从仲景合并病内容看，它的表里气机也就是太阳阳明少阳证的主从先后治法，是和六经证治原则相一致的。所以，合并病的证治是六经辩证治疗系统的一个不可分割的组成部分。
伤寒阴性过程的少阴、太阴、厥阴之间有没有合并过程呢？作者在《伤寒六经概说》章节中提到：三阴病之间因正气消减而两阴合并。例如，“少阴恶寒身蜷而利，手足逆冷者”以及“下利，手足逆冷无脉者”都是少阴与太阴的合并过程。凡伤寒表里虚寒，四肢逆冷自利的皆为少阴与太阴的合并过程。然而少阴亡阳多死，三阴合并在临床上是难以见到的。又因三阴病在治疗上有着温阳的共同治法，这与三阳病的汗吐下和清各有宜忌不同，所以仲景把少阴与太阴的合并过程列入少阴篇中，而未出合并之名。
伤寒六经辩证法所体现的病因、病位、病性、病势整体辩证治疗思想，是符合人体生态规律的治疗方法。它的因势利导的思想——阴性扶正，阳性病祛邪的治疗原则，以及六经证治的汗吐下清和温诸法的宜忌，合并病的表里气机先后主从治法等，在客观上恰好是调整、恢复人体的生态平衡，而避免了在治疗上可能造成新的失衡的治疗方法。
伤寒合并病的理法是建立在六经病理与证治的基础上的，只有理解了六经证治才能了解合并病的证治。伤寒六经是表里气机的阴阳两性病理过程，而合并病同一病性表里气机两病位或三病位的合并过程。在治疗上，六经病是汗、吐、清、下、和、温诸法各有所宜忌，合并病是根据六经治法的宜、忌而确定表里先后主从而已。
往昔注家对合并病亦有不同的说法。如医宗金鉴说：“阳经既有合并病，则阴经亦有之可知矣。如太阳病脉反沉，少阴病反发热，是少阴太阳合病也；阳明病脉迟，太阴病大实疼，是太阴阳明合病也；少阳病脉细而厥，厥阴病呕而发热，是厥阴少阳合病。”柯琴也说：“太阳病脉反沉，便合少阴；少阴病反发热，便合太阳；阳明病脉迟即合太阴；太阴病脉缓即合阳明；少阳病脉细小是合厥阴；厥阴病脉微浮是合少阳。虽无合病之名，而有合病之实。”金鉴与柯琴上述对合并病的说法是错误的。要知道，伤寒六经合并病理过程，只有同病性的相合并。因为太阳与少阴是同一表病位依功能盛衰与代谢增减而分化的阴阳两性过程；阳明与太阴是同一里病位依功能盛衰与代谢增减而分化的阴阳两性过程；少阳与厥阴是同一气机病位依功能盛衰与代谢增减分化的阴阳两性过程。太阳与少阴之间，阳明与太阴之间，少阳与厥阴之间，只有功能进退而相互转化的机理，绝无同一个组织器官的功能既亢进又衰退，代谢既增高又减低这样的病理。一个病位的阴阳病理性质，也如一个数值的正负性质一样。正、负值不能并存于一个数，阴阳病性也不能并存于一个器官，所以太阳与少阴、阳明与太阴、少阳与厥阴不存在合病并过程。
病理过程中的阴性与阳性是相互对立的，又是统一的。病理过程中阴性向阳性转化，或阳性向阴性发展，又是一个阴阳消长的过程，也就是组织器官功能进退与代谢增减的过程。在阴阳的相互转化过程中，必然存在着一个过渡阶段，无论或长或短。在阴阳相互转化的过渡阶段乃是偏阴、偏阳的性质；偏于阳的仍是阳性病理过程，偏于阴的仍是阴性病理过程。太阳病脉反沉是太阳向少阴发展，虽阳病阴脉，但表阳未衰，寒气未盛，病性仍偏于阳，所以仍为太阳，脉沉谓之反。少阴病反热是少阴向太阳转化，虽然发热，但阴寒未消，阳气尚微，病性亦偏于阴。所以仍为少阴，发热谓之反。阳明病脉迟不是转阴的病机，阳明脉迟潮热汗出为里实可下证；若阳明脉迟汗出恶寒是表未解，为太阳阳明并病。太阴病脉缓是向阳明转化，为太阴向愈的表现，所以下利自止。少阳脉弱是向厥阴发展，厥阴脉浮是向少阳转化。凡阳病向阴发展的为病进，阴病向阳转化为病退。总之，同病位的阴阳相互转化是个阴阳消长的过程，不是阴阳合并的过程。
《伤寒论》中合并病的条文有冠以合并字样的有不冠以合并字样的。凡是表、里、气机证状相合并的证候，皆是合并过程。但亦有名为合并而实非合并的条文，俱收入本篇加以讨论。伤寒合并病条文的编次，以《伤寒论》固有的次序是从太阳治在太阳篇，从少阳治的在少阳篇，这是合理的。今为了叙述方便，集合并病条文于一篇，或许有助于对它的理解，想也无害六经辩证的系统性。
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