从魏晋到南北朝时期，中原地区始终动荡不安，多次发生战乱，从晋朝王室的“八王之乱”到五胡十六国逐鹿中原的“五胡乱华”。群雄混战，生灵涂炭，人口大量南迁避乱。随之为岭南带来了先进的农业技术和科学技术，南越蛮荒之地得到了第一次的较大规模的开发，医学史上也首次出现了一批著名人物，除了我们上一集介绍的葛洪、鲍姑夫妇外，较为著名的还有支法存、仰道人、轩辕述等。
支法存，本是胡人，生长在广州，约在晋永和中期，也就是公元350年左右。他妙善医术，擅长治疗脚气病和热带寄生虫病，著有《申苏方》五卷。《申苏方》现已佚失，但在《肘后方》、《外台秘要》等书中，共辑录了支法存的存方十七条。其中他用治疗脚气的处方，便他成为中国治疗脚气病的先驱、“防风汤……南方支法存所用多得力，温而不损人，为胜于续命、越婢、风引等汤，罗广州一门南州十人常用。亦治脚弱良方”。这是《千金方》中引用支法存治疗脚气的方子，脚气病是由于食用的谷物过精，导致维生素B1缺乏，主要表现为肢端感觉减退、异常，深反射减退或消失等多发性神经炎的症状，常伴有下肢浮肿、食欲减退，胃肠功能紊乱，胸闷心悸等。孙思邈是我国医学史上有名的认识和治疗脚气有独到见地的医家，在他的《千金方》中引用了支法存的方子，可见支法存的治疗是明显有效的，文中所谓“温而不损人”，即后世所说温而不燥，这从中反映出支法存的学术特点与遣方用药的特色和风格。
支法存对防治热带寄生虫病即所谓“中蛊”，也留下了许多有参考价值的方剂。比如，治疗中蛊吐血或下血方，治疗饮中蛊毒，令人腹内坚痛，面目青黄，相当于现代医学的细菌性痢疾一类的消化道疾病的病变无计方等，都对流行病传染病学的发展有一定的贡献。
支法存虽然是胡人，但他长期居住岭南，与岭南人民生活在一起，并且虚心学习岭南的民俗及流传于民间的医疗方法，终于使他在岭南医家中占有一席之地。如用蒸气疗法治疗溪毒（沙虱），虽是一种民间疗法，但支氏活用此法，用以治疗伤寒，即：汗解伤寒，这一治疗方法对后世医家影响较大，如张茵、阮河南、徐文伯、许宗等人都受其启发，并进一步将这种方法改进、提高，成为现今的熏蒸疗法。现在熏蒸疗法的运用，在我国的北方比南方更广泛。
晋代败落的北方士大夫为避战乱，于永嘉之际南渡，由于水土不服，多患脚弱症，其症多凶险，毙人甚众。据唐初孙思邈《备急千·金要方》卷第七《风毒脚气·论风毒状》：“论曰：考诸经方，往往有脚弱之论，而古人少有此话。自永嘉（307－312年）南渡，衣缨士人多有遭者。岭表江东有支法存、仰道人等，并留意经方，偏善斯术。晋朝仕望多获全济，莫不由此二公。“孙思邈提到的仰道人就是晋代岭南另一善治脚气病的医家。对于仰道人的记载，史料并不翔实，《广东通志·列传59》中提到：“仰道人，岭表僧也，虽以聪慧入道，长以医术开怀。因晋朝南移，衣缨士族，不袭水土，皆患脚软之疾，染者无不毙踣，而此僧独能疗之，天下知名焉。”我们可以知道，仰道人和支法存一样是晋代岭南善于治疗脚气病的医家。
唐代天下大定，分天下为十道，岭南道为其一。唐代政府重视医政设施，成立太医署，专门管理医疗教育，全国各道属下州府，亦成立相应的机构以善管理。《新唐书·百官四》记载：道下各州府医学教育，均置博士一人，助教一人，都督府、大洲医学生二十人，中小州医学生十人，掌州境巡疗。这时期的医学著述颇丰，有李继皋的《南行方》三卷，李暄的《岭南脚气方论》，郑景岫的《南中四时摄生论》，还有一部不著撰人姓名的《岭南备急要方》等。随着时间的推移，历史进入唐末的五代十国时期，刘岩在广州兴王府称帝，国号南汉。这一时期岭南的著名医家有轩辕述。
轩辕述，唐末南汉时期岭南医家，著《宝脏畅微论》三卷。据清代梁廷楠《南汉书·列传第八》记载：“轩辕述，乾亨时人，精通岐黄术。治病多奇验，远近争趋之。尤好读前代医学诸书，自能具卓识，不胶执古人成说。常居孜孜著作，老而不倦，先是，青霞君作《宝脏论》三篇，著变炼金石之诀。述既病其未善，因为刊去谬误，博采以补其缺，为《宝脏畅微论》三卷，成书时，年已九十矣。寻、卒。所遗书，医家争宝之。”令人惋惜的是，《广东通志》卷一百四十医家栏下提到的轩辕述所著的《宝脏畅微论》三卷已经失传，我们已无从读到这部一千多年前的医学著作。
晋隋时期，由于中原地区的多次战乱，千万中原人口为避战乱的大规模南迁。南岭以其天然的屏障作用，为南迁的人们提供了一个安居之所，也为人们所带来的中原文化与岭南特有文化的结合提供了机会，尤其是医学上的融合，形成了岭南医学的第一个高潮，唐朝时期的岭南是中央集权统治下的一个辖区，由于唐朝政局相对稳定和文化的发展，以及对医学教育机构的建立和管理，使医学得到了进一步发展。为宋元时期岭南医家名扬千古，留下不朽医著做好了铺垫，迎接着岭南医学另一个高潮的到来。
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