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Environmental Microbiology主编寄语:风雨兼程廿五载,不负众望谱新篇


今年,Environmental Microbiology(EMI)25岁,就人类寿命而言,逾弱冠之年,意气风发之时。与此同时,EMI的姊妹刊Environmental Microbiology Reports(EMIR)也正值豆蔻年华(15岁)。(注:关于EMI期刊介绍,可参见环境&微生物期刊—Environmental Microbiology

25年前,发表环境微生物学研究的期刊寥寥无几,只有Applied and Environmental Microbiology (AEM),它是美国微生物学会的先驱性重量级刊物,影响力颇大。环境微生物学的主题及其对微生物学领域和乃至生物医学、农业、地质、气候等领域影响日益显现并蓬勃发展(例如Rita Colwell在人畜共患病方面的开创性工作,想想如今我们对COVID的重视及其与One Health的关注;例如Falkow、Watanabe和Levy在抗菌素耐药性的工作,再想想如今的抗生素耐药性危及及其与One Health的关系)。因此,建立新的环境微生物学专业期刊被提上日程。在与Simon Rallison和Amanda McLean-Inglis进行了一场激烈讨论后,我们创立了EMI,目的有四:

1. 创建一份顶级环境微生物学研究期刊,引领学科发展

2. 鼓励从描述性研究过渡到对因果关系和潜在机制的探索

3. 探索除了基础研究论文外的多样化文章类型,以吸引读者兴趣,发现和促进新的影响未来研究和进步的成果

4. 吸引、邀请和激励年轻研究人员,激活环微研究领域


我认为环境微生物学涵盖微生物及其在环境中的活动,而环境包含了所有的生物圈,微生物从定义上基本上占据了生物圈的全部,因此EMI期刊的范围实际上是无边界的,这在如今的“孤岛”和“学科思维”的时代非常贴切的(我相信每一个学科都有独特而严谨的培训、文化和历史,必须保持。如今所做的一些肤浅和幼稚的研究,是由于人们缺乏学科严谨性)。这方面的一个例子是病原体生态学的研究,该类研究传统上发表在公共卫生和流行病学期刊上,但这些期刊一般不强调潜在的机制和因果关系,因此也不适合近年来的研究。近年来EMI给予病原体和AMR生态学大量的关注,吸引了很多稿源,我们每年出版两个这方面的专刊。正是由于EMI这种无边界的收稿范畴使我们能够发表不适合更严格主题范围的重要和迷人的研究工作,并灵活地发表关于如新冠病毒等新兴主题的论文,这些论文已成为该杂志下载和引用最多的文章之一,使得EMI成为这类主题发表的重要载体。

令人欣慰的是,EMI发表了环境微生物学-微生物生态学等相关领域的最好研究工作。诚然,与此同时,其他的期刊也开始崭露头角,包括已经确立了领导者地位的The ISME Journal,其他一些专业期刊如Microbiome和Biofilms and Microbiomes也通过发表优秀的文章,丰富了该领域。EMI在创立之初强调机制和因果关系的理念,也可能在促进新期刊的诞生方面发挥部分作用。所有这些期刊,无论新老,都与EMI一起,让人们意识到这一领域的兴奋和重要性,并推动其发展。

EMI一个独特之处在于其类型多样:Editorials (有时也涉及政治上重要问题)、WebAlerts、Genome Updates、Crystal Ball、How We did it、Referees’ Quotes、Burning Questions等等。

此外,2008年,环境微生物学讲座开幕,由Rita Colwell (2008:气候、海洋、全球变暖和霍乱)发起,然后依次是Ed Delong (2009:破译微生物群落动态,从基因组到生物群系),Willy Verstraete (2010:微生物资源管理:环境生物技术之路),Willem de Vos(2011:内部的微生物),Sang Yup Lee (2012:绿色化学工业的系统代谢工程),Victor de Lorenzo (2013:编程土壤细菌,干惊人之举),Jim Prosser (2014:难以想象和前所未有的微生物多样性:从何而来,视为何物,我们能从硝化细菌身上学到什么?),Ken Nealson (2015:细胞外电子传输:为微生物打开代谢机会的新窗口),Margaret McFall Ngai (2016:缔造和平:建立和维持动物与其微生物伙伴之间稳定的联盟关系),Rino Rappuoli (2017:21世纪的疫苗),Ken Timmis (2018:嗜极菌),和Juan Luis Ramos (2019:恶臭假单胞菌的双面菌生:无处不在的土壤细菌和有用的底盘微生物)。Nicole Webste 原定于2020/2021年发表EMI讲座,但新冠病毒破坏了这一计划。2022年讲座将由Kris Prather主持。这些讲座为一般微生物学观众总结了最新的发现,在网上被广泛浏览,并广泛用于微生物学教学。

接下来呢?2022年,一个名为BQs的新专题将开始,这是一系列关于推动和将推动微生物学研究的一些重要的理论、假设、问题和挑战的个人观点。BQs的目的是引发讨论,提供平台,特别是但不仅限于年轻科学家,激发其创造性,从而推动前沿领域的发展。我目前对BQ的看法是,读者正在享受真正的乐趣!

在制定优先级、组成、总体战略和EMI的发展过程中,有两个关键因素。第一是Blackwell出版社和应用微生物学学会SfAM不干涉编辑原则,尽管两者在适当的时候都提供了有益的支持和委员会。第二是编辑团队的凝聚力、创造力和奉献精神。编辑们精诚合作,处理稿件专业,尊重、鼓励和支持作者和审稿人,与其他编辑相互支持与互动,且积极建设性地参与期刊的政策制定,和挑选新的编辑和编辑委员会成员。

在掌舵25年后,我不再担任主编,接替我的是Juan Luis Ramos,他在25年的大部分时间里都担任编辑。对此,我感到无比高兴无比放心。Juan Luis既是Research Articles的编辑,也还担任过Minireview和专刊的编辑,富有创造力、奉献精神和领导能力,对期刊发展的贡献是杰出的,多年来与他一起工作乐在其中。相信他将把EMI和EMIR带到新的高度,发表更多令人兴奋和突破性的进展。

很多人问我离开EMI后会做什么。园艺?美食烹饪?旅行?栽培?学琴?的确,所有这些都会给我带来很多乐趣。但园艺需要水,而全球变暖正无情地减少许多地方的可用水,因此园艺需求与人类需求只能选一个,观察精心培育的植物渴死并不是一件愉快的事。所以,(园艺)是不行的啦。

其实,我比以往任何时候都更为微生物学等学科的新发现以及这些发展对社会的影响而感到兴奋。微生物影响广泛,它们渗透到个人、家庭、社区、国家、国际社会的生活管理,并最终影响到整个地球。为了使对微生物相关的管理决定以知识和证据为基础,并对所有利益相关者负责,社会需要对微生物学有所了解。因此,我觉得现在出现了一个新的重要需求,这一次不是创建一个新期刊,而是提升社会的微生物学素养。国际微生物学知识普及计划旨在为学校创建一个全面系统的课程体系,兴奋与挑战并存,创意与探索起飞。我们正在尝试搞搞新的东西(此处可参见:提高社会的微生物素养:势在必行!):

· 创建独立的课程,允许教师从广泛的、有吸引力的不同选项中进行选择,而不需要遵循预先确定的顺序,从而增强他们(最终是孩子们自己)的能力
· 将教材中制定的新知识置于可持续发展、个人选择和利益相关方责任等更广泛的背景下;
· 从以儿童为中心的角度教授微生物学,比如从拥有伴侣动物的角度,而不是从传统微生物学教育的角度;
· 揭露我们微生物学家感到兴奋的问题,比如到异国他乡进行采样活动,期望如果用可以理解的术语来解释,这些问题会同样让孩子们感到兴奋;
· 赋予我们最喜欢的一些微生物个性(英雄、枭雄、创造者、怪人等),设计一些图形肖像,使孩子们能目之所及,并将特定的微生物与他们所学或所经历的过程联系起来
· 让孩子沉浸在实用微生物学中,培养探索精神
· 通过家庭练习将与社会相关的微生物知识带入家庭和朋友网络,从而鼓励儿童充当知识的中转站。

虽然这些教材主要是供学校教师使用,但我相信,我们正在创建的教育资源可能会激发与大学微生物学甚至普通微生物学教学有关的创意,这些资源也可作为微生物学家拓展活动的现成材料。

尽管国际微生物学知识普及计划的直接目标是让令人兴奋的相关微生物学出现在儿童的雷达屏幕上,但总体目标是培养成年公民,使他们能够更好地履行管理和利益攸关方的职责:对自己、对家人和朋友、对社区,并最终对生物圈,从而为实现可持续发展作出贡献。

担任EMI和EMIR的主编,是我学习、学习、学习和欣赏微生物在生物圈过程中不可思议的一段路程,对我来说宝贵至极。对于任何一个有动力和精力的年轻微生物学家,我极力推荐他们要有一段担任微生物学杂志编辑的经历。

最后,我要向一些特殊的人表达我最深切的感谢,是他们让我能够管理和享受我的EMI/EMIR生活。首先也是最重要的,Joan Timmis,她迅速而创造性地指导、协助和解决了作者、审稿人和编辑的问题,并完成了我原本要自己完成的70%的工作。还有所有优秀的编委会成员、绝对庞大的无私奉献的审稿人、生产编辑、所有对杂志有信心和忠诚的优秀作者,当然还有SfAM和Blackwell- Wiley。我还想感谢一些被我称为“期刊之友”的个人,他们在职责之外对期刊的支持。能与这么多权威和新兴的科学家互动和享乐实乃荣幸之至。友谊的小船乘风破浪,学习的使命贯穿人生,关于微生物、关于生命、关于人性,我们一直相谈甚欢。三人行必有我师,感恩一路有你,无论老少,都是我宝贵的导师与财富!

正如我的好朋友Dave Stahl所言:On and Up!加油!


参考资料
Kenneth Timmis. Environmental Microbiology is 25! 2022.08.
https://doi.org/10.1111/1462-2920.16163

本文编辑:孙婧婧,xiaoma0556

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