追踪癌症的细胞起源

　　由来自Brigham妇女医院的研究人员领导的一项研究，提出了一种新方法来追踪癌症的起源细胞类型。通过利用表观基因组学路线图计划(Roadmap Epigenomics Program)生成的表观基因组图谱（从100多种细胞类型中收集来的数据资源），该研究小组发现可以利用特定肿瘤的独特遗传景观来预测这种肿瘤的起源细胞类型。

　　这项发表在《自然》（Nature）杂志上的研究，提供了一些关于癌症形成早期事件的新见解，这有可能会对许多未知癌症起源部位的癌症患者产生重要的影响。

　　论文的共同资深作者、Brigham妇女医院遗传学家Shamil Sunyaev说：“当人们将表观基因组学路线图计划当做是集中聚焦正常细胞和组织的一种资源进行规划时，没有人想到了癌症突变以及预测癌症的细胞起源。我们的研究表明，我们现在可以专门针对不同的癌症类型，基于基因组序列预测特定癌症中突变发生的位置以及癌症可能的细胞起源。”

　　一些突变是癌症背后的推动力，但它们并非均等地分布在癌细胞的基因组中。由来自麻省-哈佛Broad研究所和华盛顿大学的研究人员组成的一个研究小组猜测，“突变景观”的这种变化有可能受到了染色质结构（DNA包装方式）的影响，后者在不同细胞类型之间显示很大的差异。

　　由美国国立卫生研究院公共资金资助的表观基因组学路线图计划目的在于绘制出各种组织类型和细胞类型的染色质特征，其为研究人员提供了一种途径来验证他们的假设。他们查看了癌症的基因组序列是如何对应不同正常细胞类型的染色质结构的——这是各种细胞类型的一个独特的特征。

　　研究小组调查了来自不同种类癌症的样本，其中包括骨髓瘤、结肠癌、脑癌等等。研究结果出人意外：他们发现癌症突变景观变化与染色质结构之间有着极其紧密的关联，并且由于细胞的染色质结构模式如此独特，他们可以利用癌症的突变模式来预测可能的起源细胞类型。

　　大约有2-5%的癌症患者并不清楚其癌症的原发部位。起源不明的癌症给治疗决策造成了挑战。

　　论文的共同资深作者、华盛顿大学基因组科学和医学副教授John Stamatoyannopoulos博士说：“这项研究工作有可能会对治疗造成影响——我们常常在诊所中遇到一些个体，他们罹患转移性癌症却未知其原发部位，使得很难选择出适当的初治方案。我们发现，癌症基因组序列中的突变模式是其起源细胞类型的一个强有力的预测因子，或许可以帮助引导这样的治疗决策，并且其有可能随着癌症基因组测序越来越常规而更加的可行。”

　　结合表观基因组资源和癌症基因组信息，或许还会为研究人员提供一些关于癌症形成早期的新见解，当前得到的这方面的信息很少。了解染色质结构塑造癌细胞中突变景观的机制，可以推动研究人员了解最初导致癌症的事件，以及癌症随时间如何发生演化。

　　Sunyaev说：“这为我们了解从前无法获知的这些早期的、看不见的事件打开了一扇窗户。我们现在可以利用隐藏在这些突变模式中的数据——尽管我们还没有充分了解如何挖掘所有的数据，其有可能包含着比我们已经了解的要多得多的信息。”（来源：ebiotrade）