司法实践中，持“扣除成本说”的判例较多。“扣除成本说”认为违法所得即扣除成本后的利润部分。例如全国人大常委会法制工作委员会《关于申请解释<固体废物污染环境防治法>第七十七条有关规定的答复意见》中提到：“固体废物污染环境防治法第七十七条对无经营许可证或者不按照经营许可证规定从事收集、贮存、利用、处置危险废物经营活动规定的“没收违法所得”，是指没收违法行为人违法收集、贮存、利用、处置危险废物所获得的收益。”违法所得不应当包含违法成本的主要理由为：1.就字面而言，“违法所得”中最为突出的是“得”字，而成本是当事人付出的，不是因为违法行为得到的。因而，违法所得中的“所得”只能指获利部分；2.从法理上讲，违法所得的理论基础为“不能允许任何人从自己的错误中获得利益”，因此此处的所得应当指额外的收益；3.就法律术语的统一性角度而言，行政处罚中的“违法所得”应当与司法收缴中“违法所得”含义一致，应当扣除成本。
2018年6月22日江苏省高级人民法院审判委员会第7次会议通过的《江苏省高级人民法院关于环境污染刑事案件的审理指南(一)》指出：“违法所得”包括违法获利和因非法排污而减少支出的污染治理费用，实际支出的犯罪成本不予扣除。我们认为，江苏省高级人民法院的上述说法值得商榷。
认定违法行为人有违法所得的，举证责任在行政处罚主体。行政处罚主体作出行政处罚，要有充分的证据证明违法行为人有违法所得。如果违法行为人无法在行政处罚主体调查取证过程中提出令人信服的证据证明其投入的生产成本，行政处罚主体可将违法行为实际获得的收入（扣除已缴税款）视为违法所得予以没收；如果违法行为人能够在行政处罚主体调查取证过程中提出令人信服的证据证明其投入的生产成本，可以将其扣除之后剩余的利润作为违法所得予以没收。但上述违法所得的认定或估定却并非易事。成本核算是一门专业性较强的科学。行政处罚主体较缺乏精通企业会计、成本核算、生产管理等方面的人才，让办案人员去估定违法所得恐怕非常困难。建议对违法所得的数额估定应委托具备资质的社会中介机构如会计师事务所等机构进行，行政处罚主体仅负责对之“定性”，而不负责对之“定量”。
参考文献
晏山嵘著：《行政处罚实务与判例释解》，法律出版社，2016年版。
关于转发全国人大常委会法制工作委员会《关于申请解释固体废物污染环境防治法第七十七条有关规定的答复意见》的通知
（环发〔2005〕166号）
各省、自治区、直辖市环境保护局（厅），各直属单位，各派出机构，计划单列市环境保护局，副省级城市环境保护局：
在《固体废物污染环境防治法》执行过程中，有些地方环保部门对该法第七十七条的有关规定存在理解上的差异。为准确理解、正确执行该规定，2005年9月1日我局请全国人大常委会法制工作委员会对《固体废物污染环境防治法》第七十七条的有关规定进行解释。
2005年12月21日，全国人大常委会法制工作委员会函复我局，对《固体废物污染环境防治法》第七十七条和第五十五条中有关“违法所得”的理解和处置危险废物责任主体的认定，提出了明确的答复意见。现将全国人大常委会法制工作委员会《关于申请解释固体废物污染环境防治法第七十七条有关规定的答复意见》（法工委复字〔2005〕34号）转发给你们，请遵照执行。
附件：全国人大常委会法制工作委员会《关于申请解释固体废物污染环境防治法第七十七条有关规定的答复意见》（法工委复字〔2005〕34号）
二○○五年十二月三十日
附件：
全国人民代表大会常务委员会法制工作委员会关于申请解释固体废物污染环境防治法第七十七条有关规定的答复意见
(法工委复字〔2005〕34号)
国家环境保护总局：
你局2005年9月1日来函收悉。经研究，答复意见如下：
1、固体废物污染环境防治法第七十七条对无经营许可证或者不按照经营许可证规定从事收集、贮存、利用、处置危险废物经营活动规定的“没收违法所得”，是指没收违法行为人违法收集、贮存、利用、处置危险废物所获得的收益。
2、依照固体废物污染环境防治法第五十五条的规定，处置危险废物的责任主体是产生危险废物的单位。如确属对违法收集的危险废物的原产生单位无法认定的，该危险废物的违法收集者应作为该危险废物的产生单位承担处置责任。
全国人大常委会
法制工作委员会
2005年12月21日
《固体废物污染环境防治法》
第七十七条 无经营许可证或者不按照经营许可证规定从事收集、贮存、利用、处置危险废物经营活动的，由县级以上人民政府环境保护行政主管部门责令停止违法行为，没收违法所得，可以并处违法所得三倍以下的罚款。
不按照经营许可证规定从事前款活动的，还可以由发证机关吊销经营许可证。
《危险废物经营许可证管理办法》
第二十三条 违反本办法第十二条、第十三条第二款规定的，由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为；有违法所得的，没收违法所得；违法所得超过10万元的，并处违法所得1倍以上2倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足10万元的，处5万元以上10万元以下的罚款。
第五十二条 未取得经营许可证从事医疗废物的收集、运送、贮存、处置等活动的，由县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门责令立即停止违法行为，没收违法所得，可以并处违法所得1倍以下的罚款。
第五十三条 转让、买卖医疗废物，邮寄或者通过铁路、航空运输医疗废物，或者违反本条例规定通过水路运输医疗废物的，由县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门责令转让、买卖双方、邮寄人、托运人立即停止违法行为，给予警告，没收违法所得；违法所得5000元以上的，并处违法所得2倍以上5倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足5000元的，并处5000元以上2万元以下的罚款。
承运人明知托运人违反本条例的规定运输医疗废物，仍予以运输的，或者承运人将医疗废物与旅客在同一工具上载运的，按照前款的规定予以处罚。
《大气污染防治法》
第一百零七条第二款 违反本法规定，生产、进口、销售或者使用不符合规定标准或者要求的锅炉，由县级以上人民政府市场监督管理、生态环境主管部门责令改正，没收违法所得，并处二万元以上二十万元以下的罚款。
第一百零九条 违反本法规定，生产超过污染物排放标准的机动车、非道路移动机械的，由省级以上人民政府生态环境主管部门责令改正，没收违法所得，并处货值金额一倍以上三倍以下的罚款，没收销毁无法达到污染物排放标准的机动车、非道路移动机械；拒不改正的，责令停产整治，并由国务院机动车生产主管部门责令停止生产该车型。
违反本法规定，机动车、非道路移动机械生产企业对发动机、污染控制装置弄虚作假、以次充好，冒充排放检验合格产品出厂销售的，由省级以上人民政府生态环境主管部门责令停产整治，没收违法所得，并处货值金额一倍以上三倍以下的罚款，没收销毁无法达到污染物排放标准的机动车、非道路移动机械，并由国务院机动车生产主管部门责令停止生产该车型。
第一百一十二条第一款 违反本法规定，伪造机动车、非道路移动机械排放检验结果或者出具虚假排放检验报告的，由县级以上人民政府生态环境主管部门没收违法所得，并处十万元以上五十万元以下的罚款；情节严重的，由负责资质认定的部门取消其检验资格。
第一百一十八条第三款 违反本法规定，在当地人民政府禁止的时段和区域内露天烧烤食品或者为露天烧烤食品提供场地的，由县级以上地方人民政府确定的监督管理部门责令改正，没收烧烤工具和违法所得，并处五百元以上二万元以下的罚款。
《海洋环境保护法》
第七十六条 违反本法规定，造成珊瑚礁、红树林等海洋生态系统及海洋水产资源、海洋保护区破坏的，由依照本法规定行使海洋环境监督管理权的部门责令限期改正和采取补救措施，并处一万元以上十万元以下的罚款；有违法所得的，没收其违法所得。
《环境影响评价法》
第三十二条 建设项目环境影响报告书、环境影响报告表存在基础资料明显不实，内容存在重大缺陷、遗漏或者虚假，环境影响评价结论不正确或者不合理等严重质量问题的，由设区的市级以上人民政府生态环境主管部门对建设单位处五十万元以上二百万元以下的罚款，并对建设单位的法定代表人、主要负责人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处五万元以上二十万元以下的罚款。
接受委托编制建设项目环境影响报告书、环境影响报告表的技术单位违反国家有关环境影响评价标准和技术规范等规定，致使其编制的建设项目环境影响报告书、环境影响报告表存在基础资料明显不实，内容存在重大缺陷、遗漏或者虚假，环境影响评价结论不正确或者不合理等严重质量问题的，由设区的市级以上人民政府生态环境主管部门对技术单位处所收费用三倍以上五倍以下的罚款；情节严重的，禁止从事环境影响报告书、环境影响报告表编制工作；有违法所得的，没收违法所得。
编制单位有本条第一款、第二款规定的违法行为的，编制主持人和主要编制人员五年内禁止从事环境影响报告书、环境影响报告表编制工作；构成犯罪的，依法追究刑事责任，并终身禁止从事环境影响报告书、环境影响报告表编制工作。
《土壤污染防治法》
第八十七条 违反本法规定，向农用地排放重金属或者其他有毒有害物质含量超标的污水、污泥，以及可能造成土壤污染的清淤底泥、尾矿、矿渣等的，由地方人民政府生态环境主管部门责令改正，处十万元以上五十万元以下的罚款；情节严重的，处五十万元以上二百万元以下的罚款，并可以将案件移送公安机关，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处五日以上十五日以下的拘留；有违法所得的，没收违法所得。
第八十九条 违反本法规定，将重金属或者其他有毒有害物质含量超标的工业固体废物、生活垃圾或者污染土壤用于土地复垦的，由地方人民政府生态环境主管部门责令改正，处十万元以上一百万元以下的罚款；有违法所得的，没收违法所得。
第九十条 违反本法规定，受委托从事土壤污染状况调查和土壤污染风险评估、风险管控效果评估、修复效果评估活动的单位，出具虚假调查报告、风险评估报告、风险管控效果评估报告、修复效果评估报告的，由地方人民政府生态环境主管部门处十万元以上五十万元以下的罚款；情节严重的，禁止从事上述业务，并处五十万元以上一百万元以下的罚款；有违法所得的，没收违法所得。
前款规定的单位出具虚假报告的，由地方人民政府生态环境主管部门对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处一万元以上五万元以下的罚款；情节严重的，十年内禁止从事前款规定的业务；构成犯罪的，终身禁止从事前款规定的业务。
本条第一款规定的单位和委托人恶意串通，出具虚假报告，造成他人人身或者财产损害的，还应当与委托人承担连带责任。
第九十一条 违反本法规定，有下列行为之一的，由地方人民政府生态环境主管部门责令改正，处十万元以上五十万元以下的罚款；情节严重的，处五十万元以上一百万元以下的罚款；有违法所得的，没收违法所得；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处五千元以上二万元以下的罚款：
（一）未单独收集、存放开发建设过程中剥离的表土的；
（二）实施风险管控、修复活动对土壤、周边环境造成新的污染的；
（三）转运污染土壤，未将运输时间、方式、线路和污染土壤数量、去向、最终处置措施等提前报所在地和接收地生态环境主管部门的；
（四）未达到土壤污染风险评估报告确定的风险管控、修复目标的建设用地地块，开工建设与风险管控、修复无关的项目的。
最高人民法院 最高人民检察院
《关于办理环境污染刑事案件适用法律若干问题的解释》
（法释[2016]29号）
第一条 实施刑法第三百三十八条规定的行为，具有下列情形之一的，应当认定为“严重污染环境”:
（九）违法所得或者致使公私财产损失三十万元以上的；
第十七条第三款本解释所称“违法所得”，是指实施刑法第三百三十八条、第三百三十九条规定的行为所得和可得的全部违法收入。
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