(一)从瘀着手。中医自古就有“久病多瘀”之说，清代叶天士明确提出“初气结在经，久则血伤入络”、“久病血瘀”、“瘀生怪病”等理论。后人通过血液流变学测定等方法，证实血瘀是许多“怪病”的致病因素之一。常见的与血瘀有关的疑难病有各种疼痛、肿瘤、积聚、肿胀、黄疸、疮疡、皮肤病、厥证、痉证、中风、血证、消渴、夜游症、月经不调等。即使在这些疑难病辨证中没有血瘀的特征表现，也不能排除在疾病发展过程中兼夹瘀血的可能。在治疗“久病顽疾”中，既要考虑到气血不足的一面，更应注意从瘀着手。
(二)从痰论治。疑难病的痰多为广义之痰，即无形之痰，有“变幻百端”的特点。朱丹溪曾说“病似邪鬼，导去滞痰，病乃可安”，故又有“百病兼痰”、“怪病多痰”之说。临床上，咳喘、呕吐、眩晕、胸痹、中风、痹证、积聚、梅核气、痰核、癫狂、厥证、原因不明的发热、某些皮肤病、疮疡、妇女不孕症等，从痰入手，常有效验。治痰之法很多，正如俞昌所说，“治痰之法，曰驱、曰导、曰涤、曰化、曰理、曰降火、曰行气”。
(三)痰瘀同治。中医素有“痰瘀同源”、“痰瘀同病”之说，二者既是病理产物，又是致病因素，同为津液所化，互生互助，相互影响。痰瘀同治是针对疑难病证的一条重要途径。如小活络丹治痹证（《和剂局方》）、癫狂梦醒汤治癫狂（《医林改错》）等就是这一治法的代表。
(四)从虚考虑。就久病、顽疾、怪症而言，气血虚损更为多见。在病机表现中，虚证主要表现为伤阴或伤阳两个方面，即阳气虚、阴血虚。简而言之，从虚考虑是以补益气血为主的施治措施。
(五)运用反治。即所谓“热因热用”、“寒因寒用”、“塞因塞用”等。如内伤发热用温补法、呕逆用利水法、闭经、
便秘用补益气血法等。
(六)守方徐图。对于某些久治不愈之病，通过守方徐图，可达到缓缓收功的效果，否则“欲速则不达”。
(七)情志疗法。情志可直接致病，继而影响疾病的发展和转归。如癫狂、肝病、高血压、冠心病、癌症等，情志影响因素尤为显著。临床上要详细观察和了解患者的精神状况，通过语言、表情、态度、行为的影响，改变病人的感受、认识、情绪和行为，从而减轻或消除其痛苦。
(八)内外合治。内治法通过脾胃之运化而输布全身，外治法直达病所或通过肌肤、筋脉发挥疗效。常用的外治法有灸、熏洗、敷、兜肚、药枕等。在吴师机的《理瀹骈文》中，外治法有数十种，用方达数千首之多，遍及内、外、妇、儿、五官各科，有待进一步发掘、整理和提高。
(九)应用单方、验方。近年来，单味大黄治疗急性上消化道出血、青蒿治疗疟疾等都是单方、验方治病的成功范例。
(十)消除特殊病因。如叶天士的《临证指南医案》中油漆家具过敏案就是典型例子。在询问病史中，要注意保持客观性，不要暗示病人，不先入为主，尽量避免思路狭窄和固定。
