在清朝建立之初，清朝还没有统一整个中国，直到1643 顺治帝入关后，并且扫平南明政权和一些其他政权后，于次年在北京南郊祭告天地，正式向天下宣布“兹定鼎燕京，以绥中国”，才正式落下一个段落。
不过，对于清朝前期最大的威胁来自哪里这个问题，有人说并不是那些反清复明的势力，却是来自蒙古准噶尔部，那么这个准噶尔部到底是个怎样的部落，它又凭借什么与清朝旷日持久的相持。
其实，早在明末清初，蒙古就分为三部，包括漠南蒙古、漠北蒙古、漠西蒙古三部。前两个相当于今天的内蒙古和蒙古国，另外的漠西蒙古处于现今我国新疆、西藏以及中亚地区。在漠西蒙古中，又分为准噶尔、和硕特、土尔扈特、杜尔伯特四个部落，其中准噶尔最为强大。
就在清朝崛起的过程中，准噶尔部同样走向了强盛，土尔扈特部被他们赶到了伏尔加河流域，他们还侵占了杜尔伯特部落的领地，经过扩张，准噶尔部占据了将近四百余万平方公里的土地。
虽然走向了强盛，但是在前期，准噶尔还很低调，对清朝纳贡称臣。这一境况在部落首领死后发生了变化，当时，因为部落首领的死，部落内部发生夺位之战，经过竞争和角逐，噶尔丹继承了汗位，他即位之后，对漠北蒙古喀尔喀部发动战争，野心巨大的他，还想着蒙古诸部，从而建立起一个强大的蒙古帝国，并且觊觎清朝的土地和人口。
噶尔丹时期，正值康熙皇帝在位，面对威胁，康熙先后三次亲征，大败噶尔丹。结果导致噶尔丹陷入四面楚歌的境地，在他失败后，他的侄子策妄阿拉布坦也给了他致命一击，噶尔丹被迫选择了自杀，他的亲属选择了向清朝投降。
噶尔丹死了，但准噶尔的势力还没有消减，策妄阿拉布坦与他的儿子噶尔丹策零开始统治准噶尔部。他们开始进犯西藏、青海等地，与清朝再次重燃战火，康熙皇帝派出自己的十四子率军平叛，直到1734年，清朝才与准噶尔部议和，双方划定了边界。
后来，噶尔丹策零去世，准噶尔再次爆发了夺位之争，自身实力被严重削弱。乾隆帝命兆惠为帅，征讨准噶尔部，到1757年，兆惠率军占领乌鲁木齐，在接下来的胜利中，他彻底将准噶尔部平定。
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