一、生物群落平衡理论 人体与存在于人体的正常微生物群及正常微生物群间存在着一种平衡，一旦这种平衡被破坏，如使用抗生素后，将导致疾病或死亡。
二、生物拮抗（屏障）理论 正常微生物群与人体共同形成机械屏障、生物屏障、化学屏障、免疫屏障抵御病原体的侵入。机械屏障如肠粘膜上皮细胞脱落，肠蠕动、分泌粘液等有助于排除及杀灭病原微生物的生理功能，需正常微生物群的参与;生物屏障指存在于粘膜表面的正常微生物与粘膜分泌物形成膜样结构，抑御病原微生物的入侵。化学屏障指正常微生物群分泌的溶菌酶，杀菌素，细菌素等代谢产物具有杀菌作用。免疫屏障指正常微生物的免疫赋活作用刺激机体产生IgA等抗体，协助杀灭病原微生物。
三、生物夺氧学说 指对人体无害的需氧菌进入人体后生物夺氧，造成缺氧环境，而有益于人体肠道正常厌氧菌的生长。
四、免疫赋活学说 正常微生物群的菌体及代谢产物可刺激机体产生抗体如IgA等，并可作为一种佐剂增强吞噬细胞及杀伤细胞的活性。
五、生物营养学说 正常微生物能合成人体所需的B族维生素，蛋白质及酶;正常微生物群生产的乳酸等酸性产物有利于维生素D、钙、磷、铁的吸收;分解乳糖产生的半乳糖有利于婴儿神经系统的发育。
六、三流转运学说 正常微生物群之间，正常微生物群与人体之间存在着物质、能量、信息的交流。
