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○笛卡尔的方法论步骤
还原论的起源要追溯到古希腊哲学，一部分古希腊哲学家将世界看成是机械的，其中德谟克利特是最著名的。德谟克利特（Democritus，约公元前460年—370年）原子论的创立者之一。他的老师留基伯最早提出原子论，德谟克利特把它发展成为一套系统的理论。留基伯在埃利亚跟芝诺学习，在阿布德拉建立原子学派，这个学派因其弟子德谟克利特而闻名，他的著作很少，相传已并入他弟子的著作中。所以今天提到系统化了的原子论，都会归于德谟克利特名下。
德谟克利特认为：所有事物的本原都是原子（Atom）和虚空（Void），原子是构成万物的最后的不可分割最小微粒（Atom在古希腊语中是不可再分的意思），因为它质地致密，其中没有空洞的空间。原子在无限的虚空中运动。他甚至认为人的灵魂也是由原子构成的，但是最精细的原子；当构成灵魂的原子分散时，生命灭亡了，灵魂也就消失了。
巴门尼德认为：“原子是一个不可分的存在，分裂成不能再分的小块，它们彼此为空间隔离开来。万物都是由原子和虚空构成，'结合则生成，分离即毁灭’。组成万物的原子在质上并没有区别，但在形状、大小、数量、排列和位置上却各不相同，以此形成千差万别的事物。”
不仅德谟克利特，培根也提倡以经验事实作为科学的起点。
笛卡尔认为追求和发现真理的唯一正确道路在于“从感官和特殊的东西引出一些原理，经由逐步而无间断的上升，直至最后才达到最普遍的原理。”
还原论科学不仅是建筑在经验公理上，而且自牛顿以来，运用还原论方法研究自然，再把获得的知识纳入公理化演绎体系，这成为科学研究的一个准则。
最新大不列颠百科全书仍然把还原论奉为神明：“在哲学上，还原论是一种观念，它认为某一给定实体是由更为简单或更为基础的实体所构成的集合或组合；或认为这些实体的表述可依据更为基础的实体的表述来定义。”
外求认识给经验公理的定义为：公理本身是不证自明的真理，是整个科学理论大厦的建筑基础。这就把还原论推向神圣的地位。
后来把还原论概括为：宇宙大厦的基础是绝对简单的、不可再分的物质粒子——'原子’，我们周围的大小物件，一切都是由这些原始砖块构成的。”
还原论的科学的基本概念从何而来？皮尔逊径直表示：“具有科学有效性的概念必然能够从正常人的知觉中推演出来。”奥斯特瓦尔德认为：“概念的形成在于选择那些相互重合的、具有不同的但却相似的经验的部分，在于消除那些在类型方面不同的部分。”他以此把概念分为复杂概念和简单概念：复杂概念由经验形成，故也称作复杂的经验概念，其抽象程度和普遍性较少；而简单概念是完全没有不同部分的概念，抽象程度和普遍性较高，能找到广泛的应用。“科学的任务是，它容许构造任意的概念，这些概念在所预见的环境中变成经验的概念。这是预言的另一种表达，我们明确认识到预言是科学的特征。”
而还原论一词是1951年蒯因在《经验论的两个教条》中提出的。
科学公理是科学理论的逻辑前提或概念框架，它好比是科学理论大厦的建筑基础。
科学就是以经验公理作为发展科学的始点。
因此整个还原论科学大厦就是建立在德谟克利特与牛顿的经验公理基础上的。
如此一来，我们可以这样说：整个科学体系就是层层叠叠的经验公理科学体系。
还原论不仅提出理论而且上升到“天人相分”的哲学高度。
首先柏拉图提出“理念说”，把理念世界和感性世界对立起来，在本体论上初步具有了分裂思维与存在——主体与客体的思想。文艺复兴使人“发现了自然和自己”，为“天人相分”的提出奠定了基础。笛卡尔在“我思故我在”的命题中认为，思维是人的本性，“我”是思维的根源，是能思的“主体”，“自我”或“主体”是一个无可怀疑的事实，由此推出了与主体相对的另一个实体即客体——自然，并明确地形成了西方哲学史上的“主客二分”模式，确立了人的主体性地位。从此，天人二分模式占据了整个西方哲学的历史。
近代西方哲学是从笛卡尔提出“我思故我在”这一命题开始的，因此西方哲学史称其为第一哲学。
笛卡尔这一哲学思想同还原论结合便产生巨大的推动力，使得还原科学飞速发展。还原论科学在这种形势下取得了一些成绩，还原论者欢呼取得了巨大的成功。其所以成功是因为物质皆有机械性的，它们是可以还原的，而对于那些难以还原的物质，例如生物，还原法常常也是强行分解研究。
西方的还原论科学，就是沿着无机的、死的、没有生命力的、静止的、孤立的、互不联系的、宏观物体开始，向微观世界逐步发展，从牛顿经典力学到爱因斯坦相对论，再到玻尔量子力学，他们莫不如此。
显然还原论所谓的公理恰恰是经验假设，因此还原论是建立在严重错误基石上的，它的成功掩盖了它的错误，因此它固执地坚持还原论的方式研究世界。
有了还原论，接着还原论者又创造了还原论的研究方法。近代科学意义上还原论方法的鼻祖可追溯到笛卡尔与培根。
培根首创分解——实验法；他的由下而上的综合归纳法三步骤是：搜集材料，整理材料，归纳推理。
笛卡儿进一步提出，以直观公理为大前提，经过自上而下分解后的严密演绎推理得出真理，人们称之为假说——演绎法。
研究问题的方法分四个步骤：
（1）、永远不接受任何我自己不清楚的真理，就是说要尽量避免鲁莽和偏见，只能是根据自己的判断非常清楚和确定，没有任何值得怀疑的地方的真理。就是说只要没有经过自己切身体会的问题，不管有什么权威的结论，都可以怀疑。这就是著名的“怀疑一切”理论。例如亚里士多德曾下结论说，女人比男人少两颗牙齿。但事实并非如此。
（2）、可以将要研究的复杂问题，尽量分解为多个比较简单的小问题，一个一个地分开解决。他说：“首先要把复杂的问题分解为细小的问题，直到可以圆满解决的程度为止，然后再从简单的细小问题出发，逐步上升到对复杂对象的认识。”
（3）、将这些小问题从简单到复杂排列，先从容易解决的问题着手。
（4）、将所有问题解决后，再综合起来检验，看是否完全，是否将问题彻底解决了。
1960年代以前，西方科学研究的方法，从机械到人体解剖的研究，基本是按照笛卡儿的方法论进行的，对西方近代科学的飞速发展，起了相当大的促进作用。
笛卡尔还认为世界就像一台机器，一台极其精密的机器，这台机器可以通过被拆散而被理解，研究完这些部件后，再将它们拼在一起，可以更好的看到一个完整的全景。
例如，生物科学的研究基于这样的假定：人们能够根据物理学和化学说明生命的过程，而物理学和化学最终要根据原子内部或原子之间的作用力来加以说明。
建立了分析与综合、经验与理论相结合的假说演绎法，成为科学研究普遍遵循的方法。还原论科学方法的历史轨迹表明，占据还原论方法主导地位的是分解。首先把对象从环境中分离出来，使对象孤立，与环境相隔离；然后把对象分解为部分，由高层次的复杂问题分解为较低层次问题，直到分解为可以解决的简单问题；最后，用自下而上各层次问题的逐步解决。
分解是还原方法的主要手段，它分解物质的成分，首先发现了分子，认为这就是物质的最小单元；后来发现分子是由原子组成的，认为这下找到答案了；但是往后又发现原子是有结构的，外层是负电子，内层是原子核；再后来又发现原子核也是有结构的，原子核包含这中子、质子、正电子；至此认为分析到底了，然而不久发现质子中有夸克，胶子等一大批粒子，认为这是最基本的粒子了，所以叫它基本粒子。生物学家运用科学手段，分析生物体内脏四肢，然后深入到基本细胞，双螺旋结构的DNA，生物的许多特性都是这双螺旋结构决定的。
亚里士多德创立的逻辑学，这是一门研究思维、思维的规定和规律的科学，所有的学科都必须使用逻辑。因此，逻辑学就成为众学科的基础。数理逻辑建立以后，作为学科基础和各学科共同工具的逻辑理论融入现代科学各学科之中。逻辑学理论在现代科学各学科的应用一方面促进了逻辑学理论自身的发展，另一方面也促进了现代科学的其他学科发展。
他们确信数学和逻辑学是描绘大自然的必备工具，所以构成论与逻辑、数学就密不可分，它们结合在一起共同发展着还原论科学。因此还原科学都是以数学式表达物理意义，然而发展到极至，便只有数学式，而无物理意义。
还原论隐含的确定论认为找到物质的基本单元、基本的力，就能推导出一个系统的结果，也能倒推出开始的状况。这也是物理学的基本思想之一。笛卡儿、培根、伽利略、牛顿、爱因斯坦、玻尔、薛定谔等莫不致力于可能实现这一思想的研究，他们从不研究不能导致这一想法的事物，如进化论，他们认为进化论不是科学，因而进化论不能进入科学殿堂。
后来的相对论和量子力学都是以还原的方式切入，发展成一个还原论科学体系。
经培根、笛卡儿、伽利略、牛顿、麦克斯韦的发展，使这一套科学思想成为一种思维定势，近400年来不仅主导着物理学、化学、生物学、医学的等所有机械科学的发展，并取得了不俗的成绩。现今我们传授的科学知识，科学方法，科学思想，从小学到中学再到大学，基本上就是西方还原论的物理科学的内容与成果。
德谟克利特是还原论的鼻祖，但是我们认真想想，德谟克利特是怎样得出这一结论的？是他看到的吗？不是！他验证过吗？没有！那么他怎么得出这一结论的？
德谟克利特无非是以外求认识从各种物质有结构这一事实中推测出这来的。但是这一结论并未经过验证，当时也验证不了，所以这一结论可以说是从经验得来的，因此这是个经验结论。科学主义者强烈反对经验主义：“经验是认识的开端，经验有待于深化。”
然而还原论科学的基石却恰恰是建立在经验基础之上的。
因为外求认识不能认识万物负阴抱阳，因而不能认识事物的本质，只能认识事物浅表规律，这是还原论的根本谬误之处。还原论的经验公理具体来说有以下几点谬误。
德谟克利特认为“原子是构成万物的最后的不可分割最小微粒。”
物质世界万物之间有着复杂的广泛的联系，宇宙是由无数看似不相关的微观物质聚合在一起在特定时间而生成的，因此可以说宇宙是个整体。生成论在《老子》、《易传》、《内经》都有论述，当代天体物理学也认为宇宙是从量子一类物质中生出来的。
因此那种把宇宙基础看成绝对简单的看法是荒谬的，宇宙万物有机联系着，没有一种物质和其他物质无关的。
现代科学也初步认识到是无间的联系重要性。由于阿波罗号登月工程的出现，科学家们才发现，有的复杂问题无法分解，必须以复杂的方法来对待，因此导致系统工程的出现，方法论的方法才第一次被综合性的方法所取代。系统工程的出现对许多大规模的西方传统科学起了相当大的促进作用，如环境科学，气象学，生物学，人工智能等等。
这仅仅是初步的认识，据物体宇宙整体性认识相差还很远。
因此构成论是谬误的。
笃信还原论者认为“世界是机械化的。”这是继承德谟克利特的衣钵，德谟克利特认为世界就是孤立的、不演化的原子构成的。
德谟克利特的机械论在近代科学发展中有着高度影响。笛卡尔认为世界就像一台机器，一台极其精密的机器，这台机器可以通过被拆散而被理解，研究完这些部件后，再将它们拼在一起，可以更好的看到一个完整的全景。
这是典型的机械论，我们若把世界这台机器拆散后，就再也拼装不在一起来，无论你的技术多么精湛，比如你把一个人分解成各个部件，这个人就成了死人，这个人就在也活不过来了。因此对物体分解是可以的，分解之后可以认识分解之后的情形，然而分解之后要想“看到一个完整的全景”则不可能。
机械论把整个大自然解释成在运动中的、完全受制于物理学和化学规律的客观存在的体系。
恩格斯在《反杜林论》的引论中批“机械论”时说：“把自然的事物和过程孤立起来，撇开广泛的总的联系去进行考察，因此就不是把它们看作运动的东西，而是看作静止的东西；不是看做本质上变化着的东西，而是看作永恒不变的东西；不是看做活的东西，而是看作死的东西。这种考察事物的方法被培根和洛克从自然科学中移到哲学中以后，就成了最近几个世纪所特有的局限性，即形而上学的思维方式。”“形而上学的思维方式，虽然在相当广泛的、各依对象的性质而大小不同的领域中是正当的，甚至是必要的，可是它每一次都迟早要达到一个界限，一超过这个界限，它就要变成片面的、狭隘的、抽象的，并且陷入不可解决的矛盾，因为它看到一个一个的事物，忘了它们互相间的联系；看到它们的存在，忘了它们的产生和消失；看到它们的静止，忘了它们的运动；因为它们只见树木，不见森林。”
但是世界并非机械的，而是有机演化的。
德谟克利特的原子论是从现有物质推测出来的，因此，原子论认为现在的物质世界是从来就有的，是既成的。既成论用孤立、静止、片面的观点看世界，认为一切事物都是孤立的，永远不变的；如果说有变化，只是数量的增减和场所的变更，这种增减或变更的原因不在事物内部而在于事物外部。
既成不变论自然观所描绘的世界图景是“即太阳底下没有新的东西，当上帝给予第一推动力创世之时起迄今，普天之下原则上并无新物”。
显然既成论研究的是物质世界横剖面，宇宙生成之时他不管，宇宙生成之后它又不管，它只研究现今的宇宙。
这一错误是带根本性的，现在的物质世界不是既有不变的，现代天体物理学认为宇宙从诞生到如今已经有200亿年。因此宇宙以及万物皆是永远生成着演化发展并衰亡着，任何事物又有生老病死，所谓新星就是该星老死爆炸的闪耀。
因此既成不变论是谬误的。
笛卡尔的“我思故我在”确立了“主客二分”制，即“天人相分论”。是为西方近代以来哲学的奠基石，无论对哲学、科学影响巨大，我们从科学角度考察，还原科学从不研究天人关系，整个物理、化学等等只研究天体与自然界，从未把人和天体联系起来研究，尤其是现代医学，只关心人的尸体解剖和动物实验，从来不研究天体的辐射对人有什么影响。
事实上天体辐射对人体的影响是决定性的，人生际遇生老病死和天地之气息息相关，中医学对此有大量的论述。
据此我们看到把人与天体分离的做法是严重错误的。
原子在虚空运动，而原子是不变的最小建筑块，原子在虚空运动的速度与距离构成时间，由于原子是不变的，所以原子运动也就没有方向性，向任意方向都可以，正负都是。这是还原论科学可重复的原因！
原子既为最小单元，就是说它本身是不变化的；不变化的原子在运动中就具不变性，这是导致物体内部没有时间的根本原因；原子中并非没有空隙；原子在空间运动不假，但它本身也在不断生成与发展以及衰亡。
这是原子的外部时间，事实上宇宙的本原物质有内部时间，即：“道者，反之动”。道在生成演化过程中所遵循时间规律。因此宇宙是演化发展的，万物也是演化发展的，只有向前，不能后退；因此宇宙时间是有方向的，是不可倒退的，不是正负都可以的，是不可还原的。
数学是研究数量、结构、变化以及空间等概念的一门学科。透过抽象化和组成、结构、性质逻辑推理的使用，由计数、计算、量度和对物体形状及运动的观察中产生。数学属于自然科学，从自然科学的诞生开始就和数学紧密联系。
然而数学果真能反映物质世界的真实情况吗？现在科学家们对此提出了严重质疑。
罗杰·彭罗斯在他的《真实之路》一书的结论章中提出这样的质疑：“我认为至今尚未找到一条真正的'真实之路’。尽管2500年来，尤是最近的几个世纪，人类取得了非凡的成就。然而……一些人认为，这条路本身可能就是个海市蜃楼，具有真正客观性质的、不依赖于人们怎样去观察它的'物理真实’，这一概念本身就是一场白日梦。”
宇宙万物间有着千丝万缕的联系，量子力学也认识到“没有一个独立存在于客观世界的事物。”客观事物不独立，数学如何对其描述？
对量子力学数学描绘的质疑。量子力学指出像电子这样的微观粒子不会同时具有精确的动量和精确的位置，这一不确定性原理限制了人们对微观事物认识的极限，因为存在观测者对观测目标的扰动，主体和客体世界必须被看成是一个不可分割的整体。因此数学描绘不出物体的真实情况！
乔普拉和奥尔福德的一段对话，奥尔福德认为不同动物的观察同一事物会得出不同的结果。
乔普拉：您认为是否存在独立于观察者的真实事物？
奥尔福德：是的。那种执着地认为桌子上的水壶依赖于你或我的观察的观点，我并不认可
乔普拉：我认为水壶的形状、颜色、质感依赖于神经系统，不同的神经系统对这些信息的感知会完全不同。蜜蜂不会体验到（同样的）水壶，蝙蝠会体验到超声波的回声，而蜥蜴的眼球能以两个不同的轴转动，我很难想象对一只蜥蜴来说，水壶看起来是什么样子。所以，水壶本身就是作为水壶而存在吗？
奥尔福德：是的。
乔普拉：物质是假象，唯有意识是真实。
此乃从动物与人的视神经不同而看到的物体不同。
奥尔福德2006年发表于《物理学基础》上的一篇论文中称，物理学“只是覆盖了我们经验世界的有限方面”。
真实是什么？在数学框架中，真实可能永远得不到一个完整的最终描述，科学探索者正如受了伤的菲罗克忒忒斯。自然世界中，不依赖于主观观测的客观真实是否存在？在当前的物理学和数学范式中探索心理过程与意识，能否完整地诠释真实？迄今尚未发现的未来的物理或数学是否有这个能力？
除此之外，现在发现宇宙间有暗物质存在，暗物质不反射光及电磁波，目前对暗物质性能尚一无所知，暗物质可能占宇宙物质的90%。如此巨大数量的暗物质数学是无法描述的，所以数学描述宏观世界有效，描述微观世界无效，因此数学描述的世界是很有限的。
万物皆是负阴而抱阳，阴就是微观之“气”；要观察就要对其用光或电磁波其照射，眼睛接受物体上的光或电磁波我们才能观察到物体，这些微观之气就如同光量子甚或比场量子更微观，对他照射必然引起扰动，因此我们看到的是一团乱纷纷被扰动了景象，其真实情况我们是观察不到的。这就是数学不能描述真实世界的根本原因。
因此数学只能在还原论的宏观中适用，而在量子以外世界就不适用了。
逻辑学就是关于思维规律的学说，是研究思维规律的科学。
我们知道，思维要有依据，外求认识所得的经验就是逻辑思维的依据。近代以来的科学都是外求认识的产物，所以近现代科学都需要逻辑学来论证。
然而内求认识的知识则用逻辑学就不起作用了，内求认识主要以顿悟的方式得出明确的结论，因此逻辑学只是用与外求认识，因此中国没有发展逻辑学。
还原论研究微观世界常常借助模型，把看不见的微观世界想像出一个机械模型，微观世界被想象成与看得见的东西相类似，因此机械模型的直观性，成了科学家们描述的自然界的本质的一种手段。
这一模型是不过是想象而已，并非事实！
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