晚清时期，日本派往中国的间谍接连不断。“玄洋社”大约是最早在中国进行秘密间谍活动的组织，其“实绩”之一是，1884年在上海昆山路建起的东洋学馆。
潜入中国的间谍组织
1886年春，日本陆军参谋本部派荒尾精中尉秘密潜到中国刺探情报。之前，虽然日本间谍已深入到中国的许多城市，但荒尾精是个转折点。他第一个理清在华日本浪人错综复杂的关系，并将日本参谋本部与大陆浪人有机地纠合在一起，使日本间谍更加疯狂，也更具谋略。
荒尾精先到上海，他首先去找一名叫岸田吟香的日本商人。岸田17岁学习中文，曾任《东京每日新闻》主笔的他当时在上海开设乐善堂上海分店，还经营印刷厂。他用铜版印制了诸子百家典籍的袖珍本而大受欢迎，成为上海滩炙手可热的人物。
岸田吟香向荒尾精介绍中国的情况。当时上海浦东有一家日侨开办的洋行叫广业洋行，成为大陆浪人的汇聚之所和实际据点。这些大陆浪人中的多数曾就学于东洋学馆。学馆停办后，有的到了岸田吟香的乐善堂；有的就在广业洋行干活。荒尾精设法把这批大陆浪人控制到了自己手上，其中的宗方小太郎、井深彦三郎、山内岩等都跟随荒尾精到了汉口。
1890年4月，荒尾精回日本述职。9月他带领从日本各地征召的150名学生来上海开办“日清贸易研究所”。之后他在英租界四川路与汉口路交界处办了个日清商品成立所，并取了个中国名字“瀛华广懋馆”。这也是个以经商为名的间谍机构。荒尾精回日本后，这个机构由参谋本部派来的根津一大尉接管。
根津一将汉口乐善堂成员在中国各地搜集的情报分门别类整理，编纂成三大册2000多页的《清国通商综览》，涉及政治、经济、文化、地理、交通等诸多方面，是一部有关中国的百科全书。这部书为日本军政当局侵华提供了大量第一手资料。
1894年夏季，即甲午战争前夕，日本以重兵胁制朝鲜。日军参谋总长、陆军大将栖川宫炽仁亲王亲自召见根津一，令他再次潜往中国，目的是侦察北洋舰队的动向与实力，作临战准备。荒尾精到沪后，立即将宗方小太郎从汉口召回到上海，命他潜入烟台、威海，侦察北洋舰队的动向。为了避免中国方面注意，日本间谍机构制定了一套周密的暗语系统，如“上等品”代表“旅顺口附近兵”；“中等品”指“大连湾附近之兵”等。这次宗方与根津一又研究出新的暗语，“买卖不如意”意为“北洋舰队不出威海”；“草帽辫行市如何”指“北洋舰队出威海进行攻击”等等。
买通李鸿章的外甥
甲午战争前，清政府已建立了北洋、南洋、福建、广东四支舰队。这四支舰队中，日本人最重北洋舰队。因为李鸿章向德国订造的铁甲“定远”、“镇远”、“来远”、“经远”四舰，向英国订购“致远”、“靖远”两舰都隶属于北洋舰队。到1888年，北洋舰队已经拥有大小舰艇25艘，官兵4000人。同时李鸿章还在威海修建船坞、港口、炮台等，并驻有北洋水师提督衙门。
宗方小太郎从上海到烟台后，第二天就化装成农民模样前往威海。威海是北洋舰队的主要基地。由于北洋舰队防备较紧，一时收效不大。
在天津的日本间谍石川伍一也在积极活动，他表面看来只是日本松昌洋行的普通职员，其实已是一个老练的军事间谍。他曾与另一名日本间谍高桥谦结伴深入到中国的13个省，进行详尽调查。1886年两人经湖南到达汉口，归入荒尾精门下。此后两人加入四川支部，完成了一部有关四川的报告并附有详图。1893年石川来到天津，进行间谍活动。也许命里注定，1894年是他间谍活动的顶点，却也是他的终结之日。
这年二月，石川有意结识了一名叫汪开甲的军官。在汪开甲的引见下，石川当天就见到李鸿章的外甥、时任军械局书办的刘芬。石川精心策划，满足了刘芬的贪欲和色欲后，刘芬以后唯石川是从，不断为石川提供情报。结果，石川毫不费力就顺利地获得援朝清军的有关情报，日本大本营获悉后赶紧调整了兵力部署。
1894年7月23日，日本联合舰队司令、海军中将伊东右亨率舰队从佐世保出发，驶向朝鲜的海岸，进入临战状态。7月25日丰岛海面发生了清军运兵船被日本联合舰队围攻的悲惨事件，清军千余人全部丧生。
汪开甲结交日本人的行为引起天津城守营千总任如升的注意。经审问，汪开甲供出石川伍一。任如升迅即上报天津海关道盛宣怀。石川担心在天津洋行不安全，悄悄转移到刘芬家，结果被一直监视他的天津衙门一并抓获。这是清政府破获的第一起间谍案。这年9月20日，石川伍一被押赴刑场，“按公法用洋枪击毙”。刘芬则“绑赴市曹”处决。从此，清政府各级官员对日本间谍开始有所重视。
间谍影响着战争的胜负
日本在中国的军事间谍当时已渗透到了各地区。其在华北的总机关设在北京，总头目是青木宣纯。1884年在日军参谋本部任职的青木奉命到中国进行谍报活动。他先在广东活动3年，后调到北京收集情报，并绘制了精密的北京郊区地图，这是日本首次得到北京郊区图。
在上海，根津一与日本驻沪领事大越成德派遣间谍藤岛武彦化装成和尚，到浙江普陀山与隐匿在法雨寺的高见武夫会合、刺探福建舰队的军情，并绘制地图。藤岛在镇海被抓获，这起间谍案才被发现。
在这一系列日本间谍中，最诡计多端的是在天津的神尾光臣。神尾光臣毕业于日本陆军教导团，1882年被派到中国搞情报，被誉为日本陆军“三大中国通”之一。
“甲午战争”前夕，大本营给神尾光臣一个特殊任务，除了搞绝密情报外，还要发回一些中国正积极备战的假消息，激起日本国民的战争情绪。神尾光臣心领神会，歪曲事实不断发回中国准备对日开战的假情报，致使1894年7月12日，日本内阁以“中国在平壤集结大军，欲与日本一战”为由，向中国发出第二份绝交书。清政府被迫采取措施，16日军机处和总理衙门召开联席会议商议对策。
李鸿章提出作战计划：使用招商局轮船，从水路将驻在直隶小站地区（今属天津）宁夏镇总兵卫汝贵率领的6000盛军移驻平壤；将防卫旅顺的马玉昆指挥的2000毅军移驻义州本；由奉天调4000奉军进驻平壤，以压制汉城、仁川的日军。并令海军提督丁汝昌以北洋舰队之主力出击，与陆上部队相策应。不料神尾光臣在天津收买了清政府军机处一位官员，这些机密毫不费力地送达日本大本营。大本营向大岛旅团下令，自汉城向南开进，以逸待劳阻击清军。
1894年8月1日，中日正式宣战，两国军队在朝鲜进行着你死我活的激烈较量。日本驻天津领事馆撤走后，宗方小太郎将自己伪装成中国老百姓，来往于威海、旅顺之间，窥探中国海军的情报。
8月中旬后，由于平壤战事紧急，清政府决定向朝鲜再派援兵。由招商局的五艘轮船运送总兵刘盛休的铭军十二营6000人入朝。防止日本舰队袭击，李鸿章电令北洋舰队主力护航。停泊于威海的镇远号等14艘中国军舰，投入出征准备。宗方小太郎在威海得知北洋舰队的出发时间，立即将详情电告上海谍报机关。
根津一马上发给日军大本营。日军大本营即派日本联合舰队出发，9月15日到达朝鲜黄海道大东河口附近。而丁汝昌率北洋舰队由威海卫出发，经旅顺后15日舰队至大连湾。16日午前1时，舰队起锚，包括了定远、镇远、来远、经远、致远、靖远等在内的军舰12艘、炮艇2艘、鱼雷艇4艘，护送运兵船航行。
下午，舰队到达鸭绿江大东沟口外。丁汝昌派镇中、镇南2艘炮舰及鱼雷艇护卫运兵船入口，平远、广丙2舰在口外警戒。其余10艘军舰在离口外12海里的大鹿岛东南下锚。18日11时30分，中日两支舰队互相发现目标，震惊世界的黄海海战爆发。由于敌我力量悬殊，中国北洋舰队惨遭重创，损失超勇、扬威、致远、经远、广甲五舰，包括邓世昌、林永升在内，死伤800余人。
至此北洋舰队避敌不出，日本夺得制海权。不久宗方小太郎被召回日本，他穿着中国服，接受天皇的召见。陆军大将本庄繁评价宗方说：“日清战争之时，他密行威海卫军港，详细侦察敌情，对君国做出极大贡献。 ” 平壤沦陷后，清政府意识到日军会乘势侵入中国东北。为了清政府的“龙兴之地”，李鸿章调兵遣将。而日本侵略者梦寐以求的进攻辽东半岛的计划果然实施了，10月24日日本第一军向中国的鸭绿江防线发起进攻。同时第二军第一师的16艘运兵船在十多艘军舰的护送下向花园口进犯。根津一带着他日清贸易研讨所的六名间谍随同，作为向导与先锋随同登陆。
当然，根津一手下的这6名间谍也未有好下场，其中有5人后来都被清兵抓住处死。
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