一、办公室
1.综合、协调司内的行政事务工作。
2.负责各类文件的运转和管理。
3.协助管理司内人事、外事、人员培训等工作。
4.具体组织开展司内文体活动及青、工、妇活动。
5.管理司内行政经费和后勤事务工作。
二、综合处
1.统筹高等教育改革与发展战略、方针、政策和有关教学文件的研究、拟订工作。
2.统筹、协调本科专业目录修订、教学管理干部和师资短期培训、重大教学改革立项等司内有关综合业务工作。
3.负责高等学校专业设置管理和第二学士学位管理工作。
4.统筹协调与部内有关司局，与其他部委和地方教育行政部门的有关业务工作。
5.统筹协调对外宣传和信息服务工作。
三、高等教育评估处
1.研究、拟订高等教育评估的方针、政策、法规和文件，推动高等教育质量宏观调控体系和评估制度的建立和完善。
2.统筹规划与协调各类高等教育的评估工作。
3.统筹规划、协调和组织各类高等学校教育教学工作的评估工作，组织评估结论的审核工作。
4.组织有关评估专家组织，指导评估专家组织和中介机构开展工作。
5.管理高等教育评估的信息工作，分析研究评估信息，开展对外信息服务。
6.规划组织高等教育评估研究和学术交流。
7.统筹组织全国高等学校国家级教育教学成果的奖励和表彰工作。
四、教学条件处
1.组织拟订高等教育指导性教材建设规划和高等学校图书馆工作的有关政策、法规。
2.组织开展高等教育教材和高等学校图书馆建设信息服务。
3.组织、协调高等学校文献信息、教学资源的优化配置及共建、共享工作。
4.运用教学条件评估、重大课题立项、重点经费补助、评奖等手段，推动和加强教材和图书馆建设。
5.组织有关专家组织，并指导其开展工作。指导图书馆人员的短期培训工作。
五、实验室处
1. 宏观指导各类高等学校教学类实验室工作。
2. 拟定高等学校教学类实验室工作的方针政策和指导性文件。
3. 负责各类高等学校实验室信息统计。
4. 指导高等学校实验室建设、仪器设备配置、实验教学、实验队伍建设和培训。
5. 组织推动高等学校实验室信息化建设和仪器设备资源共享。
6. 指导实验教学指导委员会和有关专家组织的工作。
六、直属高校工作办公室
1. 负责指导直属高校战略发展规划。
2. 负责省部共建工作。
3. 承担直属高校咨询委员会秘书处日常工作。
4. 负责有关综合协调和联络工作。
七、文科教育处
1.统筹管理高等文科教育。研究、拟订文科教育人才培养工作的基本战略、方针及政策。
2.拟订文科学科专业人才培养工作的指导性文件，宏观指导有关高等学校文科专业的教育教学工作。
3.指导和推动外语专业和公共外语教学改革与建设。
4.指导高等学校加强文化素质教育和文科学科专业的教材建设工作。
5.运用教学评估、基础学科人才培养基地和大学生文化素质教育基地建设、教学改革重大项目立项等手段，推动文科教育人才培养工作。
6.组织并指导文科各学科教学指导委员会开展工作。指导或组织短期师资培训工作。
八、财经政法与管理教育处
1.统筹管理经济学、法学和管理学类专业的教育教学工作。研究、拟订经济学、法学和管理学类人才培养工作的发展战略、方针和政策。促进经济学、法学、管理学学科专业与社会的密切联系。
2.拟订经济学、法学和管理学类本科专业人才培养工作的指导性教学文件。
3.运用教学评估、教学改革立项、基地建设等手段，推动经济学、法学和管理学科类专业人才培养工作。
4.组织开展经济学、法学和管理学的教育教学研究。指导或组织短期师资培训工作。
5.指导有关教学指导委员会及有关专家组织开展工作。
九、理工科教育处
1.统筹管理理工科类高等教育，指导理工科高等学校的人才培养工作。
2.组织研究、拟订理工科高等教育人才培养工作的基本方针、发展战略、政策和指导性教学文件;指导各类理工科教育教学工作，协调理工科教育与社会的联系、推动教学与科研生产的结合。
3.推动高等理工科学校教学基本建设和教学改革，监督与检查教育质量。
4.规划并指导、组织有关的高等教育教学研究工作。
5.组织并指导理工科类各有关专家组织开展工作。
十、农林医药教育处
1.统筹管理农林医药高等教育。研究高等农林医药教育改革、发展的宏观社会背景与发展趋势，拟订农林医药高等教育人才培养的发展方针、战略、规划、政策。
2.组织研究、拟订农林医药高等教育人才培养工作的指导性教学文件和质量标准，指导农林医药高校的人才培养工作，推动学校与社会、教学与科研生产的结合。
3.运用教学评估与教学检查、重大项目立项、开展教学改革实验、组织教学管理干部和教师培训等手段，推动学校教学基本建设和教学改革，保证人才培养质量、提高办学效益。
4.组织有关高等农林医药教育教学的科学研究工作;协调、指导有关高等农林医药教育管理部门业务工作;组织、协调有关专家组织，并指导其开展工作。
5.提供高等农林医药教学信息服务。
