按照目前税法有关规定，企业因管理不善丢失固定资产，应按照固定资产账面净值计算进项税额转出。与此同时，发生的固定资产损失可以在企业所得税税前扣除。进项税额的转出与资产损失税前扣除是相辅相成的两项政策，总体上考虑了资产损失对企业的不利影响，减少了企业的赋税。
相关规定列举如下：
一、进项税额转出的相关规定
《中华人民共和国增值税暂行条例》（国务院令第538号）第十条规定，非正常损失的购进货物及相关的应税劳务的进项税额不得从销项税额中抵扣。
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十四条规定，条例第十条第（二）项所称非正常损失，是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。
《财政部 国家税务总局关于全国实施增值税转型改革若干问题的通知》（财税〔2008〕170号）第五条规定，纳税人已抵扣进项税额的固定资产发生条例第十条（一）至（三）项所列情形的，应在当月按下列公式计算不得抵扣的进项税额：不得抵扣的进项税额=固定资产净值×适用税率本通知所称固定资产净值，是指纳税人按照财务会计制度计提折旧后计算的固定资产净值。
《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）第三十一条规定，已抵扣进项税额的固定资产、无形资产或者不动产，发生本办法第二十七条规定情形的，按照下列公式计算不得抵扣的进项税额：
不得抵扣的进项税额=固定资产、无形资产或者不动产净值×适用税率
固定资产、无形资产或者不动产净值，是指纳税人根据财务会计制度计提折旧或摊销后的余额。
根据上述规定，企业丢失固定资产属于非正常损失，应做进项税额转出，具体转出的不得抵扣的进项税额=固定资产净值×适用税率。
二、固定资产损失税前扣除的规定
《企业资产损失所得税税前扣除管理办法》（国家税务总局公告2011年第25号）关于固定资产损失税前扣除的规定：
第五条 企业发生的资产损失，应按规定的程序和要求向主管税务机关申报后方能在税前扣除。未经申报的损失，不得在税前扣除。
第二十九条固定资产盘亏、丢失损失，为其账面净值扣除责任人赔偿后的余额，应依据以下证据材料确认：
（一）企业内部有关责任认定和核销资料；
（二）固定资产盘点表；
（三）固定资产的计税基础相关资料；
（四）固定资产盘亏、丢失情况说明；
（五）损失金额较大的，应有专业技术鉴定报告或法定资质中介机构出具的专项报告等。
第三十一条 固定资产被盗损失，为其账面净值扣除责任人赔偿后的余额，应依据以下证据材料确认：
（一）固定资产计税基础相关资料；
（二）公安机关的报案记录，公安机关立案、破案和结案的证明材料；
（三）涉及责任赔偿的，应有赔偿责任的认定及赔偿情况的说明等。
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