藏象学说将脑的生理病理统归于心而分属于五脏，认为心是君主之官，五脏六腑之大主，神明之所出，故将人的精神意识思维及情志活动统归于心，称之曰“心藏神”。但又把神分为神、魂、魄、意、志五种不同的表现，分别由心、肝、肺、脾、肾五脏主司，即所谓“五神脏”。脑的功能与五脏密切相关，五脏精气充盈，功能旺盛，才能化养五神并发挥其生理功能。
“心脑息息相通，其神明自湛然长醒”（《医学衷中参西录·痫痉癫狂门》）。心有血肉之心与神明之心：血肉之心即主运血之心脏；“神明之心……主宰万事万物，虚灵不昧”（《医学入门·脏腑》），实质为脑。心藏神，脑为元神之府；心主血，上供于脑，血足则脑髓充盈。故心与脑相通。临床上脑病可从心论治。
肺主气，朝百脉，助心行血。肺之功能正常，则气充血足，魄生而主司感觉，故脑与肺有着密切关系。
脾为后天之本，气血生化之源。脾胃健旺，腐熟运化五谷，气血化源充足，五脏安和，九窍通利，则清阳出上窍而上达于脑。脾胃虚衰则九窍不通，脑失所养。所以，从脾胃入手益气升阳是治疗脑病的主要方法之一。李杲倡“脾胃虚则九窍不通论”，开升发脾胃清阳之气以治脑病的先河。
肝主疏泄，调畅气机，又主藏血。气机调畅，血气和调，则脑清神聪，魂化而主司运动及内在思维。若疏泄失常，肝气抑郁或亢逆，则见精神失常，情志失调，或清窍闭塞，或为中风昏厥；若肝失藏血，神失所养，魂不得涵养而飞荡，则见运动障碍或梦呓夜游等。
肾藏精，精生髓，髓充脑，脑为髓海。髓由精化，“在下为肾，在上为脑，虚则皆虚”（《医碥·卷四》），故肾精充盛则脑髓充盈，肾精亏虚则髓海不足。“脑为髓海……髓本精生，下通督脉，命火温养，则髓益之”，“精不足者，补之以味，皆上行至脑，以为生化之源”（《医述》引《医参》）。所以，补肾填精益髓为治疗脑病的重要方法。
总之，藏象学说认为，五脏是一系统整体，人的神志活动虽分属于五脏，但以心为主导。脑虽为元神之府，但其生理病理与五脏休戚相关，故脑病亦从五脏论治，其关乎肾又不独责于肾。对于精神意识思维情志活动异常的病证，决不能简单地归结为心与脑的病变，而应从五脏论治。
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