《黄帝内经》对方剂学形成中在理论基础方面，主要是它的一个贡献，起到了方剂学理论的奠基工作：
1. 我们现在统帅治法的是治则，治疗原则，不管是扶正祛邪或者平调阴阳，调和气血津液，因人因地因时制宜等等适合于一切病症所需要的一种指导思想，那这个治则基本上都是《黄帝内经》里面建立的。 2. 《黄帝内经》归纳了非常多的治法，不论后世总结的哪类治法，如程钟龄归纳的“八法”，或者张景岳归纳的治法“新方八阵”，“古方八阵”里面体现的治法，或者“十剂”里面的一些治法，几乎在《内经》里都已经提到了，都总结了。
3. 《黄帝内经》的十三方过去认为也是属于经方范围的。认为是最早的方剂。十三方里从剂型、服法以及到它临床使用针对的主治和后世医学运用的意义上看来，都有一定的基础，一定的价值。虽然方量不多反映出这个时候的用方从剂型、服法上，比《五十二病方》时期是有进步的。都是经方范围的。
4. 在方剂配伍的基本结构方面，《内经》开始提出“君臣佐使”的理论。提出以 “君臣佐使” 作为组织方剂基本结构的要求。 《黄帝内经》为整个中医理论奠基，此处仅分析对方剂学的联系与贡献。
《伤寒杂病论》的贡献：
1. 在《黄帝内经》对《方剂学》奠定理论基础的同时，汉代《伤寒杂病论》也在医学内部以及外在环境相互的促进下产生了。和当时的政治、经济、文化，和当时的《内经》的很多思想有关。中医藏象学说完全形成也是在西汉后期，阴阳五行学说用到医学上完全成熟也是西汉。在这种情况下，加上全球性的那场流行病，在和疾病作斗争过程中总结了大量经验基础上产生了《伤寒杂病论》。张仲景自己承认“勤求古训，博采众方”。学习了《灵》、《素》。在这个前提下，才产生了《伤寒杂病论》。那《伤寒杂病论》对方剂学的贡献那更加直接了，首先它建立了治法，辨证。证候的本质是病机，针对病机，产生治法，治法指导下组织方剂。他说“融理法方药为一体”。就是指治法方剂在临床实践中，和理论、药物结合，形成理法方药体系，这是一大贡献。
2. 产生了一大批多少年来临床验证行之有效的名方。所以把仲景方称为“经方”。它重方并不多，《伤寒杂病论》后来分为《伤寒论》和《金匮要略》两本书合起来去掉重复的才323方，但绝大多数长期临床运用行之有效，直到现在中医界都非常推崇。
同时，仲景制定了很多基础方，对后世方剂学的的发展起了很大的作用。而这些基础方里反映了很多配伍的基本结构。我们不光说这些方面临床疗效好，它配伍的基本结构对后世的影响很大。就象白朮、茯苓的配伍。到宋元时代，产生的以白朮、茯苓配伍的方，仅仅从比较有名一点的医籍里面来看，就有几百个。都以此为基本结构。从基础的方剂，针对基础的病机，体现基础的治法，然后是基本的配伍单元。而且，从它的精炼的用药，准确的用量，也反映出对后世组方配伍规律有很大的影响 。可以说，这个时代，仲景《伤寒杂病论》的出现是个大的飞跃。对方剂学的形成和后世的发展起很大的作用，因此人们才把它叫做“方书之祖”。不是没有道理的。 到这个阶段是达到了一个很高点，但并不等于一切都不用发展。
实际上宋元时期产生 “古方不能治今病”的思想、口号，说得是太过了一点，但也有它的道理。当然这句话出来以后形成的时方派，经方派是在方剂学运用研究中的两大流派，在运用中甚至有一种互相对峙的情况。应该怎样很好地处理这两方面的关系，这也是我们后面在讨论到具体的方剂时，一个应认真思考的问题。但不管怎么说，《伤寒杂病论》奠定了辨证论治的基础，也是“方书之祖”，融理法方药为一体，产生了一批对后世影响很大，到现在运用仍卓然有成效的方剂。 日本人对中国古代医家最推崇的就是张仲景，朱丹溪。他们甚至于用仲景原方药都不变，这也太过，他们和我们交流时，说“你们怎么把张仲景的方改来改去的呀，加加减减，对张仲景不尊重。我们开的小柴胡汤一剂，小柴胡汤两剂”。我说张仲景自己就加减，仲景方里很多基础方都有加减方法。 所以对《伤寒论》、《金匮要略》的学习、研究还应该很好地深入。
根据邓中甲讲方剂学整理
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