理论范畴系统是医学事实和问题的解释系统，要对医药事实和问题给出原因和道理的说明。医学理论一方面要对生命和疾病给出系统的解释说明，同时还要对如何诊断治疗疾病以及预防保健的实践作出指导。因此医学的理论系统不同，就必然会对生命和疾病有不同的解释说明，对诊断治疗及预防保健进行不同的指导。中西医学的理论系统的根本差异可表现为以下：
一、理论范畴的非实证性与可实证性
医学的理论系统是医学的解释说明系统，由生理、病理、病因、药理等部分构成，藉以说明生命和疾病的不同问题。中西医在理论范畴方面最突出的一个整体特征就是理论的可实证性和不可实证性。
（一）中医理论的非实证性
了解中医学的人都能感受到这样一种问题，就是中医学的概念原理如阴阳、五行、精气、经络、命门、三焦等，在人体内都难以找到确切的实物证据，而西医的细胞、分子、器官等都可以找到确切无误的物证。这就十分明显地显示出中医学的理论范畴具有非实证性的特征，这也是中医不同于西医的最鲜明的区别之处。何以如此呢？
1、中医理论不是对客观物质的直接描述
中医学最基本的理论范畴如生理、病理、病因、药性、配伍、治法等，虽然
有形态解剖等实物观察的内容作为认识的起点，但是在赋予给这些理论范畴相应功能内涵时，却大大超越了这类实物所具有的内涵。正是体会到了这一点，近代大医恽铁樵先生才极力强调“内经之五脏，非血肉之五脏，乃四时气化之五脏。”
中医理论范畴不是对所要说明的问题进行对象性的直接描述，它所说的脏腑，虽也有一定形态描述，也绘制出一些图谱给以示范，但是谁都能发现，其中的文字描述和图画示意都与实际脏腑器官相差甚远。而学习中医的人对这些物质形态的描摹并不在意，他们所要理解的中医理论似乎与此无关，因为不了解这些内容并不影响对中医理论的理解和掌握，所以今天的中医理论课程干脆去掉了对中医缺少必要意义的形态学内容。
另一方面，除了对实有的脏腑器官描述失真之外，中医学为了说明生命和疾病活动及其过程，还提出了客观上不存在的脏腑，比如三焦、命门等；也提出了重要的生命物质，如元气、卫气、宗气、元精等；为了说明疾病的原因，中医淡化了实际客观存在的虫兽、饮食、毒物等病因，没有为这些实在致病因素规定致病性质，而系统发挥了没有物质实证的风、寒、暑、湿、燥、火等六淫因素，对这些因素的致病性质和特点进行了详细的论述。而运行气血、沟通表里、内连脏腑、外络肢节的经络，直到今天仍无法捕捉其物质痕迹。
其实，中医学之所以会建立这样的理论，其目的是为了求解生命和疾病的原因，开启寻求诊断治疗之道的大门和路径，而不是为没有直接诊治意义的生命和疾病命题寻求物质证明。正因为这种面对实际诊治的求实目的，中医学积累了极其丰富的医药经验，使中医学在没有确切基础医学支撑的条件下，在18世纪以前，临床诊治能力和水平长期领先于世界。
2、中医理论是对生命和疾病现象的外部类比概括
中医学理论既然不是对生命和疾病客观对象的直接描述，那么这种理论又是怎么建立起来的呢？因为如果为了求证生命和疾病原因及规律的物质存在，就必须向对象的内部进行探查。而中医学放弃了这种求证的探索，而沿着求解的致思方向展开了自己的理论路线。既然不采取内部探查物证的方式去说明生命和疾病，那就只能采取外部联系的方式去建立说明生命和疾病的理论。
中国素有天人合一、真善合一、情景合一以及心物合一的思维传统，认识事物习惯于从广泛的联系中去界定被认识的事物。正因为这一传统，中医在认识生命现象和疾病现象时，为了解释说明这些现象的原因和规律，不是向事物内部揭示其原因及规律的物质性因素，而是采取广泛的外部类比，借助与生命和疾病相类似的事物及其现象给出说明，从而构建了中医学的理论体系。在这样的理论体系中，几乎所有的基本概念都不属于物质实证性的。
3、不可以用实证方法强解中医理论
中医学的几乎全部基本概念范畴都是不可实证的，都没有可供实证观测的内涵。原因是这些范畴没有具体明确的物质基础，而是依靠外部类比得出的形容和比喻概念。因此对中医学的理论概念既不可以按实证要求去理解，也不可以按实证要求去检验，更不可以按实证要求去研究。长期以来曾有大量文章利用现代科学比附中医学的理论概念，但是皆因为与中医理论内涵不符而成为昙花一现。
比如因中医有三焦水道之说，便将三焦概念说成是泌尿系统；又因中医有三焦为一腔之大府之说，便将三焦说成是胸腹膜系统；还因中医有中焦如沤之说，又将三焦说成是乳糜池等。还有把元气说成是场，把阴阳说成是细胞内的cAMP和cGMP，更有人把《伤寒论》中的“阴阳易”说成是艾滋病，如此等等。直到现在还有很多研究都在试图寻找中医理论概念的物质基础。这些研究因为不了解中医理论概念内涵实质，所以均都无法成立。
（二）西医理论的可实证性
西医的理论范畴多具备实证内涵，多可以接受实证检验，也可以进行实证研究，尤其近代以来的西医，其理论概念的实证内涵日益明确。
1、西医理论强调对形态结构的真实描述
尽管在古希腊和古罗马时代，西方医学也有过“四体液”和“三种灵气”等不可实证的理论猜测，但是这种理论概念在当时就受到了来自实证解剖学的冲击，只不过凭借当时不完善的形态知识还不足以完整说明生命和疾病现象，所以不得不借助猜想填补事实的空白。而热衷于真实形态描述一直是西医的传统，最后形态学研究终于成为西医理论不可动摇的基础。
古希腊希波克拉底前的阿尔克马翁（Alcmaeon）就已经在解剖学方面做出了很细微的发现：曾用动物进行实验，发现了视神经，在山羊头上发现了咽鼓管，区分了动静脉。史书记载希波克拉底进行过胚胎学的实验观察，他的实验材料是鸡蛋，而且详细地说明了实验方法和操作步骤。希波克拉底之后，在亚历山大的医学校里，解剖学和生理学取得了巨大进步，希罗菲卢斯（Herophilus）尝试人体解剖，创造了“十二指肠”、“前列腺”等医学名词。亚里士多德在胚胎学和动物学方面做出过许多发现。古罗马的盖伦进行了系统的动物解剖，还开创了实验生理学，在解剖和生理学领域做出了一系列重要的发现。中世纪的意大利萨勒诺医学校仍然开展解剖研究，波伦那大学的医生也从事尸体解剖，写出过尸体解剖报告。蒙迪诺(Mondino) 进行过系统化的解剖研究，写出了基础性著作《解剖学》，长期作为医学校的解剖学教材。文艺复兴之后形态学研究逐渐完善起来，达·芬奇（da Vinci）、维萨里（Vesaliua）、塞尔维特（servetus）、哈维（Harvey）、马尔皮基（Malpighi）等在形态学方面都做出了划时代的发现。相比而言，中医学虽然历代也有解剖学记载，但是形态学研究的目的、意义、内容和方法却与西医大相径庭。
2、西医强调对理论概念的实证性探究
西方医学从古希腊和古罗马时期就表现出了对理论认识实证性探究的特点，尤其近代以来日益强调实验方法对医学理论的基础和检验作用，科学研究反复强调“一切经过科学实验”、“实验是确定性之母”，在这种风习之下，医学研究的实证精神强烈地凸现出来。
对西医而言，如果要对生命和疾病现象做出原因和规律的解释，提出生理、病因和病理等方面的理论概念，都必须要给出可实际测量的物质性证据，而没有这样的证据，再形式圆满的理论也难以取信。人们对生理、病理、药理、遗传、免疫等现象可以提出假定性理论概念，但是要想让人们真正接受这种理论概念，就必须为这种理论概念寻找出可以实测的物质根据，否则这种理论概念就没有得到证明，理论认识也就没有最后完成。
这种实证精神在西医领域是普遍的，比如系统、器官、组织、细胞、基因、酶、蛋白质、氨基酸等等，几乎所有的概念范畴都可以找到可实测的物质证据，不论是整体水平的认识还是分子水平的认识都是如此。
3、应遵循实证精神理解西医理论
因为西医求真和求证的思想取向，使得西医在认识生命和疾病过程中，力求真实描述事物的客观状态，在对生命和疾病现象提出理论解释时，对其理论内涵也必须寻求到物质实证，否则这一理论概念就难以被普遍接受。
西医的理论概念都有明确的物质实证内涵，都可以按照这一理论概念的指示对这一物质内涵进行实测。比如说心脏是血液循环的动力，就可以通过各种可控实验检验心脏的实际作用；说肝脏控制糖代谢，也可以利用可控实验证明高糖食物和无糖食物通过肝脏后的变化结果；说基因是遗传信息的载体，那么也可以通过设计的实验证明基因在生物性状遗传中的意义；说体液免疫的物质是丙种球蛋白，就可以通过克隆方法在实验室中制造出预想的抗体；说某种细菌是某种疾病的病因，就可以使实验动物患上这种疾病；说特异性免疫是由特异性抗原刺激下通过免疫应答形成的，那么就可以通过预想的抗原实现特异性免疫，并人工制造出具有预期效果的血清和疫苗，如此等等。
正是因为西医理论概念这种实证精神，所以对西医理论的理解就应该遵循这一精神，并按照这一精神探索未知的问题，揭示隐藏在各种生命和疾病现象背后的物质性原因及其规律，借此不断作出发明发现，不断推动医学的进步。
二、功能超越结构与功能和结构统一
中医的脏腑、经络、气、血、精、津、液等都有明确的功能作用，在生命和疾病过程中都有重要的意义，但是却很难寻找到相应的形态结构基础；而西医的系统、器官、组织、细胞乃至分子，不但具有明确的功能，而且这种功能都能找到明确的形态结构依据。这是中西医两种医学理论的重大差别之一。
（一）中医理论：形态描述与功能脱节
中医学理论的每一个概念都有明确的功能内涵，但是却找不到准确的形态结构基础，即使对形态有所描述，但是其功能内容却多与此形态无关，最为显著的就是脏腑经络和气血精津液理论。
1、只有粗略的形态描述而无结构分析
中医学在历史上也不乏人体解剖的描述，从先秦到晚清曾有过几次较大规模的解剖学记载。《内经》的许多篇中都有过内脏和骨骼的解剖描述，“若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死可解剖而视之。”《难经·四十四难》描述了脏腑形态；“肝重四斤四两，左三叶，右四叶，凡七叶……胆在肝之短叶间，重三两三铢，盛精汁三合。心重十二两，中有七孔三毛，盛精汁三合。……脾重二斤三两，扁广三寸，长五寸，有散膏半斤……肺重三斤三两，六叶两耳，凡八叶…...肾有两枚，重一斤一两，……膀胱重九两二钱，纵广九寸，盛溺九升九合。”宋代以后出现几部解剖著作，计有《欧希范五脏图》、《存真图》、《内外二景图》等。其他医书和史书杂记中也有一些零星的解剖记载，如《梦溪笔谈》、《圣济总录》、《洗冤集录》等。明清时期，《检骨图格》、《洗冤录解》、《医林改错》等书中也都有若干解剖记述。
中医解剖描述有一个显著特点，就是只重形态描述，而缺少结构分析。如历代都对脏腑形态作过描述：如心如莲蕊，位于膈上；肾似蚕豆，位于腰间；脾如马蹄，有散膏半斤；肺如华盖，似麒麟菜等等。没有结构分析，就不能对机能现象给出说明，对理解生理病理就缺少意义，就不能成为生理病理的基础。因为仅仅形态描述无法与器官的机能建立起必然的联系。尤其特殊的是，中医骨伤科最需要解剖结构认识，然而法医学完成的骨骼解剖认识却很少被应用到骨伤科临床。如此，解剖认识只能成为游离于医学之外的点缀。
2、没有结构分析的解剖缺少机能意义
中医学的解剖注重的是形态描述，而很少进行结构分析，而缺少结构分析的解剖对理解说明器官的机能而言意义极其有限。人体的每一个器官之所以能承担不同的生命机能，根本原因不是器官的形态而是器官的结构。在生理条件下，正是因为不同器官具有不同的结构，它们才具有互不相同的生理机能；而在病理情况下，也是因为各种病因损害了器官的结构，因此才会出现相应的病理障碍。结构决定机能，任何机能的差别都有结构差异的基础。因此不深入了解结构，就难以对机能做出根本性的解释说明。
因为中医学的解剖缺少结构分析内容，所以中医学对生理和病理现象的解释说明就不能建立在解剖描述基础上，中医学的脏腑、经络、气、血、精、津、液等生理和病理概念就不可能是解剖学范畴。正因为如此，当年的恽铁樵先生就一再强调“内经之五脏，非血肉之五脏，乃四时气化之五脏。”现在中医教学中也反复指出，中医的脏腑不是西医的脏器，中医的经络也不是西医的血管神经等等。
因此中医学的理论基本属于脱离形态结构的纯功能理论，虽然历代都有某些解剖形态描述，但是在论述机能现象时却与这种形态描述基本无关。
（二）西医理论：机能与形态结构统一
西医理论则以形态结构为基础，不论从宏观的系统水平，还是微观的分子水平，任何功能都必须具有明确的物质结构基础，否则这一功能理论就很难被认可。因此西医理论属于结构功能统一理论。
1、对机能现象必须找到形态结构基础
形态结构研究始终是西医学最基础的认识，不论是宏观的机能现象还是微观的机能现象，都必须具有确实的形态结构认识为依据。没有形态结构认识，机能学的研究就无从开始。
在古希腊和古罗马时期，西医的解剖学就取得了比较系统的研究结果，而近代以来西医学的形态结构研究不断向微观层次深入，在器官、组织、细胞、亚细胞直至目前的分子水平都取得了全面发展，真正支撑了生理和病理乃至遗传、免疫、诊断、药理等各方面机能学的认识。
为了深入全面理解和揭示生命的各种机能学规律，西医从很早的历史时期就细心研究生命的形态结构，在近代建立了系统的宏观解剖学，在此基础上阐明了一系列生理病理问题；进入19世纪后，形态结构研究进入细胞水平，在细胞水平做出了一系列新的发现；到20世纪，形态结构研究进入了亚细胞和分子水平，对生命的各种机能问题阐述的更加深入细致。
综观西医理论，最重要的特点之一就是必须在形态结构基础上才能对机能学问题有所阐明，在没有清晰的形态结构认识前提下，一切对机能问题的理论说明还只能是猜测式的假说，还不是确定的理论。
2、没有形态结构依据的机能认识都是没有完成的认识
在生命的各个层次都可以发现各种生命的机能现象，为了对各种生命的机能现象给出根据充分的说明，科学认识就需要对这些生命现象作出原因、本质、规律和意义的揭示。为什么不同的生物分子、细胞、组织和器官在生命活动中承担不同的机能？就是因为它们都具有各自特殊的形态结构。结构就是事物(系统)内部各部分、成分、要素间相互联系和相互作用的方式。客观事物都以一定的结构形式存在、运动和变化。由于结构不同而具有不同的功能，结构与功能的关系应该是相适应和统一的，结构与功能之间有密切相关性，其结构是行使功能的基础。
在这种思想指导下，西医学自古以来就一直在探寻各种生命现象的形态结构基础，并以这种形态结构的发现去揭示各种生理及病理机能的奥秘。当然很多生理功能及其变化的形态结构基础不是立刻就可以发现的，这时人们会对这样的生理机能及其变化提出假设，用以对这种机能进行系统性说明。但是人们清楚这是没有完成的认识，要想彻底揭示机能的奥秘就必须填补形态结构认识的空白。比如当年在免疫学和药理学中曾提出过“侧链学说”和“受体学说”，研究库鲁病病因的“类病毒”学说等都是没有完成的认识。只有在阐明了药物的化学结构、生物大分子结构以及“盶蛋白”之后，其机能认识才算有了清楚的结论。
西医学理论的特征之一就是结构与功能认识是统一而不是分离的。
三、生理和病理合一与生理病理分立
要解释正常的生命活动现象，就必须有生理学，要解释不正常的疾病现象，又必须有病理学。对西医而言，必须先有生理学才能建立病理学，因为生理是病理的一面镜子，所以西医学的生理和病理是各自独立的学科；而中医学则表现为生理病理不可分离，无法建立独立的生理和病理学。因为离开了病理，生理学既无法理解和研究，也缺少了实际意义，所以中医学是生理病理合一不分的。
（一）中医学生理与病理合一
在当前的中医教学中，中医学的生理与病理都集中在一门《中医基础理论》课程中，其内容不是生理与病理分立，而是二者含混不分在一起。阴阳五行、脏腑经络、气血精津液的学说既是生理也是病理，其间界限无法分清。何以如此呢？
1、中医历史上没有进行过独立的生理研究
在几千年的历史上，中医名医辈出，灿若群星，但是专门研究基础医学的纯粹学者则寥如晨星。临证的实用方书也浩如烟海，汗牛充栋，却绝少不论病证和诊治方药而专门论述基础医学理论的书籍。同时，临床实用的发明发现也史不绝书，可是生理、病理、病因的发明发现却寥寥无几。因为活跃在中医学历史上的实践主体都是临床医生，而临床医生关心的是病人而不是无病的正常人。医生只注意临床病人诊治的实践，而没有兴趣对正常的人体展开实践活动，更没有兴趣开展动物实验。所以中医学不可能开展纯粹独立的生理学研究，甚至也不会有兼任生理研究的医生。
中医学也确实有关于生理的论述，如心主血脉，肝主疏泄，脾主运化，肺主呼吸，肾主藏精等等。这些关于生理的认识又是怎样得出的？应该怎样分析判断这种生理认识的特点以及理论和实践的意义呢？
医生观察到病人的很多不正常的病理表现，而任何不正常的表现都是对正常表现的偏离，因此在理论上为了说明疾病就需要有关生理环节的知识。由此虽然医生没有进行过专门系统的生理研究，但是凭借日常观察和经验，他们可以从病理现象去反推生理。离开了具体病证，一切生理既无法独立研究，也失去了应有的意义。
2、中医生理是对生活实践的直观描述及对病证现象的反推
中医有些生理结论是基于对生活现象的观察，如每个人都会在日常表现出呼吸、心跳、睡眠、出汗、思维、行走运动、生长发育以及情绪变化等，人们需要对这些现象给出解释，这就会得出某种生理结论，如肺主呼吸，心主血脉等等。另外在战争或宰杀动物等活动中也会观察到某些内脏与某些生理活动的联系，这也会从中得出某些生理认识，如肝藏血，胃主受纳，膀胱储存尿液等等。但是这样的生理结论不仅表浅，而且也直观有限，并不能依此满足临床诊治的需要。
病理是对生理的偏离，因为中医的实践主体主要是医生，而没有专门的基础医学研究人员，所以也决不会对正常生理进行系统研究。但是医生诊病需要对异常的病理表现做出原因道理的说明，可是要说明病理表现，就必须以正常生理认识为前提，而很多正常生命现象的背后机制不是直观可见的，因此就必须从病理去反推生理，这就是中医“司外揣内”的主要内容。
《素问·玉机真脏论》有一段讲诊断的话：“帝曰：然则脾善恶可得见之乎?岐伯曰：善者不可得见，恶者可见。”马莳注曰：“此举脾经之脉，灌乎四臟，其有恶与善、反者亦必有所病也。四臟循四时之序曰从，其有过与不及而为诸病曰逆，从逆之变异，故有如上文所言也。然脾脉于四时属土，以孤臟而灌于四臟之中，方脾之无病，其有功于四臟，日常如是，虽有其善，不可得而见，及脾之有病，则四臟亦随以病，其恶遂可得而见也。”正常的生理多是不可见的，但是异常的病证表现则是可见的，据此就可以对不可见的生理进行“司外揣内”的反推。
（二）西医学生理与病理独立
西医学自古希腊和古罗马时期就进行了大量的生理研究，并进行过很多种生理实验。从历史过程中是生理学先发展起来，然后才有了病理学的产生。二者的关系是生理学不依赖病理学，而病理学必须以生理学作为基础。
1、生理学的独立存在和发展
对西医而言，生理学不论就历史顺序还是就学理而论，都是生理学在先而病理学在后。生理不依赖病理，不但可以独立研究，而且必须先认识生理然后才可以认识病理。
在西医学领域，生理学是完全独立的学科，人们完全可以对生理问题进行独立研究，研究过程不必考虑病理。因为在没有发生病理的情况下生理现象和过程同样是客观存在，是可以也应该进行独立研究的内容。为了理解生命现象和规律，西方医学的生理研究经过了漫长的历史过程，对各方面和各层次的生理问题都做出了一系列的发现，正是在这样的科学发现基础上才构建了独立完整的生理学。
从学习的顺序看，学习西医必须先学习生理学，然后才能学习病理学。因为生理是病理的参照前提，病理只是生理的损害和偏离，只有了解了生理才能理解病理并对病理状态有所判断。生理是不依赖病理的独立内容，正因为如此，西医在历史上有很多的生理学家，不断深入和广泛地研究生理学问题，生理学建立了独立的学术体系，也展开了独立的发展过程。
2、病理是对生理的破坏和偏离
在西医学体系中，病理学也是独立的学科，也有自己独立的研究对象和内容。在西医学术体系结构中，病理学占有特殊的地位，承担特殊的作用。西医的病理学分为病理解剖和病理生理两部分内容，病理解剖要揭示的是形态结构的损害，而病理生理揭示的则是功能状态的改变。
在西医体系中，要认识病理状态，必须首先认识生理。因此，生理学必然是独立的，而且还必须首先加以研究。因为只有对生理有了清楚明确的认识之后，病理认识才有可能，才能够参照生理对病理问题作出判断。所以，在西医学术体系中，生理和病理的逻辑关系是：生理在先而病理在后，生理认识是病理认识的前提和基础；但是在学术研究对象和内容上，二者的关系又是互相独立的，界限分明而不能互相混淆。
在西医发展过程中，也曾有过很多的病理学家，在病理学研究中发现了一系列的病理现象和病理规律，推动了病理学的不断进步。
三、病因依证确定与病因独立客观性
疾病的发生和演变作为客观结果必然存在客观的原因，因此为了解释说明疾病是如何发生的，就必须要研究病因，也就必须建立病因学理论。但是中西医两种医学的病因学之间，却存在巨大差别。中医是审证求因，某种疾病是何种病因引起的，只有审证之后才能确定。对西医而言，同一种肺炎病因基本相同；而对中医而言同一种肺炎如果证候不同，病因可能相反。离开了病证，中医的很多病因就成了与医学无关的概念。
（一）中医病因学：非实证的审证求因
中医学有系统的病因学，但是中医的病因学与西医病因学具有截然不同的性质，因此对中医的病因学的内涵绝不可以像西医病因学那样理解。
1、中医学的病因不是客观物质性的病因
中医学的病因认识曾经有过对客观具体物质的探索，但是在中医学术体系形成之后，这种对客观具体的物质性病因探索就让位给了另一种探索。甲骨文中龋齿的“龋”字，意为牙齿中有虫；“蛊”意为腹中之虫；痨瘵之病的原因是痨虫蚀肺等等；还有大量的“不内外因”，都是对客观具体的物质性因素的探索。但是这些探索没有成为中医病因学的主流，中医病因学的主流最终是六淫、七情学说，而这种六淫、七情学说探索的已经不是客观具体的物质因素了。
首先，六淫的风寒暑湿燥火都不是单一的物质因素，其中包含什么都是不确定的；而且具体的物质性致病因素可能无穷无尽，绝不止六种因素。所以六淫之邪只是对致病因素的归类概括。
其次，六淫中的任何因素在可控实验中都不可能制造出预期的病证，即风吹未必造出风证，火证也绝不是用火可以烧烤来的，受到了寒冷刺激未必能得出寒证，如此等等。
再次，六淫之邪可以在体内无穷转化，如寒邪入里可以化热，热盛可以生风，风盛还可化燥，燥盛又可伤阴，六气又皆能化火生热等等，这绝不可能是具体物质的转化。
七情病因在心理学范畴中确实是可以进行实验研究的，但是七情既不是物质性病因，心理实验中也可能会出现预想之外的病证结果。
至于不内外因，虽然属于物质病因范畴，但是却没有展开深入的实证研究，很多致病的具体物质因素是不清楚的，而且在中医学中没有实现理论化，在说明病证时意义不明确，即无法以具体的饮食、虫兽、房室、金刃等因素制造出预期的病证。
2、中医学的病因主要是对病证之象的概括
中医学的病因不是客观具体的实物，那么这种病因是怎么总结概括出来的呢？
首先，从对疾病现象的说明关系考察，中医学的主流病因是对病象的类比说明。根据天人合一原则，人为一小天地，与天地相应，与日月相参。人生天地之间，天地之间的各种因素都与人有密切的关系，这种关系不谐就会引起疾病。因此疾病发生后，其表现会与万物相似相类。我们根据天地之象，就可以对这种相似相类的病象给出原因性说明。比如风为阳邪，其性开泄，善行数变而主动。根据风邪的致病特点，凡病象表现出动摇震颤、汗出、麻痒疼痛走串等，就可以归结为风邪致病，六淫之邪的其他病因也都如此。再如七情病因，各有致病特点，如思则气结而伤脾、怒则气上而伤肝、悲则气消而伤肺、惊则气乱而伤胆、喜则气缓而伤心、恐则气下而伤肾。七情乃人之天性，为事物所感而动，动而失节则为病。七情所伤脏腑和导致的气机变化不同，如此就可以对与七情相应的病象给出原因性说明。
其次，从因果关系考察，中医不是由因求果而是由果定因，这就是审证求因的原则。一般情况下要从原因对结果作出说明，因此只有揭示了原因才能认识结果。但是在中医学中，对因果关系的处理却不是先揭示原因，而是由结果推定原因。病因所要说明的也不是疾病本身，而是疾病的病象——证候。因此尽管疾病相同，如果证候不同，那么病因就会不同，证候变化了，病因也要随之变化。而尽管受到了外界因素的刺激，但是如果没有出现具体的证候表现，病因也就不存在了，即或存在也无法确定是什么病因。中医的病因如果离开了具体病证，就会毫无意义，不能独立研究，也不再属于医学范畴。试想六淫之邪的风寒暑湿燥火，离开了具体病证还能是医学概念吗？
（二）西医病因学：先在性和客观独立性
西医的病因是独立存在的，生物病因和非生物病因存在都不依赖人及其所患疾病，所以各种病因学科都有自己的独立对象和研究内容，如细菌学、病毒学、寄生虫学、毒理学等等。
1、西医病因是独立的客观存在
在西医学体系中，各种病因都是独立的客观存在。就是说病因是独立于病人和疾病的实体存在，不论是否致生了什么疾病，病因的存在都是绝对客观的。因此西医的病因可以进行独立研究，如细菌、病毒、立克次体、支原体、寄生虫等等，都可以对其展开各种研究，如形态结构、遗传和变异、致病特点、敏感药物、耐药性等方面的研究。这种客观独立的病因可以在实验室里培养繁殖，可以进行各种实验，以探明这些病因的各种问题。这与中医的病因极不相同，中医的风寒暑湿燥火六淫之邪就无法在实验室里进行独立研究，客观的风寒暑湿燥火如果离开了具体病证，就已经不再是医学范畴，实验室里的六淫之邪也不会再有医学意义。
除生物病因之外，非生物的物理、化学等因素也是独立的客观存在，也是不依赖病人和疾病而存在的，也可以在实验室里进行各种独立研究，如物理因素的物理特点和性能，化学因素的化学成分、结构以及性能特点等，都是可以进行单独研究的。
正因为西医的各种病因是独立于病人和疾病之外的客观存在，所以西医才建立起了完整系统的各种病因学。
2、西医的病因是先于疾病的客观存在
中医的病因是审证之后确定的，是由果定因，如果没有产生具体的病证就无法确定病因的存在与否。西医的病因与此不同，从因果关系的先后次序而言，西医的病因不仅是独立于疾病之外的客观存在，而且还必然是先于疾病发生的客观存在，一定是病因首先存在，然后才会导致具体疾病。所以在西医的病因认识过程中，必须首先研究病因，然后才能认识疾病。只有对病因有了完整的认识，才能依据病因的具体特点和性质对疾病的有关问题给出说明，进而制定有关诊断和治疗方法。
从事物的客观因果关系上，一定是原因在前结果在后，只有了解了原因才能对结果有所阐明。在病因和病证的关系上，西医和中医的认识具有极不相同的方向，中医是审证求因，由病证的结果去推定病因；而西医则是根据对病因的认识去说明疾病。当然，西医也是依据疾病的现实结果去寻查致病原因的，但是在病因没有被认识之前，就不能对疾病给出完整的解释，这种疾病就还没有被真正认识，直到病因被揭示之后，对疾病的认识才算基本完成。不仅病因是独立于疾病而存在的，而且病因又一定是先于疾病而存在的，没有先于疾病存在的病因就不会发生相应的疾病。因此对病因的准确认识，西医是在实验室中进行的，在敏感动物身上要制造出相应的疾病，这样才能最后确定病因。
五、对疾病现象非特异的整体说明与特异的局部说明
任何疾病都会出现一系列的临床表现，要想对疾病进行诊断和治疗，任何医学都要对疾病的临床表现在理论上给出系统的说明，否则诊断治疗就缺少必要的理论指导，制定诊断治疗措施就缺少方向。但是在对疾病现象进行理论说明时，中西医之间却有明显的区别。
（一）中医学：从整体说明局部与从非特异性说明特异性
中医的辨证论治确定了对疾病现象的理论解释方式是整体性的，虽然疾病多有局部病变，但中医学却忽略对疾病局部病变进行个别说明。因为中医不重视对疾病本身的分析，而重视对疾病证候的分析，因为没有局部证候，任何局部病变的性质，都必须从疾病的整体出发才能得到确认，所以中医对疾病的理论说明是整体说明。
1、证候的非特异性
中医对疾病的认识重在疾病的证候表现，虽然疾病存在局部问题，但是如果没有确定全身表现的证候性质，那么疾病的局部病变就得不到诊断和治疗，所以疾病局部病变的意义如何要由整体表现作出确认，这就是辨证论治的基本精神。
然而，证候是疾病的全身非特异性表现，它表现的只是疾病的全身状态，而不是疾病的局部特殊状态。因为不论什么证候，都不是某种疾病所特有的，而是很多不同疾病都可能出现的。因此，如果仅仅根据这种非特异表现，不能准确诊断出病人所患的是何种疾病，只能对患者所表现的证候性质和特点作出判断。比如患者出现严重的头疼，如果没有其他临床表现作为判断依据，就无法对这一头疼作出证候诊断，无法对这一头疼给出虚实、寒热、表里、气滞、血瘀等结论，由此治疗原则也就无从确定。这里头疼可以算作是局部的特异性表现，但是要对头疼的特异性表现给出理论说明，却必须要依据发热、恶寒、有汗无汗、怕冷怕热、痛如锥刺、痛处走串等非特异性表现才能得出头疼的证候性质的判断。
因为中医强调有机整体观，忽略对人体局部形态结构的认识，也不重视对人体生理病理特异性的实证研究，在对疾病的认识上也就必然不重视对某种疾病特异性的把握，而重视这种疾病的整体证候表现，而证候恰恰不是疾病的特异表现，而是疾病的非特异表现。中医学正是以证候的非特异性说明疾病的特异性的。
2、证候的有机整体性
中医的整体观念在疾病的认识上是强调整体认识，这最集中的表现在证候的理论认识中。什么是证候？从证候的构成要素看，证候是一组有机联系的临床表现，临床表现的组合不同则证候就可能不同。在这一组有机联系的临床表现之中，每一个症状、体征的意义如何，不是由其本身决定的，而是由症状、体征的组合关系决定的。如果同一个症状处在不同的临床表现组合关系中，它们的意义可能会完全不同。比如发热，如果伴随恶寒，就是表热；而如果伴随心烦、盗汗，则是阴虚。其他症状、体征亦然，如此等等。
另一方面，所患疾病一般都发生在某一局部，但是一般也都会引起全身的异常反应。中医对疾病的诊断重视辨别证候，而任何证候又都是全身整体性的表现，是局部疾病的全身整体性表达。尽管疾病会出现局部症状和体征，但是要确定局部症状、体征的证候性质，却必须依赖全身其他的相关临床表现，只有把局部症状、体征放在全身临床表现的联系之中，局部的症状、体征才能得到理论说明。
在病证关系中，中医学重视证候，而证候既是疾病的非特异表现，又是疾病的有机整体表现。在理论上中医正是由证候的非特异性解释疾病的特异性，由证候的整体性说明疾病的局部性。
（二）西医学：由局部说明整体与由特异性说明非特异性
西医则与中医截然不同，西医没有证候概念，虽然西医并非没有整体认识，但是其出发点是必须对局部细微之处有准确认识之后，才能对疾病的整体表现给出理论解释。比如对炎症、肿瘤等病变局部都有细致的描述。必须对疾病的特异性有了清楚认识之后，才能据此说明全身的非特异性表现。
1、疾病具有可实证的特异性
就西医学体系而言，每一种疾病都具有可实证的特异性，正是根据这种特异性才把不同的疾病区分开来。为了认识各种疾病，西医学始终努力去揭示这种特异性。当然，不同疾病之间会有很多相同的表现，正由于此，临床上才会出现误诊问题；也因为如此，西医学必须找出疾病的特异性才能算是正确认识了某种疾病。
所谓疾病的特异性，可以存在于三个层次上：一是特异的症状和体征，二是特异的病理变化，三是特异的病因。为了在理论上系统说明疾病之间的同异，西医在这三个层次上都建立了系统的理论学说，即症状学、病因学和病理学。不同的疾病一定会在这三个层次上具有各自的特异性根源，如果三个层次的指标完全一致，那么它们就是同一种疾病。西医认识疾病就是要揭示疾病的特异性指标，并用这些特异性指标对疾病现象给出全面说明。
在症状和体征表现上，不同疾病经常会出现相似和相同点，因此在这一层面不容易区分不同疾病，没有实验室指标的诊断只是印象诊断，不能成为确诊。因此，西医诊断中的实验室检查至关重要，通过实验室检查，目的就在于发现疾病的特异性。
在理论说明方式上，西医是以疾病的特异性指标来说明各种非特异的临床表现，只有依据这种特异性指标才能鉴别各种相似的疾病。
2、疾病具有确定的病变部位
虽然疾病多会有全身表现，但是任何疾病一般都有确定的病变部位，不会全身各细胞、组织、器官等都发生病变。因此，疾病发生应该具有局部性特点。
按照事物的相互联系而言，局部与整体是不可分离的，就事物的实体结构看，局部在整体之中，是整体的局部；而整体是由各个局部有机联系在一起构成的。没有局部就没有整体，没有整体局部也就不是本来的局部。而在事物的功能作用看，局部与整体也是互相影响的，任何局部的障碍都会通过特定方式和途径影响到整体，而整体状态如何也会以某种方式和途径作用在局部。
就某种具体疾病而言，一般情况下总是某种病因作用于机体的某个部位，引起该部位的形态和机能的破坏，进而出现相关的异常反应，如肺炎、肝炎、胃炎、肾炎、心脏病、脑炎等等。因为任何局部都与整体的其他各部分处于联系之中，所以虽然病在某一局部，但是会引起其他部分的连锁反应，从而出现一些列的全身反应，如发热、疲劳、周身颤抖、全身浮肿、消瘦、周身黄疸等等。
西医认为，病人全身反应是由局部病变引起的，因此诊断要揭示局部的病因病理，治疗也要针对局部病变进行纠正。由此可见，在理论说明方式上，西医是由局部出发对全身病状给以解释说明。
六、说明问题的哲学方式与科学方式
中西医理论存在一种整体形态的差异。中医理论不论是对病因、生理、病理还是药理，也不论是对诊断还是治疗，其说明方式都是自然哲学式的，而不是具体科学式的。而西医尤其近代以来则力图对医学问题给出具体说明，它不满足对具体问题总体笼统的解释，而力图要对具体问题揭示出具体的原因机制；同时也不满足于对生命和疾病现象的思辨猜测，而要得到真实具体的实证依据。如此西医说明医学问题的方式就不再是哲学式的，而成为科学式的。
（一）中医学的哲学说明方式
由于历史文化原因，中医学的理论一直保持着中国古代的自然哲学形态，在对具体生命和疾病现象的解释方面，也一直采取自然哲学的方式。这种哲学方式主要有如下几方面：
1、气是一切生命与疾病现象的统一物质根源
不同的生命和疾病活动都有不同的物质基础，但是中医学却以一气作为一切生命和疾病活动的统一物质根源，维持正常生命活动的是为正气，致生疾病的一切因素都为邪气。一元之正气化生了精、血、津、液，而不正之气也化生出了风、寒、暑、湿、燥、火之六淫。由之，生命和疾病的发生和变化就是一气的流行演变。在中医学理论中，有多少种生命和疾病现象，就有多少种气及其流行变化形式。如精气、血气、神气、脏腑之气、经络之气、营气、卫气、宗气、胸中大气、水谷之气；邪气、病气、风气、湿气、火气、、浊气、毒气、疫疠之气等等。
以一气及其变化说明各种生命和疾病现象，而不是对不同的现象寻求特异的物质基础，这是以统一性说明多样性，一元之气并不是生命和疾病的特殊物质基元，而是天地万物的共同基元。以说明天地万物的统一物质基础说明生命与疾病，这种以统一性取代特异性的理论恰好是一种哲学方式。
2、阴阳五行是一切生命和疾病活动的规律
万事万物运动虽有统一性，但是既然万物不同，就必然各有其特殊性，由此才使万物互相区别。万物不齐，各异其理，因此不同的事物应该有自己的特殊规律。但是中医学在理论上却不太致力于生命与疾病特殊规律的探求，而把阴阳五行运行法则当作生命与疾病运动的最高规律。
在中医学理论中，阴阳五行学说是最高的理论原则，贯彻在一切生命和疾病活动以及诊断治疗、医理药性等各个方面。阴阳平衡是生命活动的最高境界，而阴阳失调则是最根本的病机；诊断的分别阴阳乃是察色按脉的首要原则，治疗则不论攻补，核心目的都在于调整阴阳，以平为期。脏腑、经络、气血以及六淫、七情，药物之性味等无不有阴阳属性，正是阴阳的相争相依，推动了生命和疾病的发展演变。
而人之五脏六腑、五官、五体、五液、五色、五音、五神、五志，眼之五轮，药之五味，五臭、五补、五泻、五禁，饮食之五谷、五菜、五果，病之五伤等等，天地人身皆可以五范围。五行之间以生克制化互相联系和影响，这本是说明天地万物的作用方式，中医学却以之作为生命与疾病发生演变以及诊断治疗的规则。生命和疾病千变万化，但是不出五行生克法则之外。
3、天人合一是说明生命和疾病的最高模式
人象天地，与天地相应，与日月相参。天人之间有同一性，但是天人之间也有差异性。本来万物不一，各有自身的特殊本质，万物相互联系也各有各的特点。但是中医学不重视生命与疾病的特殊本质和联系的探究，而把一切问题都按照天地日月运行模式给以统一说明。
中医学从天人合一原则出发，在对生命和疾病的认识过程中，把对天地万物的观察和体悟直接用以阐述医理药性。如天圆地方，人就头圆足方；天有五行，人就有五脏、五体、五官，药品食物就有五味等；地有十二经水，人就有十二经脉。总之，人身的一切，不论生理和病理，也不论处方用药，都必须遵循天地之道。顺应天地之道则吉，违逆天地之道则凶。中医学不是没有看到天人之间的差别，但是不愿意刻意求取医药之特异之理，因为医药之道与天地之道相比太渺小了，只要把握了天地之道，医药之理就自然包括其中了。所以中医学把天地之道视作医药之理最高的核心精神。
这种从天地万物之道说明医药之理的思维，正是哲学的思考方式。
应该承认，中医学的这种说明具有思想的合理性和深刻性，但是缺少知识的准确性和具体性。西医对问题的理论说明在古代也曾是自然哲学式的，但发展到近现代则日益采取具体科学方式，不直接做思想性表述，而力求知识的具体准确。
（二）西医学的科学说明方式
西医学对生命和疾病现象的解释说明方式与中医学不同，它不是以天地万物的统一说明方式说明具体的生命和疾病现象，而是孜孜以求地要揭示揭示生命和疾病现象的特殊物质基础，努力阐明生命和疾病现象的具体机制，而且务求保持各理论学说之间的逻辑一致。
1、揭示生命和疾病现象的特殊物质基础
生命和疾病现象千姿万态，纷繁复杂，每一种生命和疾病现象都有其特殊的物质载体，正因为各自的物质载体不同，所以才展现出各不相同的外在表现。思维、感情、呼吸、心跳、行走运动、睡眠做梦、饮食、排泄等等，完整的生命活动的维系，正是这些各不相同的生命机能互相配合实现的。
与中医学不同，西医学不是以统一的一元之气及其变化说明一切生命和疾病现象，而是力图揭示出不同生命和疾病现象各自特殊的物质根源。尤其从近代开始，西医学对生命和疾病现象不断揭示出不同系统、不同器官、不同组织、不同细胞、不同的生物分子等物质存在的基础，并在此基础上阐明了不同生命活动的物质根源。对疾病现象，西医学也是在病因、病理的不断深入的物质层次上发现了不同的病因，如不同的细菌、病毒、寄生虫等生物病因，还有不同的物理、化学等非生物因素等等，对不同疾病的同异给出了具体的病因说明；在病理上也不断发现了器官、组织、细胞、亚细胞结构以及分子层次的不同改变，从而阐明了疾病现象的生物学物质基础。在诊断和治疗以及药物学方面，也都做出了不同疾病的诊断治疗原理和药理的特殊物质性发明发现。
以特殊的物质发现去阐明特殊的生命和疾病现象，这恰是科学的理论说明方式。
2、阐明生命和疾病现象的具体机制
在揭示生命和疾病现象特殊物质基础的前提下，西医学不满足以普遍的自然哲学理论去说明具体的生命和疾病规律，而要努力去发现不同生命和疾病活动的不同机制。在这一努力方向上，西医学特别从近代以来在生理学、病理学、药理学、遗传学、免疫学、细胞生物学、分子生物学以及诊断学、治疗学、诊断治疗仪器的技术等各方面都提出了一些列学说、原理和定律，根据这些具体的科学发现，西医学对生命和疾病现象给出了具体机制的阐述。
而随着科学技术的进步，新的科学理论和技术不断深入到西医学中，使得西医学在阐述生命和疾病活动规律方面不断深入，新的生命科学理论和新的诊断治疗原理不断更新。
十八世纪，西医是在器官水平阐述生命和疾病活动规律；十九世纪已经在细胞水平揭示了生命和疾病发生发展的具体机制；而二十世纪之后，在生命科学的各领域，都深入到了分子水平，阐明了各种生命和疾病现象的具体分子原理。如今分子生物学已经成为医学各方面的基础，医学的基础和临床各学科都必须发现分子原理才能在前沿对医学的各方面问题给出具体阐述。
3、务求各理论学说之间的逻辑一致
西医学在医学各方面都构建了系统的理论，形成了极其丰富的基础和临床学科群，而各学科又都构建了一系列理论学说体系，同时与其他科学技术门类也建立了内在联系，这就势必涉及到从小到大的理论学说之间的关系。如果各种理论学说之间的关系不协调，或者相互之间存在矛盾，那么在实验和临床实践中就必定会产生内在冲突，最终会出现理论和实践的混乱。因此如何处理各学科以及各方面的理论学说的关系，就是西医学重要的理论任务。
中医学对不同的理论学说不太追求其间的逻辑一致，往往对同一个问题会提出极不相同的理论说明，同时也常会从同一个理论原则出发，却得出完全相反的理论结论，因此，中医各家学说很难以逻辑方法给以统一。
西医学与中医学大不相同，在事实发现的基础上，西医努力协调统一各层次和各领域理论学说的逻辑关系，随着认识的进步，西医学已经形成了既高度分化有高度综合的理论学说之网，不论何层次与何领域的理论学说之间都有内在联系，虽然各理论学说阐述的是不同的问题，但是又使得不同问题的理论学说具有同一的逻辑。因此，西医学的不同理论学说之间存在一个逻辑之网，把纷繁复杂的不同理论联系成一个协调一致的体系。
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