功德林原是北京德胜门外的一座佛寺，清朝改为粥厂，向孤贫免费发放粥食。
光绪二十八年（1902年），山西巡抚赵尔巽奏请各省通设罪犯习艺所，获光绪帝允准。京师着手筹办顺天府习艺所。光绪三十一年七月，工巡局大臣、大学士那桐奏准，在功德林创设“京师习艺所”，宗旨为“收容犯人，令习技艺，使之改过自新，藉收劳则思善之效。”京师习艺所设有监督、典狱官、看守长等官员，此外还有看守、医师、技师、教诲师等共一百多人。分设文案处、会计处、考工处、庶务处、稽巡处。另外设有织巾科、织带科、织布科、铁工科、搓绳科，分别组织生产。这是中国第一个劳动改造机关，且由巡警部直辖。宣统年间，功德林已形成一座规模巨大的劳动改造机关。
民国二年（1913年）10月，在功德林建立了“宛平监狱”（时任司法总长为梁启超）；民国三年（1914年）10月更名为“京师第二监狱”（时任司法总长为章宗祥）。该监狱的狱长是梁锦汉。中华民国政府拨款八万一千九百元，在占地近百亩的土地上，建设了这座现代化的监狱。
1928年，南京国民政府仍将功德林作为监狱，并更名为“河北第二监狱”。一些中国共产党党员、左翼人士作为政治犯也被关押在这里。1937年抗日战争爆发后，日军占领北平，但尚未接管河北第二监狱。当时，该监狱关押着七、八百名犯人，其中包括数十名政治犯。周恩来获得情报称，国民党方面准备在7月底撤出北平前（具体时间为7月28日），将关押在河北第二监狱的中国共产党党员及六、七百名犯人全部处置掉。中共党组织乃决定趁日本人尚未接管该监狱之机，尽快解救这些政治犯。一天深夜，由中共领导的平西游击队袭击了功德林，救出了全部被关押人员，事件轰动一时。警方对此十分不安，随后政治犯不再被关在功德林，而是被统一关押到北京西安门内的草岚子监狱。
中华人民共和国成立后，该监狱直属中央人民政府公安部（后来成为中华人民共和国公安部）管辖，改为“北京战犯管理所”。
这里关押的100多名高级战犯共分为13个小组。其中邱行湘任第一组组长，组员有杜聿明、宋希濂、康泽、王陵基、范汉杰、廖耀湘、陈林达、溥仪等人。这里关押的原国民党战犯还有黄维、陈长捷、文强、沈醉、郑庭笈等人。
起初功德林属公安部直辖。后来，一些高级战犯陆续获得特赦，功德林遂改由北京市公安局管辖，并成立了接济救护站，接济走失的呆傻人员，或来北京办事一时失去经济来源的人员，留他们暂住这里，并免费提供食宿，设法同他们的亲友取得联系，或由其亲友将其接走，或由政府派人将其送回家。
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