“副作用”是一个药学术语。任何药物的药理作用，都不是单一的，但对于某种特定的疾病而言，只有部分起治疗作用，而对治疗无效的其他药理作用，就是“副作用”。“副”的意思是“附带的”，跟“主”相对。药物的药理作用，本没有什么“主作用”“副作用”之分，所谓“主作用”“副作用”是就具体的疾病而言，对某疾病有治疗效果的作用即“主作用”，对其无治疗效果的作用即“副作用”。对某种疾病无治疗效果的“副作用”，有可能对其他疾病有治疗效果，相对于此，所谓的“副作用”就成了“主作用”。
如阿托品对消化性溃疡有治疗效果，但“副作用”明显，会引起口腔干燥。而阿托品引起口干的药理作用，对流涎症有治疗效果，相对于此，这种作用就成了“主作用”。“负”即负面的、消极的、不好的等意思，对药物而言，其药理作用本身无所谓“负面的”“消极的”“不好的”。因此，“副作用”不能写成“负作用”。
治疗某种具体的疾病时，某种药物的“副作用”，往往会引起肌体的不良反应。对肌体而言，这些作用确实是“负面”的，这就是“副作用”常被误作“负作用”的原因。但还是不能把“副作用”写作“负作用”。“副作用”是从药物的药理作用命名的，而“负作用”是就肌体反应而言的，二者不在同一个层面。肝酶升高、腹泻、皮疹、口干等肌体不良反应，是药物的某药理作用在肌体引起的症状，与药理作用本身不是同一概念。
既然是药学术语，当然应从药理作用本身命名。如果不从药理作用本身，而从药理作用引起的症状为药理作用命名，在逻辑上明显不合理。全国科技名词审定委员会发布的《药学名词》第二版，收的就是“副作用”，释义为：“当一种药物具有多种药理作用时，除治疗作用外其他不希望出现的作用。”生物化学与分子生物学、核医学、化学工程等学科，也引入了此术语，均作“副作用”。
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