为了做好与乃蛮部作战的准备，铁木真首先做的就是整顿军事组织，他将军队集合于哈拉哈河的客勒贴该合答，在这里定军制，并颁布札撒。军制按千、百、十组织，委派了千夫长、百夫长、十夫长，统帅所有的军队。设立扯儿必官（相当于元代的内府宰相），由6人分任，掌管各种事务。设八十宿卫、七十散班，宿卫巡夜，散班白天执勤，三天三夜轮换一次。此外还从千、百户那颜及平民的子弟中挑选1 000名勇士，战时作为先锋，平时充当护卫。经过一番整顿，军队的战斗力更加提高，纪律更加严谨，铁木真的权威更加牢固地树立起来了。
从这段的详细介绍，说明当时的铁木真在多年的征战和对部族的统治管理中，已经开始走向了一定的制度化和逐层管理化。至少在军事部队的统领上已经可以看出了逐层管理的模式和职责内容。这些对蒙古族以后的南征北战都是一个很好的经验，甚至对后来元帝国的形成也是有帮助的。公元1204年春，铁木真祭旗出发，命哲别、忽必来二将为先锋，逆克鲁伦河西上。先锋部队首先到达了撒阿里客额儿后与乃蛮部哨兵相遇，这时前面提到的瘦马一事又被历史派上用场。真是成也瘦马败也瘦马。
安营扎寨之后，铁木真军中有一匹羸马惊慌跑入乃蛮部营中，太阳汗见了之后对众人说：“蒙古马竟然如此瘦弱，我们害怕他们什么呢？”再让我们听听蒙古人是怎样对待这件事的，扯儿必官向铁木真建言：“我们远道而来，人马疲乏，正好又有瘦马麻痹敌军。乃蛮人虽人多势众，但尽是愚弱之辈，可多设疑兵，令每人各烧火5处，待我们喂饱战马，再行攻击，必可获胜。”一件事情，两种不同的反应，其结果也必定是不同的。
太阳汗急于速战速决，率领5万人马疾驰于铁木真营前，企图立即吞并蒙古军队。面对急躁来战的太阳汗，铁木真亲自担当先锋，命他手下的4员猛将忽必来、者勒蔑、哲别、速不台率部轮番对乃蛮部进行冲击，把乃蛮部的队伍一直逼到纳忽昆前的大本营。太阳汗对蒙古军的战斗力颇感意外，于是畏惧起来。当时，扎木合已投靠乃蛮，太阳汗知道其与铁木真作战多年，于是向他询问蒙古各队将领的情况，听后太阳汗更加不敢迎战，只有步步后退。
在蒙古军已逼近乃蛮军纳忽昆山大本营时，兀鲁兀惕部和忙兀惕部也同时赶来，两翼包抄。其主力一直冲到乃蛮部的大本营内，将乃蛮军困在两边陡峭的山谷里。这种闪电突击的战法在当时冷兵器时代是威力巨大的，尤其运用在骑兵上，是很类似于现在战争中坦克的作用。同时他又具备了比坦克更高的速度性和灵活性。
铁木真与太阳汗一直血战到夜里，乃蛮军被蒙古军层层包围，第二天剩余的队伍纷纷投降。朵儿边，塔塔儿，合塔斤，撒勒只兀剔诸部亦投降。太阳汗负伤而死，大将豁里速别赤顽强抵抗，死于战场。太阳汗王妃古儿被俘成为铁木真的妃妾。太阳汗的儿子古出鲁奔往北乃蛮，依其叔叔不亦鲁黑汗。南乃蛮被蒙古军全部占领。自恃文明、强大的南乃蛮部，在铁木真的打击下，顷刻间便土崩瓦解了。
公元1204年冬，铁木真在阿尔泰山休养生息后，于次年春，越过阿尔泰山，消灭了北乃蛮。从此，乃蛮部全部为铁木真所征服。至此辽阔的蒙古高原绝大部分已在铁木真的掌握之下。这也说明此时铁木真已拥有了自己独立成为可汗的地位，下一步便是创建国家，施行新的政策，扫平高原上尚未降服的势力，然后驱使他的铁骑征服更加广阔的土地。
一统大漠天赐“天可汗”
随着乃蛮部的灭亡，整个漠北草原再也没有一直抵抗力量可以与铁木真抗衡。铁木真成为惟一强大的力量，他此时统辖的地域东起兴安岭，西至阿尔泰山，南达阴山界壕，北抵林木中百姓居住的边缘地区，他实际上已经成为漠北草原的主人。古语说:“非有位尊，无以称成功；非有官爵，无以酬有功。”为了使他的地位正统化并宣布这个新生的强大联盟的诞生，铁木真于公元1206年在斡难河河源召开了漠北草原空前的大忽邻勒台。
客观讲，铁木真此时的统一程度，无论是地域面积还是全部实力都是远远超过了他的先人。他也真正实现了勃儿只斤氏的再次复兴，甚至可以说是空前绝后的复兴，在这之后铁木真家族所表现出的控制能量更是他先人们所不敢想象的。
公元1206年春的这天早上，铁木真的大帐前竖起了九脚白旗，对草原人民来说，这是一个充满了象征意义的举动。白色，也许是受摩尼教的影响，被认为是游牧民族最吉祥的颜色；而数字九为本土固有传统，自古以来便与好运和其他魔力联系起来。圣旗的飘扬表明并大肆宣扬了铁木真的时运或神授的超凡魅力，即根据草原的政治观点所给予他的对“毛毡帐篷下的人”实施统治权的权力。
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