永昌元年（689），徐有功升任司刑丞。时武则天任用酷吏，屡兴大狱，唐宗室、朝臣被株连冤杀者千余家。朝野震怒，莫敢正言，独徐有功刚直不阿，秉公执法。凡皇帝下诏让他审理的案件，多被他审议开脱了，前后救活数百家。他曾对亲近的人说：“大理，人命所系，不可阿旨跪辞，以求苟免。”当时正直的官吏和平民都敬佩他，认为汉朝名臣于定国、张释之都比不上他。
徐有功在殿廷上论奏曲直，有时遭到武则天厉声责问，他却争得更为急切。他办案执法护法，持平守正，武则天很赏识他。不久，他被升为秋官员外郎，又转为郎中。后历任左肃政台侍御史、左司郎中、司刑少卿、司仆少卿。他为坚持法治，伸张正义，平反冤狱，逐步革除酷刑逼供之弊端，曾冒着风险向武则天上疏，批评当时刑罚的严酷，建议按法办案，宽缓量刑。他的主张和做法同酷吏周兴、来俊臣、张知默等人产生尖锐的对立，与武则天以刑杀镇压李唐宗室和其他反对势力的政治目的也格格不入。因此，他在任期间，曾因替冤屈者请命，三次被判死罪，但他执法之志不移。
武周长安2年（702），徐有功病逝，终年68岁，死后赠司刑卿。中宗即位后赠越州都督。武宗会昌年间追谥“忠正”。
徐有功在蒲州任司法参军期间，其政绩已十分突出。当地百姓和官吏都称他为“徐无杖。”那么“徐无杖”又是什么意思呢 ? 原来徐有功在蒲州审判一切案犯时，都“力求宽仁，从不轻易动用刑讯，也不轻易判人笞杖刑”，而用传统的仁义道德去教育启迪案犯悔悟自新。为此蒲州百姓和官吏都很受教育和感动，称徐有功为“徐无杖”。在他的感化下蒲州各地民风大改。徐有功3年任满，竟没有一次在审判案犯时用了杖罚的。因而“徐无杖”之名也就越传越响，传到了京城长安。永昌元年 (689 年) 徐有功就被宣诏进京，担任起了司刑寺丞的重要职务。这说明徐有功的升迁，是以他“徐无杖”的显著业绩和才能，“正步”而人的。 永昌元年唐高宗去世，武则天以皇后身份临朝执政，继而她又“革唐命” 自称“圣神皇帝”。徐有功就是在这一复杂的政治背景下，上任至司刑寺的。对武则天的称帝，唐的不少旧臣和李氏宗室贵族都十分反对，有的还起兵反对武则天。如徐敬业 (684 年) 的扬州起兵，唐宗室李冲、李贞 (688 年) 的起兵反武等等。武则天自然深恶这些旧臣和唐宗室贵族，都一次次派兵将他们镇压了下去。面对这严峻的政治局面，武则天为巩固自己的统治地位，一面任用酷吏，诬构大狱，偏离法规，接连诛杀所谓不法的唐的旧臣和宗室贵族，以此来震慑潜在的敌对势力，达到她的政治目的。她要打击敌对势力，就必须要一批酷吏做她的帮手，所以她所选用的酷吏也是“不拘一格”的，如有名的酷吏来俊臣、周兴、薛季昶等人。有的原都是斗大的字不识一筐的市井无赖，靠的就是告密状诬陷人起家的。徐有功在这种政治气候下仟司刑丞，如果他也能和来俊臣、周兴等那样，阿谀逢迎与酷吏们同流合污、偏离国法按武则天的意图审案判案，凭他的奇才，高官厚禄自然也指日可待。然而徐有功不是这样一种人，而是义无反顾地执法守正，冒着杀身之祸维护法律的严肃性，制止着各种冤假错案的泛滥。例如，他与武则天的第一次冲突：武则天为及时广泛地掌握“敌情”，她在全国各地大设告密之处就是在朝堂上她也设有告密箱。凡是能告发谋反大案的都能给予重赏。因而全国告讦之风大起。
这年有个叫冯敬同的人，他投状密告魏州贵乡县县尉颜余庆曾与去年起兵被杀的李冲通同谋反。武则天马上叫酷吏—殿中侍御史来俊臣审理此案，颜余庆被逮至长安后，来俊臣马上提审，强逼颜余庆承认是李冲谋反同党，颜余庆大喊冤枉，经过他的严刑逼供，无奈颜余庆只得认罪写了供状：从供状看，颜余庆与李冲只能说是一般关系，与谋反怎么也联系不上。来俊臣知道这位圣神皇帝需要的是什么。他为了邀功，不择手段地使用各种刑罚对颜余庆进行逼供。颜余庆受不起皮肉之苦，最后只得在供词上写上了“与李冲通同谋反”的字样。来俊臣见颜余庆认罪丁，便上奏给了武则天。武则天看了“供词”后，叫来俊臣将此案转交司刑寺正式判刑。司刑寺对侍御史转来的案件，在以往，几乎是一律按侍御史定的判决。而这次，接颜余庆案的是新上仟的司刑丞徐有功。徐有功细阅了案卷，他觉得查出虽然颜余庆自己已承认了，但“与李冲通同谋反”罪证不足，不过，徐有功清楚供状的其中曲直——重刑出冤鬼。徐有功与颜余庆没有一点亲戚关系，是法律的公正、公平和无私驱动着他查明实情。他想着如何能纠正已定的冤案或缩小与法律的偏距，减轻颜的罪名，他查阅了武则天当年发的<永昌赦令>，发现“魁首”和“支党”字样，他微微一笑， “我何不如此这般。”于是他在审判颜余庆案件时．便援引了《永昌赦令》判颜余庆为李冲谋反案的“支党”，流放三千里，让颜余庆免去死罪。这一“支党”的判决，不但惹恼了来俊臣，也使其他几位酷吏不满，另一位酷吏侍御史魏元忠便直接上奏武则天，请求将颜余庆按谋反魁首处斩，家口籍没。武则天准奏下敕。在古代，皇帝下敕判决是最高最终的判决，任何人都要照办。然而徐有功凭着他执着的——执法应公、守法要正；法是国家的生命，行动的准绳；法不正国家便乱了套，硬着头皮要向武则天强谏。第二天上朝时，徐有功第一个出班向圣神皇帝奏道：“颜余庆一案请陛下再加斟酌定案。颜余庆与李冲是有一些关系，如违法替李冲收私债，又通书信，但陛下已发布的《永昌赦令 } 中有李冲、李贞同恶，魁首并已伏诛之说．可见李冲谋反案的魁首早已全部法办，按颜余庆的供状词分析，也只是一个漏网的支党而已。因此根据赦令应免其死罪，改判流刑。如果赦而复罪，即不如不赦，又如何面对天下人 ? 我圣朝决不能这般行事。”
武则天见是一位身穿从六品朝服的小官“徐无杖”敢反驳她下的敕令，而且还当着文武百官的面暗喻她不按《永昌赦令》出尔反尔，便一脸怒气地问：“照你说，那什么叫魁首 ? ”徐有功沉着地答：“魁是大帅，首是原谋。”武则天又怒着问：“颜余庆难道不是魁首 ? ”徐有功又答：“若是魁首，他早应在李冲被杀时就该伏法了，赦后才发觉，可见只是个支党而矣。”武则天的嗓子越来越粗： “他为李冲征私债、买弓箭还不是魁首是什么 ? ”徐有功又答：“征债是事实，但买弓箭与颜余庆也无关。”武则天怒着又问：“二月征债，八月通书，还能不是同谋 ? ”徐有功心平气和地道：“所通书信未见查获，只据口供，而口供也只承认与李冲礼节上寒暄。而且征债、通书也只能归属于支党行为，与同谋魁首怎么也划不上等号呀！” 这场朝堂的辩驳，把在场的文武大臣二三百人都吓得脸色刷青，正直的官员都为徐有功的前程和生命安全担忧，而徐有功却是“心正不怕天，有理说得过皇帝”。他神情自若，对答如流，没有一点胆怯和惧怕。而武则天开始时怒不可遏，后来她渐渐觉得这位人称“徐无杖”的司刑丞倒有一般官员所没有的勇气和见识。从她执政以来，还是第一次见到敢于与她争辩论理的官员，特别是谋反案件，她批准杀就杀，从无人与她争辩过。其实武则天很有政治头脑也很爱惜人才，其怒气也慢慢地息了下来，对徐有功道：“颜余庆是支党不是支党，卿再去仔细勘问，奏上来。”
徐有功在司刑寺任职三年，在这三年间他纠正了数百件冤假错案，救活人命数干。三年任满后，被调至秋官 ( 原称刑部 ) ，任秋官员外郎，后又升为秋官郎中 ( 从五品 ) ，负责复核司刑寺的判决，并能参与大案的审理。徐有功到秋官不久，一天他的顶头上司周兴 ( 也是武则天时有名的酷吏 ) 交给他一份案卷说：“此宗案是原道州刺史旧唐宗室李仁褒兄弟的谋反案，司刑寺已判为谋反罪，你拿去看一看……” 徐有功接过案卷细细地看。他看后就对周兴说：“兄弟俩练武比箭怎能定为叛逆谋反，这不是太冤枉人了，应该马上纠正！”周兴却冷冷地一笑：“李仁褒兄弟都是旧唐李氏宗室的人，你知道圣神皇帝最可恨的是谁? 管他们练武也罢、比箭也罢，他们今天动刀动枪比武，明天就会带兵谋反，定他们谋反罪有什么错 ? 不杀他们杀谁? ” 徐有功嚷着道：“难道练武比箭能推论定谋反罪 ? 天理何存，国法何在，难道皇帝就可不凭事实说话 ?! ”两人便争执起来。 其实周兴与来俊臣等人不同，他原是秀才出身，渎过不少法律书，是一个善于“锻炼”构陷大狱的人。他以秋官侍郎的身份压制徐有功，并写成一状尽述徐有功的诬告之词，上奏武则天。说徐有功有某种政治动机。“故出反囚李仁褒兄弟，罪当不赦。”并说：“汉法，附下罔上者斩，面欺者亦斩。古经上有言：析言破律者杀。徐有功有意袒护谋反之贼，正合死罪，请陛下将徐有功下狱查审。”
武则天对徐有功有欣赏的一面—他忠心守法护法而且很有才干；但她又有讨厌他的一面——他常出来与她争辩，阻碍她除尽敌对势力的目的。她对徐有功的态度处在这二者的交叉之间。听周兴说要杀他，但她目前还没有这个打算。于是便下诏：“禁止逮捕审讯徐有功，罢免他的官职，削职为民。” 徐有功这次与武则天连当面争辩的机会都没有。在家中接旨以后，便被除去了乌纱帽。不过武则天对徐有功还是另眼相看的，如果落到周兴手里。不判死罪也将被打个半死。
徐有功被罢官后不到半年，以构狱他人邀功升迁的周兴也被人指控“谋反”下狱，审理他的便是来俊臣。来俊臣以“请君人瓮”威吓周兴承认谋反罪名。周兴受苦不过也只得认罪，倒是武则天不同意为她“尽忠”多年的周兴处以斩首。而将他改为流放，不过他在流放途中也被仇人杀了，周兴的死，倒解脱丁监视徐有功的一双双眼睛，周长寿二年 (693 年 ) 武则天又重新起用徐有功，任命他为左肃政台侍御史 ( 从六品下) 。徐有功推辞不成，只得就任，徐有功任侍御史后，在润州发生了一起庞氏案。庞氏原是唐中宗李显的岳母——德妃娘娘的母亲，润州刺史窦孝谌的妻子。她从女儿德妃被武则天杀死后，一直心神不定．抑郁成疾，自以为被鬼怪缠住了身。她听从一位奴仆之说，在夜间焚香祈祷驱鬼。然而这一焚香驱鬼的事却被人告发，说她在每夜焚香诅咒武则天早死。武则天从杀了德妃以后正找不到德妃亲人的“谋反”把柄和不轨行为，酷吏薛季昶为迎合武后的心意，便捏造庞氏为“不道”罪。将庞氏判为死刑，家属也缘坐流放三千里。 徐有功得悉后，他也知道这是武后的旨意，很难挽回。可他想：像这样草菅人命国法何存 ? 我既做了侍御史就应向皇上进谏，权大于法的现象不能再延续下去，我纵然一死，也要护法 ! 于是他直奔宫殿，向武则天奏道：“陛下，依微臣查访，庞夫人无罪可有，如滥杀一个无辜之人，不仅使天下人嗤笑，并关系到大唐的法律法度，请陛下三思，”武则天一听徐有功为她的心腹之患德妃母亲庞氏辩护，霎时就火冒三丈，十分恼怒。而站在她的身旁的薛季昶又在一旁趁机道：“万岁，法律规定，凡是为罪人强词夺理辩护的，也应杀头。徐有功为死囚辩护，目中无皇上，应定为'党援恶逆'罪，理应立即推出斩首。薛季昶的一番话，给正在发火的武则天无疑是火亡加油，于是她立即下令：“将徐有功轰出宫殿，令司刑寺治罪。” 司刑寺便很快将徐有功议定了“党援恶逆”罪，判以死刑处斩。徐有功有位好友，便将此消息悄悄跑到他家去告诉了徐有功，流着眼泪叫他早做准备。徐有功听后坦然地说：“不要哭，难道这世上只有我一个人会死吗? 我为维护国家的法律、公正地为法律说话，权不能大于法呀 ! 我为执法、护法而死，死何足惜 ! ”他若无其事的陪同那位朋友吃了饭，睡了午觉。午后，他就被刀斧手绑着押赴了刑场。
武则天当政时，徐有功历任蒲州司法参军（地方司法官员）、左肃政台侍御史、司刑少卿（大理寺司法官员）等官职。当时，酷吏恣横，构陷无辜，严刑峻法，朝野震恐，莫敢正言。独徐有功犯颜护法，三次被罢官，但矢志不渝，前后共救了数十家人。有一次，博州刺史因罪被诛杀，牵涉到官吏颜余庆，武则天指令酷吏来俊臣审理此案，来俊臣给颜余庆定下了谋反的罪名。在朝廷上，来俊臣向武则天汇报时，侍御史魏元忠也认为应该判颜余庆死罪，武则天下旨批准。徐有功却坚持颜余庆不是“魁首”，不能诛杀。武则天大怒，斥问：“何谓魁首？”徐有功说：“魁者，大帅；首者，元谋。”后来，武则天免除了颜余庆的死罪。有一个叫韩纪孝的人，在徐敬业谋反时接受了伪官职。在朝廷审理徐敬业谋反案时，韩纪孝已经死了，但负责审理此案的顾仲琰却要求籍没韩纪孝的家产，武则天予以认可。徐有功抗辩说：“人已经死了，就不应该再追究其罪，更不应该株连其他人。”后来因为这个案子获得宽恕的百姓就有几十人。徐有功曾经对自己的亲人说：“今身为大理，人命所悬，必不能顺旨诡辞，以求苟免。”当时，告密者通常采取诱使他人的奴婢状告主人的办法，以求获得官府的功赏。润州刺史窦孝谌的妻子庞氏被奴婢诬告，监察御史薛季昶审理认为应该判庞氏死罪。其子到徐有功处讼冤，徐有功一边发文要求停刑，一边上奏武则天。薛季昶十分恼火，弹劾徐有功枉法，罪当处死。徐有功却说：“岂吾独死，而诸人长不死邪？”武则天召见并责问他说：“公比断狱多失出，何耶？”徐有功回答：“失出，臣小过；好生，陛下大德。”武则天知道徐有功是忠臣，于是，免去了庞氏的死罪。 天授元年（公元690年），道州刺史李仁褒兄弟被酷吏所陷害，徐有功虽然坚持抗争护法，但没有成功，并因此被罢官。不久，他又被重新起用为侍御史。“天下闻有功复进，洒然相贺”。徐有功审案，卓然守法，虽死不移。他曾经三次因守法蒙冤，但“将死，泰然不忧；赦之，亦不喜”。武则天因此十分雅重他。时人赞颂徐有功“听讼惟明，持法惟平”。
“尔所言者私忿，我所守者公法，不可以私害公。”
—此言出自<新唐书>卷一百一十三<徐有功传>，是徐有功回答为什么别人总想加害他，而总是害不死他时说的一句话。意思是说：你们所说的是私人恩怨，我所守护的是公共的法律，不允许以私人恩怨损害公共的法律。这反映了徐有功“公法必将战胜私欲、正义必将战胜邪恶”的信念。
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