二）特殊目的审计
1、对按照特殊编制基础编制的会计报表进行审计
企业的会计报表一般是按照《企业会计准则》规定的权责发生制基础进行编制的，但有些被审计单位可能因特殊目的而按照《企业会计准则》规定的权责发生制以外的编制基础编制会计报表，例如按国际会计准则，其他国家或地区的会计准则编制，按收付实现制基础编制，按所得税会计基础编制等。对按这些编制基础编制的会计报表，应委托注册会计师进行审计。
2、对会计报表组成部分的审计
会计报表是由很多项目组成，如果企业或所有者对会计报表中的一项或几项不太清楚，如销售收、存货、应收账款、利润分配等，可以委托注册会计师进行审计，以弄清楚被审计单位有关项目的合法性、公允性和会计处理方法的一贯性。
3、对法规、合约遵循情况的审计
(1)验资。验资的目的主要有两个：一是保证社会经济秩序的正常性，二是明确企业的产权关系。设立企业必须要筹集一定的生产经营资金，国家工商行政管理部门在对企业进行登记时，必须要经过注册会计师验证企业实际收到的资本金是多少，否则就会使一些无本经营的投机公司、皮包公司在合法的外衣下从事非法经营，忧乱社会经济秩序，酿成后患。验证资本金就是要验证企业资本存在的真实性，同时要明确资本是由谁投入，归谁所有。因为谁投入企业的资本多，谁就有较多的经营控制权和收益分配的权力。因此，验资一方面关系到企业设立的登记注册，另一方面也关系到投资各方的利益。企业因合并、分立、发行新股、转让股权，或实收资本增加、减少超过原注册资本20%，应依法向原登记机关申请变更登记时，应委托注册会计师依法对其变更的注册资本和实收资本的真实性、合法性进行审验。
(2)厂长、经理离任审计
厂长、经理因故离任，上级主管部门、董事会或股东会应委托注册会计师对其任职期间经营状况和完成的目标进行审计，以考核厂长、经理任职期间的业绩和失误，划清交接双方的有关经济责任，有利于企业总结经验，保证企业的正常经营。
(3)经济案件的鉴证
经济案件审理过程中，对某一特定事项，如贪污、盗窃等事项的认定，可以委托注册会计师对其作出鉴证。
4．按照法规、合约编制的会计资料的审计
(1)基本建设工程预算、结算、决算审核
基本建设工程预算、结算、决算审核，是指会计师事务所接受委托，对被审核单位的基本建设工程项目的预算、结算、决算及相关资料进行审查和复核，并发表审核意见。基本建设工程预算、结算、决算审核，有利建设单位对项目预算的控制，有利于建设项目实际价格的认定，有利于建设单位加强施工管理，降低工程造价，提高投资效益，同时也增加了施工单位的可信程度，有利于施工单位增加客户。
(2)盈利预测审核
根据我国《股票发行与交易管理条例》等法规，公司拟发行股票必须编制下一年盈利预，而这个盈利预测必须经过注册会计师审核。注册会计师对盈利预测的审核，是对被审核单位盈利预测所依据的基本假设，选用的会计政策及其编制基础进行审核，并发表审核意见。
(3)企业合并、分立或终止清算的审计
企业合并、分立或终止清算时，应当按照国家财务会计法规的规定，分别编制合并时与分立时的会计报表，以及清算会计报表。企业编制的这些会计师按照《独立审核准则》进行审计后，才具有法定证明效力。
