由于传统医药类商业企业净利润的不断下降，传统中小医药类企业开始积极探索互联网渠道，通过电子商务的形式开拓新的线上渠道以寻找新的利润增长点，其中以第三方B2B平台形式的医药类电子商务在前期将获得显著增长，增长幅度超过医药类网络零售市场。
传统医药的流通环节达到5～6个甚至更多，从上游药品生产企业、全国总代理、省代理、到区域医药公司再到销售终端。多层流通环节，多级医药代理，逐层加价使得药品价格到达消费者手中往往是出场价格的好几倍甚至几十倍。而以医药商业企业为主的第三方平台能够使供应商信息得到有效展示，促成精准营销，同时对药店、卫生院、诊所等销售终端来说既能节省到处查找供应商比价的成本又能够随时浏览产品、自主下单。通过互联网采购药品，能够为药店、诊所等终端节省较为客观的成本，同时公开透明化的市场渠道，能够为药品购销行为监管提供依据，并会对规范医药流通市场、促进医药行业良性快速发展发挥重要作用。
另一方面，相比较医药类的B2C而言B2B企业要面对的客户是药品零售终端，相对个人消费者更加专业，市场教育相对容易。而医药类B2C目前还面临诸多问题，首要的问题即是物流和报销两大问题，因为根据我国《药品管理法》的规定，药品作为关系到人民生命安全的特殊商品，不允许邮购。如果委托第三方配送，其必须通过GSP认证，以避免药品在配送中被污染、破损、调换等。物流要求之高无疑会阻碍业务量的释放。同时，随着近年来医保报销目录的药品范围逐年增大，能报销的药品越来越多，虽然按国家药监局新规，"新医改"接受电子支付方式，但短期内B2C网上药店要拿到医保定点资质还将是一件难度很大的事情。
综上，相比B2C而言，B2B模式更容易形成规模优势和行业壁垒，也能更有效地压缩中间环节，降低药品价格。因此前期发展中医药类电子商务仍将以B2B为主要形式。
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