宗教裁判所僧侣裁判官主要由多明我会派修士担任，也有少数方济各会派僧团成员。最初裁判官巡回侦审，后来建立地区性的常设裁判所。裁判官掌握对本地区异端的搜查、审讯和判决大权。主教和世俗政权有协作、支持的责任，但无制约、干预的权力。异端包括不同于罗马正统教派的言行和思想。巫士亦被视为异端。不少反封建斗士、进步思想家、科学家、民间魔术师、术士皆为裁判所打击迫害的对象。异端罪的侦审秘密进行。控告人与见证人姓名保密。罪犯、恶棍乃至儿童，皆可作见证人。一经被控，绝难幸免。为被告作证、辩护，有被指控为异端的可能，因此无人敢为。被告如认罪并检举同伙，处理从宽。苦行、斋戒、离乡朝圣、在公开宗教仪式中受鞭打、胸前或身后缝缀黄色十字架受群众凌辱等，皆属轻罚。对不认罪、不悔过者，刑讯逼供，从严定罪，处以徒刑或死刑。死刑多为火刑，交由世俗当局执行。对被判死刑、徒刑者，财产没收归教会和世俗政权分享，或由政府全部占有。没收异端财产而获得利益，是世俗政权积极支持宗教裁判所的原因之一，从而造成滥肆搜捕、定罪，株连扩大的恶果。