随着对物质晶体结构认识的逐渐深入，人们同时认识到了原子分子论的局限性。实际上物质并非都由分子所组成。多数无机盐在固态时是离子晶体；金属和非金属固态单质有的是金属晶体、分子晶体，也有的是借共价键连接的原子晶体；有许多物质在溶解或熔融状态时也是以离子态存在的。因此，在初中讨论物理变化与化学变化的本质和区别时，受学生知识基础的局限，从“原物质的分子是否变化”上开始探讨，随着学习的深入，可逐步扩大到从物质的组成、结构上分析“原物质是否变成别的物质”。
物理变化和化学变化都只是物质变化的一种类型。在以后的学习实践中，学生会逐步加深理解。物理变化通常应指物质仅改变其物理性质（如聚集状态、密度、溶解性、电导率等）而不改变其分子（或晶体）的化学组成和化学性质的变化。化学变化则指物质的化学组成、化学性质均发生改变的变化。从本质上讲，是化学键发生了变化，即有旧键的断裂和新键的生成。换句话说，是一种或多种物质变化成为化学组成、性质和特征与原来都不相同的另一种或多种物质的变化。
实际上物理变化、化学变化、有机体的变化乃至人的思维都属于物质不同层次的运动形式。任何一种高级运动形式都必然地联系或包含着相应的低级运动形式。在本单元中所以只提出物理变化和化学变化，其用意在于使学生在学过一些物理学知识的基础上，通过两种变化概念的建立和区分，明确“化学”的定义和其研究对象。
物质变化是一个错综复杂的过程，要将生产、生活或自然界里所发生的变化截然地分为物理变化和化学变化，是十分困难的。
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