金朝，永泰寺又更为永禅寺，是寺僧标榜自己是佛教禅宗正脉的一种表示。因北宋以后人们深受程朱理学的影响"男尊女卑"的社会风气逐渐形成，佛教僧徒中也有言女僧人是"二僧"(含低人一等之意)之说，这是性别歧视的恶果。永泰寺尼僧把寺名改称永禅寺，当是对这种蕊欲偏见抗争的一种方式。金代永泰寺名僧均庵主圆寂后，其门徒为其建塔，塔铭即题为"嵩山永禅寺均庵主塔记"。
元、明以后，永禅寺又复称永泰寺。这一时期永泰寺尼僧世系也多依照少林寺自元代初年福裕开始的"70字辈"的顺序排名论辈。所以，此时永泰寺有的尼僧便自称永泰寺是少林寺下院，把永泰寺称为永泰院或永泰庵。尼僧圆寂后也归葬建塔于少林寺塔林。如元至正四年(1344年)永泰院主圆公死后，建塔于少林寺塔林，塔铭上就刻有"永泰院主圆公之塔"8字，现在墓塔犹存。
历史上，曾有北魏文成帝之女转运公主、南朝梁武帝之女明练公主(禅宗尼僧鼻祖)、北魏孝明帝之妹永泰公主，三位公主在永泰寺出家修行，从而成就了永泰寺无与伦比的尊崇地位。
明练公主是南朝梁武帝的女儿。史载梁武帝小名练儿，兄弟10个，他排行老三。梁武帝一生信佛念佛，几乎到了痴迷的程度，曾先后3次到南京
同泰寺(今鸡鸣寺)出家，都分别叫大臣赎回。
明练公主天性善良，和父亲一样，整日念经谈佛，且极有悟性。时常向宝志请教，缠着宝志给他谈佛经故事。宝志是梁武帝最崇拜的三个法师之一。达摩到中国后曾去拜见过梁武帝。因达摩修的是大乘佛教。主张普度众生，梁武帝修的是小乘佛教，主张自度成佛。话不投机，没说几句，达摩就飘然离去。宝志赶到，听说梁武帝放走了达摩，大为震惊与惋惜，他埋怨道:"陛下知道吗?达摩是西方般若多罗的得法帝子，是印度高僧。他追求的最高境界是以心传心，明心见性，一切皆空"。梁武帝越听越糊涂，对达摩的观点始终不能苟同。而在一旁静静听父亲和宝志和尚争论的明练公主，却对达摩的观点崇拜得五体投地，她心如明镜，感觉顿悟。觉得达摩就是她今生等待的师傅。她决定追随达摩而去，拜达摩为师。
明练放下公主的架子，一言一行象一个普通人一样，不顾父亲和家人的反对，毅然走出皇宫，到嵩山出家为尼。明练来到五乳峰达摩面壁的"默玄处"洞口，要拜达摩为师，此时达摩已有3个弟子，即慧可、道副、道育，都是男弟子。明练来到时，达摩正面壁静坐，明练连呼了几声，达摩都不理不睬。明练公主耐心地等待着，达摩看明练诚意十足，又很有悟性。就答应收她为徒。赐法名道迹，法号总持。从此，明练公主就成为达摩的第一个女弟子，也是唯一的女弟子。
由于明练是女子，与师兄们在一起生活起居颇有不便，梁武帝就在了晋峰下把原来的转运庵改建为安置明练的寺院。达摩及僧人们住在少林寺内，按佛门规矩，徒弟每天都要朝拜师傅，因明练的寺院离少林寺有一段距离，若每天都前去朝拜很不方便，因此经得达摩同意，寺院修建时一反天下寺院都座北朝南的习惯，将大门建成座东向西，朝着少林寺的方向，这样明练公主每天就不必跑到少林寺朝拜，就可在寺内朝拜师傅。明练在寺中念佛习武。成了达摩最得意的弟子之一。因明练公主是禅宗的第一位女僧，开创了禅宗尼僧的先河，所以后人称总持为佛教禅宗尼僧的鼻祖，称永泰寺为佛教禅宗尼僧的第一寺院。
永泰公主出家有以下三点谜团：
其一是，为躲避朝廷内部尔虞我诈的斗争，明哲保身而出家为尼。据《魏书·明帝纪》载:"明帝以延昌四年(515年)正月即位，二月尊高氏为皇太后，已亥又尊胡充华为皇太妃。三月皇太后出俗为尼，徒御金塘。"永泰公主不知是否太后所生?"八月皇太妃为皇太后，临朝称制。至正光元年七月侍中元义刘腾矫皇太后诏以帝年已长，敬逊别宫，乃幽皇太后于别宫。"清代王昶在《金石萃编》中说:"永泰公主入道为尼，史虽无可考。然观当时朝政，高太后之出俗与永泰公主为尼，都有不安于其朝政之缘故。"据此，当地群众演绎出永泰公主的母亲西宫娘娘陷害东宫娘娘，永泰公主看不惯母亲的奸佞行为，又无可奈何，毅然出家的民间故事。
其二是，北魏时期佛教盛行，永泰公主深受佛教教义的影响而自愿出家为尼，明万历三十五年(1607年)十二月费必兴撰《重建嵩山永泰寺碑记》载:"汉明帝听洛阳妇女阿潘等人出家，为中国女缁(女僧)之始"永泰公主为仿效古人，于下光二年(521年)"出俗为尼"。
其三是，永泰公主奉敕出家。永泰公主的父亲宣武帝元恪、哥哥教明帝元诩都在嵩山建有离宫，经常从京都洛阳到嵩山游乐。永泰公主多次随同父、史到嵩山，被嵩岳幽美的环境和宁静的寺院生活所吸引，多次要求到嵩山出家，为满足妹妹的要求，孝明帝元诩特诏令为妹妹敕建明练寺兼度土庶女等。所以民间盛传，永泰公主出家后的起居丫环侍奉，朝夕为伴，生活费用完全由朝廷供给，连公主用的粉黛和胭脂，都是宫廷送来的。永奉公主也经常把自己用不完的钱粮赈济周围的百姓。因此，嵩山地区广大僧俗对泰公主十分崇敬和爱戴。
永泰寺因永泰公主出家而扬名。明代费必兴撰《重建嵩山永泰寺碑记》称，"永泰公主出家为尼是继达摩面壁、神光断臂得法"佛教禅宗中的三件大事，可与"五叶敷荣，千花竞秀与三花之树、五衢之禾相辉应"，"变千古不配矣"。因而历代有许多名人学士到此寻胜访古。
