农村集体经济组织产权制度改革，是继农村家庭承包经营后农村的又一大改革。闵行区之所以实施多种形式产权制度改革，有着独特的背景和深厚的基础。
闵行区地处上海特大型城市中心城区边缘，是工业化、城市化快速发展地区，经济社会面貌发生了重大变化，有撤制村、城中村，也有农业村；集体资产总量大，但差异也大，有经济强村，也有经济薄弱村；失地农民多，农民利益和农村稳定矛盾突出。因此，不改革不行，“一刀切”也不行，多种形式改制是必然的选择。
早在2003年，上海市政府就在闵行区召开了产权制度改革的现场推进会，并依据闵行区的改革实践，制定了全市产权制度改革的有关政策。闵行区“多种形式推进农村集体经济组织产权制度改革”试验项目，具有城郊农村改革创新特色，尤其是对城镇化快速发展地区的农村集体经济组织的产权制度改革具有重要的借鉴作用。
但也要清醒地看到，对于农村集体经济组织产权制度改革，我国在法律法规和政策制度上还存在着许多缺陷，农村集体经济组织产权制度改革所涉及的社会关系和利益主体也比较复杂，因此在闵行区的改革中暴露出不少值得重视的问题。
比如农村集体经济组织产权制度改革后的潜在矛盾问题。闵行区的“按份共有”仅仅给了集体经济组织成员资产量化的份额，并以此作为收益分配的依据，基本上是属于增加农民财产性收益的福利性产权，尚未涉及“退出、转让、继承”等财产的处置权。在法律上，不能交易、没有处置权的产权，是不完善的产权。这对将来权利人变动、消亡等如何处置这些产权股份，带来潜在矛盾。
再如产权制度改革后收益分配的风险问题。产权制度改革后，农民对集体资产收益分配的期望值很高。闵行区改制后的村级经济，主要以固定资产租赁、物业经营为主，市场风险相对较小，但同样存在不可预测的风险。
此外，实行“政资分离”后对农村社区管理和公共财政转移支付也会带来新的问题。产权制度改革后，不设集体股，农民要求“政企分开、政资分离”，集体资产的收益不再承担社会公共服务开支，势必要加大公共财政的转移支付力度，在地方经济薄弱，政府负债居高不下的情况下，对政府财政可能会带来新的压力和风险。
而改革后的农村集体经济组织法人地位也有待讨论。长期以来，我国农村集体经济组织是区别于公司法人、社团法人、事业法人的特殊形态的传统经济组织。目前我国还没有农村集体经济组织法，鉴于此，闵行区多种形式改制后建立的新型集体经济组织，与独立的法人地位还有一定的差距。
最后是农村集体经济组织产权制度改革的配套政策问题。这主要涉及征收20%红利个调税问题；改制后企业税赋问题；改制后农村集体经济组织的发展问题；集体建设用地缺乏自主开发权，原工业用地要转为六类商业用地，必须进行招拍挂，村集体经济组织难以问津，由此带来的恶果是，集体经济发展普遍存在缺乏空间、后劲不足等问题。
为此，有专家建议，农业部在实施改革试验区项目时，因会同国家税务总局、国家工商总局等部门共同研究，对实施该项目的实验区，请地方给予特殊的配套政策，实行封闭运行，以保证改革顺利进行。
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