关于以土地(房地产)作价入股进行投资土地增值税的问题

问题内容：
　　尊敬的税官：您好！请教一个关于土地增值税的问题： A为自然人，2005年10月将其名下的土地投资到B房地产公司，拥有70%的股份。该土地购买原价为1000万元，评估价为2000万元，股东确认价为2000万元，B房地产公司以2000万元做为土地成本入帐。2007年B房地产公司开发的房地产销售完毕，进行土地增值税清算。我们认为B房地产公司在清算土地增值税时土地的扣除成本应为2000万元。理由是：财政部　国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知财税字［1995］048号第一条规定：“关于以房地产进行投资,联营的征免税问题对于以房地产进行投资,联营的,投资,联营的一方以土地(房地产)作价入股进行投资或作为联营条件,将房地产转让到所投资,联营的企业中时,暂免征收土地增值税.对投资,联营企业将上述房地产再转让的,应征收土地增值税” 虽然财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知财税[2006]21号第五条规定：“关于以房地产进行投资或联营的征免税问题对于以土地（房地产）作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]048号）第一条暂免征收土地增值税的规定。　　六、本文自2006年3月2日起执行。 ” 但该文件是自2006年3月2日起执行，所以我们认为对2005年10月的行为不应追溯。但税务机关的检查人员认为B房地产公司在清算土地增值税时土地的扣除成本应为1000万元。理由是：财税字［1995］048号第一条规定的是暂免征收土地增值税.对投资,联营企业将上述房地产再转让的,应征收土地增值税”，该文件不是说免税，只是说投资环节不征税，而是转让环节时要再征回税款。所以清算土地增值税时的扣除成本只认可购买原价1000万元。请问哪种做法是正确的。请给出具体的文件规定。非常感谢！