《马关条约》签订后，日本取得了从上海至重庆的长江流域航行权。在日本政府的支持下，日本航运企业来到中国，参与航运业的竞争。当时进入长江流域进行经营的日本企业先后有大东汽船株式会社、大阪商船株式会社、日本邮船会社和湖南汽船会社4家。这些企业之间为争夺利润往往发生激烈争斗，自相残杀，根本无法与怡和、太古、招商局这些成熟的大航运企业相抗衡。日本业界意识到这个问题的严重性，于是，日本政府出面，指定递信省管船局（相当于交通部航运局）局长内田嘉吉负责此事，对四家公司进行劝导。经过探讨，四家公司对合作达成了一致意见，四家联合组成新公司，1905年，日本政府颁布旨在激励日本航运企业向中国渗透的《远洋航路补助法》，新公司也成为这条政策的受惠者。1907年3月25日，日清汽船株式会社在东京成立，4月1日日本政府颁发“命令书”，日清汽船株式会社正式开业。公司拥有资本金810万日元，日本皇室占有一半的股份。社长由特派递信省管船局监理科长石渡邦之丞担任，主要领导职务均有日本政府选派。第一批补助金为80万日元，补助第一阶段为5年。日清汽船株式会社成为受置于日本政府控制下的一家国策会社，肩负着在华收集长江流域经济情报的使命。
公司成立之初，为了达到控制中国沿海及内河航运的目的，曾吸收少量中国股东加盟，并以“日清”二字命名，表示中日合营，日中亲善。日清汽船株式会社在上海、汉口设立分公司，上海分公司管辖天津、广州、镇江、南京、芜湖、九江等六个办事处，汉口分公司管辖宜昌、重庆、长沙、沙市、万县、常德六个办事处，中国人习惯上称之为“日清洋行”。得到政府支持的日清洋行实力大增，日清为争取客户信任，不管客多客少，盈亏如何，按期开航，如期到港。对货主十分有待，货主或者货主的亲朋随船的话，不仅免票而且可以住上好的房间。在价格上，日清采取双重定价，明面上一口价，实际上暗示客户完全可以私下商定。很快日清洋行就成为与怡和、太古、招商局齐名的四大航运公司。一战结束后，日英两国在华势力此消彼长，日清洋行一举超过怡和、太古等老牌英资企业，成为在华外资行运企业中，船舶吨位最大的一家。初创时，日清洋行的船舶总吨位是27000吨，一战结束后，已经跃至45000吨。拥有大小船只共28艘，主要经营长江干支流客货运输为主，并开辟了华北、华南的海运航线。1918年，日清公司“永陵丸”船自大阪首航汉口成功，中途停靠神户、门司、上海，这是日清的轮船首次穿越海洋直接进入中国长江腹地的自开航线，也被称为江海联运线。
“九·一八”事变后，中国人民的反日情绪空前高涨，各大城市掀起了“拒用日货”的浪潮。日清洋行的业务也是一落千丈，除长江沪汉航线外，其余航线纷纷停运。抗战爆发后，日清洋行按照军方的命令，将船只调往汉口，企图向上海集中。上海沦陷前，日本停留在上海的船只，均作为敌产被中国政府征用。上海沦陷后，日清洋行重新组织了江浙轮船公司，从事上海到松江、无锡的客货运输。不久又成立了上海轮船股份有限公司，在苏州、南京、汉口等地设有8个分公司，主要为军队服务，运输军需物资，船只损毁严重。1939年，日清汽船株式会社与日本邮船会社，近海邮船会社、三井物产、川崎轮船会社、冈崎轮船会社、阿波共同轮船会社、原田轮船会社、山下轮船会社、大阪商船会社、大同海运会社等十家公司合并成立了东亚海运株式会社总社设于东京。在华设立中支总局、北支总局、南支总局，进行分区管辖。东亚海运株式会社合组了这十一家航运公司的资源，拥有大小船舶59艘，总吨位23万吨。太平洋战争爆发前，扩充至73艘，35万总吨，中日航线达到33条。日本战败投降，其财产由招商局等国有企业接管，合计船舶共126艘，按照抗战爆发前的币值船岸资产总值估价为国币542,426,839元，足见该企业在华的垄断地位。
上海：
明治维新以后，日本的航运企业陆续来到中国，上海作为远东最大的城市，自然成为他们在中国的落脚点。从1875年开始，后来日清汽船株式会社的四家发起公司日本邮船会社、大阪商船株式会社、大东汽船会社、湖南汽船会社先后在上海设立分支机构。1907年，日清成立后，在上海设立了驻华分公司的总部。
1918年，日清洋行购入了外滩五号地块，建造日清大楼。大楼由英商德和洋行设计，1921年动工，1925年竣工。整幢大楼地上6层，地下1层。大楼占地1280平方米，建筑面积5484平方米。因最初建设资金不足，日清洋行与一犹太人合作建设，下三层由日清修建。建筑具有日本近代西洋式建筑风格特征，外墙采用花岗石贴面，建筑的三段式特征明显，一二层，三至五层，六层以不同的风格特征自成一段。一层入口设在外滩一侧的两端，爱奥尼克立柱分列大门两侧，两个入口之间是拱形落地窗，二层正好与一层相反，两侧为拱形大窗，中间两个矩形窗外各立两根古典石柱。三至五层正中原为一棵巨大的爱奥尼克石柱，两端的窗户嵌在凹进的墙壁内，开三窗，视角很好。五六层之间的挑檐很深。顶层两端设拱形大窗，上方饰有断裂式三角山花。大楼内有两部电梯和木梯，均可直达楼顶。不过建筑的外立面再后来的使用中明显经过处理，原本复杂的装饰都已消失，建筑略显平直。
抗日战争胜利后，大楼被国民党政府没收，一度由轮船招商局所用。解放后，大楼由上海海运局等单位使用，并在大楼一侧设有海运局上海海岸电台。目前该楼主要由华夏银行上海外滩支行使用，另外还有几家各式风格的餐厅在此经营。
汉口：
汉口沿江大道与江汉路一带是当年英租界最为繁华的地区，汉口日清洋行旧址就坐落在两街交口处，可谓是黄金地段中的黄金聚焦点。建筑与著名的江汉关大楼相对，南面长江，北望江汉路步行街南首。
建筑由汉口著名的建筑公司英商景明洋行设计，汉协盛营造厂施工，1928年建成，钢混结构。地上五层，地下一层，采用三段式构图。底层层高最高，采用横向大麻石砌筑，主入口设在沿江大道立面，拱形大门两侧各开一细长拱窗，门厅外有两根塔司干石柱支撑。大楼在两街交口出另设以分入口，入口本身十分平淡，但上方缩进开一扇矩形窗，两侧立有爱奥尼克倚柱，顶部罩弧形山花，甚为精致，这处设计打破陈规，一种视觉差，却产生了独特的效果。三四层之间排列爱奥尼克双柱，柱底和柱顶部都刻有精致的浮雕装饰。顶层正中建有一座古罗马风格的穹楼，塔司干双柱围拢一圈，盔型顶上开有巴洛克式小圆洞，穹楼顶端以一座小亭结束了这座装饰复杂的建筑。大楼平顶上设有露天花园，内部装饰豪华别致。建筑现由一家饭店使用。
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