“天啊，想到一个人的一生就像一只中性的蜜蜂不停地工作、工作却一无所获，就令人无法容忍。不，不，不该这样。设想一辈子就孤独地生活在伦敦烟熏肮脏的房子里。只要想像你自己有一个美好温柔的妻子，坐在温暖的火炉旁的沙发上，有书，也许还有音乐……结婚——结婚——结婚。证毕。”
1838年，29岁的达尔文像解一道数学题一样，比较了结婚的好处和坏处之后，决定结婚。但是找谁结婚呢？他的初恋情人范妮·欧文已在6年前嫁人。他的姐妹们曾经想撮合他和另一个范妮，大他3岁的表姐。范妮·韦奇伍德性格温和、有洁癖、勤劳刻苦，适于当乡村牧师（达尔文的原定职业）的妻子。我们不知道达尔文对这个安排有何意见，他从未在信中提到这个表姐。但是不管达尔文本人是否看得上这位身材矮小、相貌平平的表姐，此时已无关紧要——范妮·韦奇伍德已在6年前病死。
合适的人选只剩下韦奇伍德家的小女儿、大达尔文9个月的爱玛。爱玛与她的姐姐大不一样，她漂亮、优雅、聪明、开朗、善解人意、多才多艺，喜欢射箭、骑马、跳舞、溜冰，受过良好的家庭教育，懂法语、意大利语和德语，有音乐天赋，曾经到巴黎向肖邦学钢琴。这样的女子自然有众多的追求者，但她拒绝了多次求婚，把自己变成了大龄女青年，原因是要照顾中风卧床的母亲和有残疾的大姐伊丽莎白。如果达尔文不来求婚，她很可能一直保持单身。女儿为照顾父母错过姻缘终身不嫁在当时并非罕见，达尔文的二姐苏姗、达尔文的四女儿伊丽莎白都是如此。
“他是我见过的最开放透明的人，他说的每个单词都表达了他的真实想法。他充满深情，对他的父亲和姐妹都非常好，十分和蔼，并拥有一些能让人倍感愉快的小优点，例如对人不挑剔和善待动物。”爱玛在给姨妈的信中如此描述她从小熟悉的表弟。达尔文的求婚让她感到意外，立即接受。两个多月后，1839年1月，两人闪电结婚，开始了持续40多年的幸福和谐的姻缘。
在达尔文列出的结婚好处中，排在第一位的是“孩子”。婚后的16年间，爱玛不间断地处于怀孕、生产、哺乳、断奶、怀孕……的循环中，生下了10个孩子。达尔文想要的不是一个事业助手，而是生活伴侣，能照看家庭，聊天，分享音乐，“教会我有比沉默孤独地构建理论和积累事实更大的快乐”。在这方面爱玛非常称职，全身心地照顾丈夫和子女。达尔文并不觉得有让爱玛参与或深入了解其科学研究的必要，爱玛也不觉得达尔文的研究有多大的意思，但是必要时她帮他做实验和校对。她看重达尔文的科学研究，不是因为认为其有趣或能带来名望，而是因为她知道这对达尔文来说有多么的重要。
