根据《平定准噶尔方略》记载：“回部与伊犁不同，伊犁入我版图，控制辽阔，不得不驻兵镇压，至回部平定后，不过拣选头目，统辖城堡，总归伊犁节制，即从前准噶尔之于回人，亦只如此。”也就是说，在清朝统一西域后，在对南疆的统治方式上，基本照搬了准噶尔汗国的统治策略，即“循其旧制，各城分设头目，统于伊犁”。可以说，策妄阿拉布坦通过对各城的直接控制，使得南疆成为了准噶尔汗国的“不可分割的一部分”。清朝在平定准噶尔汗国后，也对这种治理模式表达了高度认可。
策妄阿拉布坦对南疆统治方式的改变，无疑是对噶尔丹南疆政策的“修正”。在他看来，间接统治的模式是不利于统治的。倘若准噶尔汗国内部出现动荡， 将当地军政大权独揽一身的叶尔羌汗，随时都有“叛去”或造反的可能。当然，准噶尔汗国综合实力的全面提升，也给了他“主导变革”的底气。在他统治时期，不仅推行了一系列促进生产的举措，还同清朝一直保持着较为良好的关系，整个国家处在发展的鼎盛期。
另外，南疆地区缺乏具备威望的世俗和宗教首领，使得当地一直处于四分五裂的割据状态。这样的政治环境，更有利于直接统治制度的有效实行。准噶尔汗国占领叶尔羌后，黑山派势力不仅从白山派的压制中解脱了出来，并得到了策妄阿拉布坦的扶持。不过，策妄阿拉布坦从未想过“支持哪一派”。在他看来，无论哪一派别过分强大，都是不被允许的。因此，在他统治时期，黑山派和白山派分别以叶尔羌和喀什噶尔为中心从事宗教活动，并为准噶尔汗国的统治服务。
以喀什噶尔为根据地的白山派，当时处于和卓阿哈玛特（阿帕克和卓的孙子）的领导下。当策妄阿拉布坦进军噶尔时，白山派慑于对方强大的武力，不得不选择臣服。不过，这个以“多权术，善收人心”著称的宗教首领，根本不甘心受到种种约束和限制，因此一直通过宗教力量，操纵着喀什噶尔等地的实权。另外，他对准噶尔汗国扶持黑山派的做法极为不满。因此，白山派并不是“值得信赖”的宗教力量。
黑山派领袖则是阿克巴锡汗召来的达涅尔和卓。由于他得到了准噶尔汗国的支持，因此一直是南疆宗教势力中的“亲准噶尔势力”。
不过，有着较高的威望的和卓势力，很大程度上妨碍到了准噶尔汗国在当地的统治与管理。因此，大约在1713年左右，策妄阿拉布坦再一次兵发南疆，旨在扫除有碍于准噶尔汗廷统治的和卓势力。值得注意的是，尽管黑山派和卓达涅尔采取了合作态度，一度配合准噶尔军队进攻喀什噶尔，但在战事结束后，依然被押至伊犁并软禁了起来。取而代之的，是由准噶尔汗国任命的一大批地方官员。
与此同时，沙俄殖民势力加紧入侵，甚至在1720年一度溯额尔齐斯河侵入准噶尔汗国境内，严重威胁到了准噶尔汗国的安全。
在这种形势下，策妄阿拉布坦不得不改变统治政策，即重新起用在当地有着较大影响力的和卓家族，协助自己管理这一地区。当然，他没有将两派和卓全部放回南疆，而是选择了一直持合作态度的黑山派和卓达涅尔。1720年，和卓达涅尔将长子和卓加罕作为人质留在伊犁，自己返回叶尔羌。他作为准噶尔汗国的“好朋友”，被叶尔羌等城镇官吏所全面接纳。他利用自己的宗教地位及在社会中的影响，为准噶尔汗国收取贡赋，协调中央与南疆各地的关系。
为了加强对南疆的统治，策妄阿拉布坦向南疆派驻哈喇罕官吏。他们不仅负责监督税务和征收贡赋，甚至直接参与各地的内政管理，大大加强了汗国中央对南疆的行政控制和经济掠夺。《清高宗实录》记载，“从前厄鲁特时，每年派哈喇罕一人、和卓一人，按各城回人户口赋役造册，开除老弱”（1765）。
另外，根据《和卓传》记载，哈喇罕官吏还负责监视各城镇形势动态。“由于他们人数太少而且驻扎分散，故一般仅起监督作用，不直接过问各城的具体事务。但在紧急情况下，他们也会与当地亲准噶尔势力相配合，以巩固准噶尔汗国在南疆的统治”
策妄阿拉布坦加强南疆地区统治的另一显著标志，就是官方货币的发行。《西域图志》记载，“回部旧属准噶尔，所用普尔钱文，质以红铜为之，制小而厚，形圆椭而首微锐，中无方孔。当策妄阿喇布坦时，面铸其形，背附回字，噶尔丹策凌嗣立，即易名更铸”。其中，在钱币上“铸以统治者名号”，一直是伊斯兰国家和地区的习惯法。
关于所铸钱币的式样和字号，有文献如是写道，“喀什噶尔等处之普儿，其制小而厚，中无孔，每文重二钱，或有二钱三、四者不等，一面以回人之帕尔希（乃回人之篆字也） 字，铸叶尔启木（乃各城也） 字号，一面托特（乃额鲁特之字名也） 字，铸策王拉布坦及噶尔丹之策凌（皆额鲁特王名也）字号”。
其中，这里的“帕尔希字”即“波斯字”，“策王拉布坦”即“策妄阿拉布坦”，“噶尔丹之策凌”即“噶尔丹策零”。一言概之，在策妄阿拉布坦以及噶尔丹策零统治时期，他们均以自己的名号铸造了普尔钱，并铸以蒙古托忒文和波斯文。
坦诚说，准噶尔汗国的铸币举措，加重了对当地人民的经济剥削。《西域图志》记载，“准噶尔部旧征回部普尔，即以回部所输普尔钱文资用，凡台吉新立，则于钱而易名改铸。其法先铸新钱一万易旧钱，以一当二，旋换旋铸，旧钱销尽乃止”。当然，也在一定程度上稳固了准噶尔汗国的统治体系。
策妄阿拉布坦统治时期，准噶尔的社会经济较噶尔丹和巴图尔珲台吉时期有所发展。康熙五十四年、五十八年他又数次派兵抗击沙俄的侵略。
公元1716年（康熙五十五年），装备整齐的俄军沿额尔齐斯河左岸深入到准噶尔帝国控制的亚梅什湖，由此引发了著名的“亚梅什湖之战”。起因是沙俄西伯利亚总督加加林自商人处获悉准噶尔控制的叶尔羌出产沙金，即向沙皇彼得一世汇报，彼得一世决定出兵侵占。
俄罗斯2019年电影《托博尔》中西伯利亚总督马特维·彼德罗维奇·加加林形象
康熙五十四年(1715)七月，沙皇派遣中校布赫戈利茨率领3000 士兵，1500匹马侵入准部亚梅什湖(今苏联巴甫洛达尔南面)地区，修筑碉堡要塞，以作为进军叶尔羌之基地。
策妄阿拉布坦闻讯后，派出名将大策凌敦多布率军兵1万包围了入侵的俄军，俄军在野战之中屡屡被装备了赞巴拉特火绳枪的准噶尔骑兵击败，所谓的哥萨克骑兵被准噶尔蒙古骑兵揍得丢盔卸甲，于是俄军修建城寨据守，而准噶尔军由于缺乏火炮采取围困战术，经长时激战，俄军弹尽粮绝，伤亡惨重，加上疫病流行，遭到歼灭性打击，遂于四月下旬，收拾残部、炸毁要塞，沿额尔齐斯河逃命。3000余俄军，仅残逃700余人。准部人民这次正义胜利的战斗，给沙俄扩张主义分子以沉重打击。此战之后，哈萨克人、阿富汗人、乌兹别克人等周边国家都被准噶尔帝国强悍的战斗力震慑，纷纷屈服！
俄罗斯2019年电影《托博尔》中准噶尔汗国军队形象
而且在这次战役中，准噶尔军还俘虏了俄军中的高技术人才——炮兵专家——瑞典籍军官列纳特，策妄阿拉布坦非常重视，代之以上宾，随后列纳特帮助准噶尔帝国建立了一支欧洲野战炮部队，造了几十门欧洲当时最先进的瑞典8磅野战炮。
电影《托博尔》中约翰·古斯塔夫·列纳特形象。在他回国后，绘制了当时欧洲最早的中亚东部和新疆地区的地图
在一连串辉煌胜利的刺激下，准噶尔帝国的蒙古贵族们心中的征服之火熊熊燃起，继噶尔丹之后，再次瞄准了东方的敌人——清帝国！
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