所谓“自古胡虏无百年之运”，元朝统治中原刚好九十八年，大蒙古国历史通常可以分为两个到三个阶段：
（以下部分人像配图源于网络，不一定准确）
1206年元太祖成吉思汗统一蒙古，立国漠北，定国号为大蒙古国；到1271年元世祖忽必烈定都汉地，打败南宋，金与西夏，将国号改为大元之际，共六十六年，称为大蒙古国时期，又称蒙古帝国。
元世祖忽必烈1271年定都汉地，将国号改为大元后，直到1368年元惠宗出亡为止，共九十八年，才是严格意义上的元朝历史。
元惠宗出亡后依旧以大元为国号，至1402年鬼力赤杀顺天帝坤帖木儿，改国号为鞑靼为止，共三十四年，称为北元时期。
大元至正年间，早年曾励精图治致力于”至正新政“的元顺帝孛儿只斤·妥懽帖睦尔 面对风起云涌的农民起义焦头烂额、心灰意冷不免沉湎享乐，雪上加霜的是皇太子孛儿只斤·爱猷识理答腊在母亲高丽贡女奇皇后的支持下联合王保保（扩廓帖木儿）不断的挑战皇位，内乱不断。
元顺帝
至正二十八年（1368年），明朝将领徐达、常遇春进攻大都（今北京），父子俩逃到上都（Xanadu，位于今内蒙古自治区锡林郭勒盟正蓝旗境内，多伦县西北闪电河畔），旋不久又至应昌（今内蒙古自治区赤峰市克什克腾旗西北达里诺尔西南的达尔罕苏木）。
至正三十年（1370年）四月，惠宗死。孛儿只斤·爱猷识理答腊继继承了皇位，是为元昭宗。
元昭宗爱猷识理答腊
不久后明军破应昌，他逃奔和林，改元“宣光”。在位期间力图中兴元朝，重新起用王保保（扩廓帖木儿），大败前来明军北犯，但亦无法恢复中原，形成南北对峙的局面。
宣光八年(1378年，洪武十一年)四月，爱猷识理达腊去世，庙号昭宗(一说哲宗)，汗号必里克图汗(Biligtü，蒙古语意为'聪明的')。后由其弟益王脱古思帖木儿继位，年号为'天元'，又称天元帝。十年后，明军大破北元于捕鱼儿海，北元彻底崩溃。
目前有一种说法接替脱古思帖木儿继位的”恩克卓里克图汗开始不再使用”大元“的国号，继续沿用”大蒙古国“，需要说明的是忽必烈建立”大元“国号是和”大蒙古古“并用，对汉称皇帝对蒙称汗至于《明史》所说的北元改称“鞑靼”只是明朝的叫法。
乌萨哈尔汗脱古思帖木儿
1402年，《突厥系谱》记载窝阔台的后裔鲁克特穆尔（《蒙古源流》记载为吉尔吉斯人乌格齐·哈什哈，又称布里牙特·乌格齐），蒙古鞑靼部首领。杀可汗坤帖木儿，被阿鲁台拥立为可汗，称兀雷帖木儿汗(蒙古语转写:Örüg Temür qaγan)。 他即《明史》所称的鬼力赤，明史还称他废大元国号，称鞑靼。
掍特穆尔汗坤帖木儿
鬼力赤不久就被杀，由其子额色库卫拉岱汗继位，但是他仅是西部蒙古汗，同时在东部蒙古还有黄金家族的合撒儿裔孛儿只斤·阿岱为汗并存。
请卫拉岱汗额色库
漠北蒙古分裂为瓦剌和鞑靼，漠南有无良哈部落，这样蒙古就分为三大势力。
地图帝制作的北元时地图（来源网络）
1425年，斡亦剌歹死后，黄金家族的新汗脱脱不花继位，史称“岱宗汗”。
岱宗汗脱脱不花
这期间蒙古化的伊朗人阿鲁台掌握鞑靼蒙古的实权，先后拥立鬼立赤，本雅失里，阿台为可汗，自称大元朝太师。
1434年（明宣德九年）瓦剌首领的也先的父亲脱欢攻杀东蒙古的阿鲁台，东蒙古的阿岱台汗东逃科尔沁。明正统三年(1438年)，阿岱汗被脱欢俘杀，蒙古高原重新统一于瓦剌人手中。
1451年 ，刚刚杀掉东部阿岱汗统一蒙古的脱脱不花和掌权的太师也先决裂，不久被杀。背叛了他的异母弟阿噶多尔济继位。
景泰四年(1453年)，太师也先杀死傀儡汗阿噶多尔济，尽杀黄金家族宗室，自称'大元天圣可汗'，成为第三个非黄金家族的可汗。
阿噶多尔济
绰罗斯·也先原是瓦剌的首领，也先时，其势力所及，西起中亚，东接朝鲜，北连西伯利亚南端，南临明边，致使'漠北东西万里，无敢与之抗者' 。土木之变曾击败明军，俘获明英宗朱祁镇。
公元1454年(甲戌年）也先被暗杀身亡，瓦剌逐渐衰微，后分为其长子博罗纳哈勒统领的杜尔伯特部和次子阿失帖木儿统领的准噶尔部两部分。[
别勒古台(成吉思汗的异母弟)后裔毛里孩拥立只有七岁马儿古儿吉思，不久幼汗在乱军中被杀。毛里孩只好拥立马儿古儿吉思的哥哥脱古思猛可为摩伦汗。
摩伦汗死后近十年，蒙古混战，大汗之位空缺，直到1475年，满都鲁在混战中胜利继位。满都鲁封巴彦蒙克为济农。太师亦思马因挑拨大汗和济农的关系，使巴彦蒙克兵败身死。满都鲁死后，他的第二位妻子满都海夫人拥立巴彦蒙克之子巴图孟克为大汗，就是达延汗。
达延汗巴图孟克
孛儿只斤·巴图孟克：(公元1474～ 1517年)，又称察哈尔·巴图蒙克，明史称之为小王子。自瓦剌也先死后直到孛儿只斤·巴图孟克当时的草原才重新出现霸主。因其功绩被后人誉为达延汗，察哈尔氏鼻祖，同时也是外喀尔喀七部（即今蒙古国主体部落）之祖格埒森扎的父亲。达延汗对蒙古的统一，带来了比较安定的生产环境，对蒙古的社会发展有促进作用，被誉为蒙古历史上的“中兴之主”。
1517年达延汗死后，巴尔斯博罗特济农以博迪年幼为由，自称大汗统治河套鄂尔多斯，后来著名的俺答汗就是他的儿子。明正德十四年(公元1519年)，他将汗位巴图蒙克达延汗的长子博迪，是年去世。
明嘉靖二十七年(公元1548年)，二十九岁的博迪长子察哈尔·达赉逊即汗位，统领蒙古察哈尔部。察哈尔·达赉逊继可汗位后，举部东迁，驻牧于蓟、辽地域(今辽宁、内蒙古东部和河北北部地区)。与明朝长期反复、激烈地厮杀，损失惨重，两败俱伤。而当时满洲后金的努尔哈赤则趁机暗自发展，迅速崛起。
1557年库登汗达赉逊的儿子图们 （尊号札萨克图汗蒙古大汗）成为察哈尔第三任可汗，明朝称之为土蛮。
图们的长子孛儿只斤·布延1592年继位。在他统治期间，蒙古汗国再次进入混乱，大汗只是名义上的诸部领袖。他甚至拿出传国玺，证明自己是蒙古的最高统治者，但其他诸部对他只是一笑了之。彻辰汗布延死后，孙子林丹汗(长子莽和克之子)继位。
·林丹巴图尔
1604年布延彻辰汗去世后，13岁的长孙的林丹继承汗位，孛儿只斤·林丹巴图尔试图恢复蒙古的统一，重建成吉思汗的霸业，同时又面临着新兴的女真族的威胁。因此，他对外采取联明抗金的方针，对内则谋求控制蒙古其他部落，而且他以'攘外必先安内'为原则，优先进行对蒙古的统一，避免与后金正面交锋。1627年，孛儿只斤·林丹巴图尔西迁，平定右翼诸部。1632年，后金汗皇太极讨伐孛儿只斤·林丹巴图尔，孛儿只斤·林丹巴图尔远遁青海。1634年，孛儿只斤·林丹巴图尔因天花死于青海大草滩，终年四十三岁。其子额哲于翌年投降后金，蒙古帝国灭亡。
成吉思汗世系全图
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