明朝末年，明朝的对外贸易陷入低谷，白银输入大量减少，由于农民缴税需要用到白银，但是一般农民只有铜钱，造成白银价格暴涨，农民无法缴税，大量逃亡，造成民变。[74]
明熹宗在位期间，政治更加腐败黑暗。熹宗幼年丧母，对乳母客氏有特殊感情。客氏与宦官魏忠贤狼狈为奸。熹宗早期，倚赖东林党人力争，方能登基，故大量启用东林党人，结果导致东林党与其他党斗争不断，明熹宗因此对朝政失去耐心，魏忠贤借此机会干预政治，将齐楚浙党的势力集结，号为阉党。1624年阉党控制内阁，魏忠贤更加张狂，其爪牙遍布中央与地方。在权势最盛时，魏忠贤的养子竟能代替皇帝祭太庙。全国遍布他的生祠，并号为九千岁后又称九千九百岁。更有阉党的国子监生提出魏忠贤配孔子，魏忠贤父配启圣公[75] 。魏忠贤并大肆打击东林党，借“梃击、红丸、移宫”三案为由，唆使其党羽伪造《东林党点将录》上报朝廷，1625年明熹宗下诏，烧毁全国书院。大量东林党人入狱，甚至处死。由于阉党水准低下，政理不修。国家内部饥荒频传，民变不断，外患持续，明朝已经陷入风雨飘摇之境地。1626年北京西南隅的工部王恭厂火药库发生王恭厂大爆炸，造成2万多人死伤。1627年明熹宗不慎落水病重，不久因霍维华之药而去世，其五弟信王朱由检继位，即明思宗，年号崇祯[72]。
明思宗即位后，锐意铲除魏忠贤的势力以改革朝政。他下令停建生祠，逼奉圣夫人客氏移居宫外，最后押到浣衣局处死。下令魏忠贤去凤阳守陵，魏忠贤于途中与党羽李朝钦一起自缢，明思宗将其首级悬于河间老家，阉党其他分子也被贬黜或处死[76] [77] 。然而党争内斗激烈，明思宗不信任百官，他刚愎自用，加强集权[72]。当时东北方的后金（即后来的清朝）占领辽东地区，袁崇焕等人于辽西宁远、锦州等抵御后金可汗皇太极的入侵。1629年皇太极改采绕道长城以入侵北京，袁崇焕紧急回军与皇太极对峙于北京广渠门。经六部九卿会审，最后杀袁崇焕，史称己巳之变。其后皇太极多番远征蒙古，终于在六年后彻底击败林丹汗，取得了传国玉玺，1636年在盛京称帝，改国号为大清，即清朝。并且陆续发起五次经长城入侵明朝直隶、山东等地区，史称清兵入塞。当时直隶连年灾荒疫疾，民不聊生[78]。辽西局势亦日益恶化，清军多次与明军作战，最后于1640年占领锦州等地，明军主力洪承畴等人投降，明朝势力退缩至山海关[72]。
明朝中期之后时常发生农民起事，崇祯虽励精图治，但其任人不得法(崇祯一朝撤换过五十个大学士，号称“崇祯五十相”，为历朝之最)，朝政混乱与官员贪污昏庸；与后金的战争带来大量辽饷的需求以及清兵的掠夺；以及因为小冰期气候变冷，在当时连海南岛都出现下雪气候[79][80]，农业减产带来全国性饥荒，这些都加重明朝百姓的负担。1627年，陕西澄城饥民暴动，拉开明末民变的序幕，随后王自用、高迎祥、李自成、张献忠等农民起事，最后发展成雄踞陕西、河南的李自成与先后占领湖广、四川的张献忠（最后成立大西政权）。1644年李自成建国大顺，三月，李自成率军北伐攻陷大同、宣府、居庸关，最后攻克北京。明思宗在煤山自缢，明朝亡[72]。李自成攻克北京后，纵容部将在京城内大肆搜刮遂失民心。原为明将、镇守山海关的吴三桂带领清军入关，并于一片石战役击败大顺军。清朝摄政王多尔衮与顺治帝入关，北京成为清朝的首都。李自成退回陕西，最后被清军围歼于湖北，大顺亡[72]。
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