隆庆新政和万历中兴

明穆宗即位后，先后任用徐阶、高拱与张居正等名臣。1567年位处执政之首的明世宗旧臣徐阶策动朝官弹劾高拱，迫高拱辞官回乡。高拱亦不甘示弱，一年后策动朝官弹劾徐阶。徐阶也被迫正式退休。朝廷的实际政务渐渐落到张居正的手上。隆庆末年，高拱回朝出任内阁首辅。隆庆朝名臣名将荟萃，陆上与鞑靼首领俺答汗达成和议，史称俺答封贡；海上开放民间贸易，史称隆庆开关；因为这两项措施与其他改革措施，明朝开始进入中兴时期，史称隆庆新政。1572年，明穆宗因中风突然驾崩，年仅九岁的皇太子朱翊钧继位，即明神宗，年号万历。[59]。

由于明神宗年幼，于是由太后摄政。重臣高拱由于与太后信任的宦官冯保对抗而被罢官；相反的，张居正得到冯保的鼎力支持。张居正辅政十年，推行改革，在内政方面，提出“尊主权，课吏职，行赏罚，一号令”，推行考成法，裁撤政府机构中的冗官冗员，整顿邮传和铨政。经济上，清丈全国土地，抑制豪强地主，改革赋役制度，推行一条鞭法，减轻农民负担[61] [62] 。1393年明太祖时期，全国耕种田地有三百六十六万零七千七顷，到1502年明孝宗时期也只上升到四百廿二万八千零五十八顷。经过张居正的治理后于1581年达到七百零一万三千九百七十六顷。军事上，加强武备整顿，平定西南骚乱，以名将戚继光守卫北京的重镇蓟州、以辽东李成梁安抚东北女真、以宣大王崇古、方逢时安抚鞑靼，其他重臣如四川的刘显、两广的殷正茂、凌云翼、浙江的张佳胤，张居正也十分信任他们[51]。张居正还启用潘季驯治理黄河，变水患为水利。同时张居正严惩贪官污吏，裁汰冗员。张居正整顿朝正，改革体制，史称万历中兴[59]。

1577年张居正父亲去世，按常理他需要丁忧（解职回乡守孝三年），但张居正以为改革事业未竟，不愿丁忧。他的政敌借此大做文章，此即为夺情之争。最后在明神宗和两太后的力挺下张居正被夺情起复（免于在家守孝），使得其改革并未被中断。但是，这成为他的政敌之借口。同时，张居正利用自己的职权让自己的儿子顺利通过科举进入翰林院。除此之外，张居正的私德有很大的问题，各种聚敛财物的情事被揭露，张居正也迫害了大量的政敌，他一死，立刻在万历的支持下，被昔年结怨的大臣清算，张居正家被抄家。张府一些来不及退出的人被囚禁于内，饿死十余口。生前官爵也被剥夺[59]。