洪武五年，朱元璋决定彻底消灭逃往和林的北元王朝，命徐达、李文忠率军15万，分三路向漠北挺进。当时北元昭宗已经与大将扩廓帖木儿（王保保）会合，经过一年多的休息整顿，北元实力已经大幅上升，而明军骑兵较弱，且三路大军在大漠之中缺乏联络。
徐达
明军主帅徐达、李文忠对战争困难没有清晰的认识，中路先锋蓝玉抢先近至图拉河，首战告捷。随后扩廓帖木儿会合贺宗哲的军队在和林附近击败蓝玉大军，明军死伤数万人，已经丧失了继续作战的能力，徐达被迫率领残兵败将退回长城以内。明朝东路军由李文忠率领，推进到图拉河时中路军徐达已经败退。北元集中优势兵力击退李文忠的进攻，李文忠被迫撤军。惟有西路军冯胜、傅友德向西出兰州一路获胜。但是明军的整个作战目的没有达到，反而在战争中被北元占了上风，明军转入防守。直到三年之后北元名将扩廓帖木儿去世，明军才转入进攻。
傅友德
虽然在明朝在与北元的战争中占了上风，但是蒙古高原的广大地区和东北大部仍然被蒙古各部控制，为了内陆的安全与稳定，朱元璋在沿边地区大量设置卫所，派兵驻守各个战略要地，并且安插投降的蒙古部落。同时结合分封制度，朱元璋将诸子分封到全国各地，其中在北方封了代王（大同）、肃王（甘州）、辽王（广宁）、庆王（宁夏）、宁王（大宁）、岷王（甘肃岷州）、谷王（宣府）、燕王（北平），将北方的精兵强将配属诸藩王来防御蒙古。这也是朱元璋设计的诸王守边保卫朱明江山的制度，其中最强大者就是封在北平的燕王和大宁的宁王。
朱元璋去世之后，燕王朱棣依靠手中的军事力量，压服宁王，夺取其精锐的朵颜三卫。朱棣在“靖难之役”中取得胜利，抢走了侄子朱允炆的皇位，就是后来的明成祖永乐皇帝。明成祖继位之后，继续侄子朱允炆的“削藩”政策。他决定更改朱元璋的“诸子守边”政策，采用“皇帝守边”的国策。由于他的根据地北平处于蒙古的威胁之下，永乐皇帝无心在都城南京安处，他将北平改为“北京”作为皇帝的“行在”。永乐十九年，朱棣将都城迁往北京，亲自坐镇北京，组织、指挥针对蒙古的大规模军事行动。
作为一名勇悍的皇帝，朱棣常常亲率大军出征大漠。由于当时蒙古汗庭已经分裂，瓦剌与鞑靼相互攻击，蒙古对中原地区的侵略逐渐减少。明成祖决定以夷制夷，扶持其中一派，打击另一派。为了彻底消除威胁，永乐皇帝五次亲率大军进入大漠追击蒙古人，但是由于蒙古骑兵实力尚存，均未能对其造成毁灭性的打击。相反，大漠中行军、运输非常困难，明军常常处于险境。直到永乐22年，明成祖率领大军追击阿鲁台部，虽然对兀良哈部造成重大打击，但仍旧未能彻底击溃蒙古人，明成祖也在行军途中去世。
明朝形势图
明成祖继位之后，为解决北部边防问题耗尽心血，虽然五次出征大漠，有效的阻止了蒙古部的南下，但是也耗尽国力。他去世之后，明仁宗与宣德皇帝转入守势。虽然不再派遣大军进入大漠追剿，但也稳定了北部边防，奠定了“天子守国门”的边防形势。
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