蒙古族与先后曾经入主中原的契丹、女真等其他中国中古少数民族对待科举制度上既有相似之处，更有较大的不同。相似之处在于都实施了科举制，且实施以后的方式、方法以及考试科目与重点，基本都是沿袭中国历代封建皇朝的通行办法，但不同之处在于： 一、实施科举制的时机完全不同。不像其他民族那样一旦进入中原地区就立即开始了科举制度（个别甚至在未进入中原地区之前就开始了类似的官员选拔机制，如满洲族在入关之前的情况那样）。蒙古族在有元一代，对科举制度总体来看是不热心的。尽管在太祖穆赤坚汗窝阔台时代，“太宗始取中原，中书令耶律楚材请用儒术选十，（帝）从之。”（语出《中华历代皇朝全二十八史·元史》）也就是说，在耶律楚材建议下，举行了第一次比较正规的儒生选拔考试，即“戊戌选”，时间是在成吉思合罕纪年三十三年（也即成吉思合罕黄金家族大蒙古帝国太宗穆赤坚汗窝阔台十年，1238），但这毕竟不是恢复了科举制度。至于世祖、成宗等时期，尽管也多次廷议协商过恢复科举之事，但由于保守势力的激烈反对，加上战事频仍等原因，一直没有明确结论。直至仁宗朝（1312-1320年）时，元皇朝才开始举办真正的科举，不过以后却又时断时续。
二、科举制度被深深地打上了民族歧视的烙印。当时的大帝国中的高级王公贵族出于为了保住自己的既得利益的需要，千方百计排斥科举制度。成吉思合罕黄金家族大蒙古帝国沿用了包括西夏、金国、南宋政权在内的当时所有的汉地封建皇朝的原有的官僚队伍，加上大批西域内附的各战败国、各民族、各部族的地主知识分子和官员，所以客观上对官员的扩充需求有限；最重要的还是大帝国把国民分成了蒙古人、色目人、汉人以及南人四个等级，进行赤裸裸的民族歧视和压迫使然，当然不愿意科举制度为政治社会地位低下的汉人和南人提供晋升台阶。比如在科举制度具体操作程序中，朝廷规定科举考试结束张榜时，蒙古、色目人为一科，称“右榜”；汉人、南人为一科，称“左榜”（蒙古人尚右），前者人口只占全国人口总数的3%，但录取、分配的名额却与后者相当，并且“右榜”考试时，考题比“左榜”要简单得多。在考试形式上，蒙古人、色目人乡试只考两场，而汉人、南人则必须考三场。
三、科举考试制度为朝廷和国家做出的贡献截然不同。自仁宗恢复科举考试制度以后直至惠宗北遁漠北的为止的五十五年间，仅仅举办过十六次正式的科举考试，总共开科取士只有区区一千二百人左右，占当时相应时期文职官员总数比例还不到5%，如果按比例计算，尚不及唐宋时期的十分之一。据史学家考证，在包括蒙古人、色目人在内的大约一千二百名“幸运儿”当中，官至相当于今天副省、部级及以上的官员总数，应该不超过七十人。在黄金家族统治的历史上从时间和频率来看，科举制度应属昙花一现，如同大海中一朵微不足道的浪花，从对国家、人民的重要性和贡献上看，如同沧海一粟，不要说对比隋唐与宋明这样的“汉人皇朝”，就是与契丹族建立的辽朝、女真人建立的金朝、满洲族人建立的大清这样的“异族皇朝”相比，都不可同日而语。
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