当薛之元叛变的消息传来时，李秀成正驻扎在安徽巢湖黄山，当即星夜起兵，前来争夺浦口。薛之元是李昭寿的同伙，他的背叛应是意料之中的事，但李秀成麻木不仁，后知后觉，对薛之元未做任何戒备，听之任之，结果失掉江浦和浦口，李秀成是要负很大责任的，但李秀成对李昭寿还有幻想，一个月后还亲笔写信给李昭寿，要他幡然悔悟再投太平天国。但铁了心的李昭寿，反过来竭力策反自己的老上级李秀成。1859年5月，陈玉成被封英王，接着宠臣蒙得恩被封赞王，此时李秀成和陈玉成在江北作战，但没封他，李昭寿于是觉得是个做文章的机会，写信给李秀成要他降清。
其实李秀成封王的诏书在几个月后大约是1859年8月下旬至9月上旬就已送达军营，但李秀成悬印一月有余，不肯接受，还不断上书天王称自己无才无德要求收回，他这么做一可能是做足式样，以表忠心，毕竟当时他军营里出了两个叛徒；二是有所顾忌和愧疚，江浦和浦口的丢失他要负全责。他接受爵位的时间是11月上月，而江浦和浦口收复是11月12日由李秀成陈玉成联军攻占的。
李昭寿是一只贪得无厌，从无信义的乱世狗熊，他不断利用自己之前的复杂关系网和熟人遍地的优势，策反劝降太平天国将士，陈玉成李秀成收复全椒、六合、天长后，李昭寿又先后策反了这些守将，之后还策反了江浦、浦口的守军，致使这些江北重镇又重新落入清军手里，比起当年的江北大营，李昭寿对太平天国所起到的负作用有过之而无不及。
李昭寿拥有雄厚兵力，独立作战，几次三番地牵制了太平天国主力，陈玉成西征，被他两度逼退，1862年，庐州危急，陈玉成向天京求援，洪秀全派出林绍璋、洪春元出来救援，又被李昭寿给阻挡无法救援。当时湘军的势力还远未及于江北，李昭寿在牵制和对抗太平天国中起了很大作用。正因为如此，降清仅两年多的李昭寿，被清廷授予总兵和提督，还帮办安徽军务办理招安事宜，从一品大员，他的升迁和待遇，是所有降清人员当中较为罕见的。
但李昭寿贼性难改，他本就是一地道的流氓，毫无信义可言，秉性无赖，为了向清廷表功也大肆出卖旧友。1860年，薛之元所部哗变，但迅速被清军击溃，薛走投无路之下，冒死躲藏在李昭寿家中，哪知李昭寿闻讯后，杀尽把兄弟薛之元全家，割下头颅表功。此类事情一再发生，此后有几个捻军旧友头目投奔于他，都被他杀掉邀功。
在他的驻军范围内，借用清军现在需要他对抗太平天国，他把
皖北、苏北搞成一独立王国，到处横征暴敛，同时他还坐地称霸，规定商户在他地盘做买卖必须挂上他部队“豫胜营”的旗号，否则不准营生，将军队也变成了一支唯利是图的腐朽部门。
曾国藩接任钦差大臣，两江总督时，准备向李昭寿开刀，拿掉这块腐肉。但李昭寿聪明识相，知道狡兔死走狗烹的道理，在湘军合围天京后，他知道自己的利用价值已基本降为零，于是向清廷主动提出解除自己职务，并交出滁州、五河、全椒、天长、六合五城的管理权，解散豫胜营八万人马。清廷未做任何挽留，同意他的请求，一撸到底。
但作死的人到哪都会作死，李昭寿虽不做官了，但在乡里仍是个大地主财主，飞扬跋扈不把清王朝王法放在眼里，1881年，横行乡里多年的李昭寿，帮人讨债，抓了贡生吴廷鉴。李昭寿最恨读书人，将吴打个半死。安徽巡抚裕禄大怒，下令逮捕李昭寿。李昭寿一开始也并不在意，他自认为战功显赫，以前杀人如麻都没事，这次不过打个贡生而已。谁知清廷这次动了真格要处理他，将李昭寿处斩，雄桀一生的李昭寿还没搞清楚状况，人头便落了地。
相传李昭寿被杀后，其子为其设灵堂，却无人愿意给他写挽联。善恶终有报，只是看什么时候到。
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