1857年4月，石达开经略江西倍感困难，只得放弃江西基地，进入浙江、福建。此后他长期在穷山僻壤中运作，孤军奋斗，流动作战，没有后方基地，给养没有保证，又带着大批家眷，尾大不掉，行动迟钝。他避实击虚越走越远，越走越进入更为封闭的南方腹地大山里去了。他和他的部队只一味流动作战，很少打过好仗，而且是屡打屡败；尤其是1858年围攻浙江衢州和1859年初围攻湖南宝庆(邵阳)的两次长围攻坚战。
石达开进攻浙江，是为了解除江西各地的湘军威胁。在衢州城下围攻两个月，没有任何进展。浙江是清军饷源重地，各路清军纷纷赶来。而石达开因为大军远征,反而把后方江西抚州、建昌等根据地全部丢了，没奈何只有从浙江全线撤退进入福建，之后再从福建转入湖南。
而在湖南全军围攻宝庆，更是一着臭棋。攻宝庆目的是打开入川大门。石达开军中有很多是湘南人，对本地地形相当熟悉。如果他能及时放弃死攻宝庆的打算，听从意见，绕过堵截的清军是能进入四川的。但他却一意孤行，把二十万大军放在坚城围攻，以至冗日持久，师老兵疲。宝庆是一座坚城，自太平军1852年进入湖南起就努力经营，广积粮，高筑墙,深挖濠。储藏有十二个库仓几万石粮，用巨石加固城墙，城外连接长壕三二层，在城郊遍设乡团，协同作战。石达开孤军围城，没有后方基地，粮食奇缺之至，多乃捕掠民间,军队纪律差,更引起本地民众反抗,屯兵城下，旷日持久，各路清军迭至，其中很有战斗力的有两支，一支是江忠源旧部刘长佑军，从西面来攻;另一支是李续宜部湘军从东面来攻，东西两路历经四十天战斗，石达开还是因粮食已尽，军心不固,不得不撤退。
两次围攻,兴高而来，扫兴而走，显示了他的指挥失误和才干枯竭。石达开的威信开始降温。
在他转战福建、湖南和广西等地时，麾下先后就有九批人马卷起翼殿大旗，分道扬镳。其中有影响而且胜利地回到太平天国区域的有三支：
一支由东王宗杨辅清率领的。杨辅清是天京内讧前两个月，离开江苏到达江西的。内讧发生后，他害怕天王罗织罪名，即引军进入福建。后来加入石达开的部队编制。1858年因打出“东殿”旗号,为石达开不喜，率先脱离石达开，折回江西、皖南,上奏洪秀全表示拥护。洪秀全这时正在为杨秀清恢复名誉，大为欢喜，立即授他为中军主将，以替代不出京门的蒙得恩。
第二支是1860年秋由广西脱离石达开的。这是翼王所辖的精锐和主力部队。它又分三支，一支是由张志公、郑忠林和汪海洋等分别率领，自柳州、桂林东走，据说有六七万之众。张志公等人在灵川投降；只有汪海洋拔旗而走，率本部人马由灵川攻占兴安，入湖南、江西，并入李秀成部。还有一小支是谭体元部,在江西并入李世贤军。
第三支是由彭大顺、吉庆元、童容海和朱衣点等率领，拥有四五万之众，在辗转一年余以后，千辛万难，在福建为首的彭大顺受伤死,其余人马至江西铅山,并入李秀成部，而此时的李秀成部，已扩展到二十万之众了。洪秀全大为高兴，将这支人马赐以“扶朝天军”番号。
这些人马的先后脱离，使石达开的力量大为削弱，石达开众叛亲离，兵势衰竭。
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