1900年,德国医生埃里希·宝隆在德国驻沪总领事克纳佩(Wilhelm Knappe)的支持下,在张家浜新马路旁开办了有20张床位的医院。由中德双方出资,取名“同济医院”,宝隆任院长。
1904年初,克纳佩在柏林与德国外交部、普鲁士文化部的代表以及柏林大学东方语言部主任进行了会谈。在谈到在中国推行德国教育政策时,克纳佩提出了在上海开办德国医科学校的计划。
1907年3月,科佩尔基金会、促进在华德国文化工作委员会、上海德医公会和同济医院4方,在柏林签署了由普鲁士文化部起草的关于在上海建立德国医科学校的协定;
1907年6月3日,“德文医学堂”董事会正式成立,董事会由18人组成。
1907年10月1日,“德文医学堂”成立,举行了开学典礼。
1908年,改名为“同济德文医学堂”,校董们为学校取名“同济”,意蕴和衷共济,希望用现代医学造福人类。。
1924年5月20日,教育部批准同济医科为大学;1927年8月,由南京国民政府教育部命名为国立同济大学。
1946年,同济大学发展成为以理、工、医、文、法五大学院著称的海内外著名综合性大学。
1950年,同济大学医学院和附属同济医院迁往湖北武汉与武汉大学医学院合并(现为华中科技大学同济医学院)。
2000年,原上海铁道大学与同济大学合并,同时成立新的同济大学医学院,重建医科(现为同济大学沪西校区)。
2010年,教育部和上海市宣布继续共建同济大学。
2013年,同济大学与上海万众医疗投资公司合作创建同济大学附属上海天佑医院。
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