根据新型城镇化建设的发展速度，合理制定土地整治中长期专项规划，以同步满足城镇化过程中经济社会发展对土地的需求，科学配置土地要素资源。加强对土地整治工作推进速度和开展规模的科学研究，编制省市县三级土地整治规划，土地整治项目的审批权统一到省级国土管理部门。各级除制定土地整治中长期规划，还必须细化年度计划和具体的项目实施方案，项目由县政府组织乡镇负责实施。
规范土地整治工作管理，建立科学合理的工作流程。市县级政府要切实发挥统筹规划、整合资金、整体推进的作用。项目实施阶段由乡镇政府牵头，选举产生土地整治理事会、监事会，具体负责土地整治工作，减少政府大包大揽的行为。探索完善土地整治组织方式，真正形成“政府主导、国土搭台、部门联动、群众参与、整合资源、整体推进”的工作机制。保障农民的知情权、参与权和受益权。
加快法制建设步伐，出台农村集体建设用地转让与用地指标交易的规范性政策。现在土地整治中产生的集体建设用地已经通过增减挂的方式转移使用，并给予了数额不等的政策性资金支持。随着城镇化进程的加快，大量农村人口流入城镇，农村宅基地等集体建设用地和指标进入市场流动的需求越来越迫切。国家应及时出台相应的政策法规，针对集体土地转让和土地指标交易行为，建立一个有序、健康、灵活规范的市场机制，推进城乡统一土地市场建设。同时，确保挂钩所获土地增值收益及时全部返回农村，用于支持农村发展和改善农民生活条件，促进城乡一体化发展。
围绕新型城镇化、农业现代化、美好乡村建设，建立以破解“三农”问题为目标的价值指标体系。土地整治要与产业支撑、产业发展相结合。在土地整治项目的方案论证和考核中要引入财政投入、新增耕地面积、新村建设、转移就业与培训、农业产业化和非农产业发展、农民合作经济组织建设等相关内容，建立健全土地整治技术标准体系。以耕地面积增加、耕地质量提高、建设用地总量减少、农村生产生活条件和生态环境明显改善为目标，合理引导农业结构调整和产业升级，探索建立新型农民集体经济组织，改进生产关系。发挥土地整治对破解“三农”问题的引导作用，通过以城带乡、以工促农，加快新型城镇化建设步伐。
创新土地整治工作的投融资体制，积极鼓励、支持和引导社会民间资本参与土地整治。土地整治是一项系统工程，包括拆建补偿、新村建设、土地平整、生产设施建设、发展现代农业等，做好上述工作，需要大量的资金支撑，目前，这项工作局限在政府包办的层面上，造成很多项目资金短缺，影响项目的顺利实施。巨额资金让政府难以在较大范围内开展工作，而大量的社会资本在体制外等待，亟须科学合理地引进社会资本进入土地整治领域以加快城镇化进程，推进城乡统筹发展。
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