集结起各路反桓玄的军队后，刘裕毫不耽搁，率军杀奔建康而来。
见刘裕兵锋锐利，桓玄有些畏惧和犹豫不决，既想主动进攻，又觉得死守要隘覆舟山更加安全。在桓谦等人的强烈建议下，桓玄勉强派出两员将领，顿丘太守吴甫之和右卫将军皇甫敷，率军迎战刘裕。
可惜，在刘裕面前，这二位真不是对手。
刘裕先是在江乘遇到吴甫之的兵马。就见刘裕，指挥若定，挥军直上，自己则挥舞长刀，冲杀在前。刘裕麾下将士见主帅如此勇猛，也是大受鼓舞，奋勇向前。
说起来吴甫之在桓玄麾下也算得上一员骁将，麾下士卒也能称之为精锐，但是分和谁比，在刘裕及刘裕麾下的北府军面前，完全不够看，一个回合没走上，就被刘裕的军队杀得四散奔逃。刘裕阵斩吴甫之。
接下来，在罗落桥，刘裕又遇到皇甫敷率军迎战。刘裕兵分两路，从左右两个方向杀向敌军。皇甫敷也颇为悍勇，先是击败刘裕派出的另一路军队，然后率军杀向刘裕这一支人马。关键时刻，刘裕又是挥舞长刀，率先杀入敌阵。一番血战，刘裕军再次击败敌军，阵斩皇甫敷。
桓玄得知派出去的两支军队全被击败的消息，更加紧张，命令桓谦和卞范之率领两万士卒，分别守卫东陵口和覆舟山西，抵敌刘裕。
率军到达覆舟山一带之后，为了打击敌军的士气，刘裕设下疑兵之计，让精锐士卒休息，恢复体力的同时，让老弱士卒多备旗帜，在覆舟山一带东奔西走，造成大军不断行动的假象，吓唬敌军。桓玄得知消息，急忙又派来援军。
刘裕等自己麾下士卒休息停当之后，再次冲杀在最前方，率军杀奔敌军大阵。刘裕麾下将士士气高昂，拼死向前，无不以一当百，喊杀声惊天动地。
这时，恰好刮着东北风，刘裕军在上风头，于是刘裕同时命人纵火，以火攻敌。刹那间，烟焰冲天，鼓号声、喊杀声，一直远远传至建康城。
桓谦等人，慑于刘裕及北府军的威名，本来士气就不高，现在见刘裕又是率军死战，又是顺风放火，军心更加混乱，很快抵挡不住，四散奔逃。刘裕军继续杀奔建康。
实际上，此时桓玄麾下，还有不少的士卒，又有建康城及附近的关隘为依托，如果桓玄有能力和胆量的话，完全还可以和刘裕打上一阵。可惜，此时的桓玄已经被刘裕吓破了胆，带着少数亲信，放弃建康城，率先逃走。
桓玄一行人等先是逃到寻阳，想起了被自己废黜的那个晋安帝，感觉这个前任傻皇帝也许还有点用，于是又让人将之找来，带着他，又一起逃到江陵。
到达江陵后，桓玄总算暂时安稳下来，召集各路兵马，重整旗鼓，准备继续和刘裕战斗。可惜，此时的桓玄，更加多疑猜忌，暴虐嗜杀，麾下将士也就和他更加离心离德。
打跑桓玄后，刘裕率军顺利占据建康城。虽然没有皇帝，但朝廷的架子还在，所以大家商量着又恢复了晋朝的国号。
大臣大部分还是原来那班大臣，除了部分司马氏皇族的嫡系被桓玄除掉之外，其余的，都仍然留在朝中。现在，刘裕打回来了，除了部分桓玄的心腹跟着桓玄逃走之外，大部分人身子一转，又做回了晋朝的官。
此时，刘裕手掌大军，又是复国的第一功臣，因而，虽然没有得到皇帝的认可，大家依然推举刘裕为使持节、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、领军将军、徐州刺史。
至此，刘裕终于身居高位，完成了身份的转变，成了东晋权臣之一，虽然还没有掌握太多的政权，但军权在握，拥有了足够的话语权。
接下来，刘裕一面派冠军将军刘毅、辅国将军何无忌、振武将军刘道规等人率军追击桓玄，一面推出武陵王司马遵总领朝中百官，开始稳定朝局，恢复朝廷正常运转。
最有意思的是，当初在历阳起兵失败，被桓玄麾下豫州刺史刁逵抓住，押送往建康城交给桓玄处置的那个诸葛长民，这个时间，刚刚走到半路，还没到建康城。
由此可见，刘裕兵锋之锐利，桓玄失败之迅速。
桓玄都跑了，这罪犯当然不能继续押送，押送过去也没人接收了，于是押送诸葛长民的人员当场转变立场，打开囚车，放出诸葛长民。这些人也成了诸葛长民的属下。
诸葛长民也挺有意思，也不去建康见刘裕，而是立刻转身，返回历阳。此时的历阳，也已经就得知桓玄兵败逃跑的消息，镇守历阳的刁奎也慌了手脚，打算弃城而逃，却被自己麾下准备投降刘裕的将士抓住、斩杀。恰好诸葛长民返回，于是顺利占据历阳。
刘毅、何无忌、刘道规等人率军杀到江陵一带，和桓玄军几番交战，桓玄军败多胜少，加上桓玄不时的胡乱指挥，又经常在大军旁边演练如何逃跑的技术，使得麾下将士毫无战心，纷纷或者逃散，或者叛乱。这一年（404年）五月，桓玄死于自己麾下士卒的叛乱之中。
之后，晋安帝在江陵复位，又当回皇帝，并于405年三月，返回建康城。至此，东晋算是正式复国。
刘裕因为平定叛乱中的大功，被皇帝正式加封为侍中、车骑将军、都督中外诸军事，徐、青二州刺史，镇守京口。
桓玄死后，桓玄的余党继续占据各地，并多次叛乱，但都陆续被剿灭，东晋的局势，终于稍稍安定了一些。
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作者简介：李永田，从事中国传统文化普及、教育、创作及出版工作多年，出版多部中国传统文化类著作。主要作品有：《中国古文鉴赏》、《中国历代散文名篇鉴赏》、《国学经典》（诗、词、曲、赋四册）、《唐宋名家诗词赏读》（全十二册）等。
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