晋元帝去世，晋明帝继位，晋明帝司马绍从小就很聪明，小时候一次使者从长安过来，晋元帝就问儿子，长安与太阳，那个近那个远啊。司马绍就回答说，长安近，从来不听说有人从太阳那里来。第二天晋元帝宴请使者和大臣，又把司马绍交出来问到底是长安近还是太阳近，这次司马绍却说太阳近，晋元帝很纳闷，就问你昨天不是说长安近吗，今天怎么变成太阳近了？司马绍就回答说举头能看见太阳，但看不见长安所以说太阳近。晋元帝就感觉这个儿子很不一般。等长大后，果然仁孝过人，好贤礼士，虚心纳谏，与温峤，庾亮等结交，关系很好，还娶了庾亮的妹妹，自此庾亮逐渐也进入了权力的中央。
日近长安远
晋明帝这继位的时机可以说是差的不能再差了，虽然没什么权柄，但还是照例大赦天下，同时安排了兖州刺史郗鉴为安西将军，都督扬州江西军事，华恒为骠骑将军，都督石头的军事，为之后可能清除王敦作准备。王敦也在紧锣密鼓的准备，他暗示朝廷召他入朝，晋明帝也就将计就计，一方面召集王敦入朝，一方面又加赐给王敦黄钺班剑，奏事不名、入朝不趋、剑履上殿。王敦于是带兵进驻到姑孰的湖城，自领扬州牧，部署军士，同时因为郗鉴都督扬州江西军务，对自己有一些牵制就让晋明帝将郗鉴召回了都城。同时还不忘铲除那些可能危险自己的势力，义兴周氏的周札曾经直接投降王敦，所以被封侯，他的哥哥的四个儿子周筵等也都封侯，一门五侯，荣耀无比，其母亲去世的时候送葬的人达到几千人，自然也引起王敦的猜忌，王敦就利用一个道士李脱妖言惑众说自己要当王，诬陷周氏与李脱勾结，先杀了自己手下的周嵩，周筵，又派了自己的同党沈充杀死了周札，周氏大族与北方大族的矛盾最终被王敦以血腥的方式终结。
王敦此时已经基本做好了准备，但好日子也不长了，主要问题有几个，第一篡逆之心，不得人心，尤其是自己家人都反对，他有一个自己很喜欢的从弟允之，一天晚上陪他喝酒，稍微带点酒意就先走了，他一走王敦就跟钱凤一起商量篡逆的事情，都被允之听到了，允之担心疑心自己，就扣扣喉咙吐了自己一身，狼藉不堪，然后假装继续呼呼大睡，也真是难得，果然王敦商量完了进来，那火来照看并且叫他，但允之明明醒着，却翻身继续装睡，王敦才不起疑，以为他是真醉且什么没听见，但允之一回到建康，就将王敦的情形一五一十的跟自己的父亲廷尉王舒讲了，然后王舒与王导赶紧去就去告诉了晋明帝，朝廷对于王敦的动向和底细就清楚了。自己的家人都如此，更何况其他人，所以真正对他忠心的也就是钱凤之流的小部分人。
另外他最大的问题是身体有病，且越来越重，眼见不能支持下去。但自己还没有儿子，便将哥哥王含的儿子王应过继给自己。公元324年夏季的时候，病情更加严重，钱凤来探视他就问他万一有事，后续怎么办，是不是要托付给王应，王敦这时候倒是有了一些悔意，首先说王应年少，，不能托付大事，然后说了上中下三策，上策是解散军队，归依朝廷，保全门户；中策是退还武昌，敛兵自守，保持现状；下策就是孤注一掷，进兵建康，如果失败就是身死族灭。钱凤对同党说王敦的下策才是真正的上策，我们照此执行吧，就致书沈充，约同起兵，准备再次进犯建康。
晋明帝也一直在准备，先是温峤温太真，假装投靠王敦，获得了王敦的信任，并将丹阳尹这个重要的职位交给了温峤，朝廷也知道了王敦重病，很难持久，晋明帝自己也亲自骑马悄悄去侦察王敦的营垒，同时征求光禄勋应詹的意见，大家都认为讨伐王敦是可行的，晋明帝就下了决心，任命王导为大都督，领扬州刺史，温峤为中垒将军与右将军卞敦守卫石头城，光禄勋应詹都督前锋，尚书令郗鉴都督从驾诸军事，庾亮，卞壶等也都做了领军将军，并召集徐州刺史王邃，兖州刺史刘遐，豫州刺史祖约，临淮太守苏峻等入卫京师。王导老奸巨猾更是利用王敦病重的消息，放出风说王敦已死，来振作自己方的士气，随机朝廷下诏，罗列了一通王敦的罪责，并明确说明不追究那些附恶王敦的人。
王敦在病床上看到诏书，一怒之下，更是病上加病，但此时也是欲罢不能了，让其哥哥王含为元帅，带领钱凤周抚等人进兵建康，七月，王含等水陆五万大军，进驻至江宁西岸，温峤因为宿卫单薄，援兵还未聚集，烧断朱雀桥，与叛军隔水相持。
此时晋明帝这边有两派主张，王导建议御驾亲出督战，挫败叛军的锐气，郗鉴则建议目前叛军势不可挡，最好固守不战，等叛军松懈下来，我们就可以一鼓作气战而胜之，如果御驾亲出，孤注一掷万一有失就没有办法补救了。晋明帝采取了郗鉴的意见，等叛军松懈下来之后，郗鉴组织了几千名壮士，乘夜过江，杀了王含一个措手不及，前锋被杀死，王含自己丢下几千尸体趁乱逃走，王敦一听大哥败北，更是大怒，说自己的大哥像个老太婆一样，不堪一战，还得自己去，结果病床都没下来就又晕了过去。
王敦终于坚持不下去了，临死之前还安排让王应即位，立百官，可能是希望封自己一个光荣皇帝吧。王敦一死，王应秘而不宣，王含等不知道，此时沈充率领的援军正准备与王含的败军会师江宁，准备再战，但这时候势头已经倒向了晋明帝这边，各州郡纷纷响应朝廷，但沈充一意孤行，哪怕晋明帝劝其投诚，并许以司空高官，也被他拒绝，还说什么丈夫共事，始终不移，若中道变心，便失信义，倒是王敦的一名忠狗。等与王含合兵后，司马顾扬还劝说沈充上计是引水灌城，乘着水势进攻，就可以不战屈人，中策是趁着大军刚到锐气十足，并且和王含合并后，我众敌寡，最好赶紧进军，摧古拉朽之势进宫，下策就是嫁祸钱凤并杀死他，然后投降。果然各个都是阴谋家，这几个策略不可谓不好，用哪一个都是好的，偏偏沈充哪一个也不用。
紧接着晋明帝这边的援军兖州刺史刘遐，临淮太守苏峻率领的援兵也已经到达，这时候沈充和钱凤才想起来要攻击，结果钱凤和沈充大败，沈充狼狈逃走。周抚的弟弟周光本来派兵支持王敦，到了姑孰见王敦，但是王敦已死，王应就没让见，周光就猜到王敦已死，就跟周抚说了，于是周抚就退军逃走，王含一看支持不下去，就毁营连夜撤退。
此时明帝胜，王敦败已成定局。王含，王应逃奔到荆州，被荆州刺史王舒（允之的父亲）杀死，钱凤被周光杀死，用以将功补过，沈充逃亡到旧将周儒家中，被周儒杀死，首级送到建康。但后来周家却被沈充漏网的儿子沈劲灭族，不过沈劲与其父不同，以其父叛乱为耻，长大后立志建功以洗刷家族的耻辱，在洛阳与前燕军队大战，屡次大败燕军，最后粮尽援绝仍不放弃，坚守洛阳，城破之后坚决不屈被慕容恪杀死。沈劲用自己的荣光洗刷了自己家族的耻辱（后面会讲到）。
虽然晋明帝成为了最后的胜利者，但是将近两年的战乱，也让本就刚刚立国的东晋王朝元气大伤，只能困守江东，再也不能北向中原了。另外最可惜的就是晋明帝，其即位后奋发有为，平定王敦，但天不永年，尚未大展身手，在位仅仅三年就因病去世，年仅二十七岁。太子司马衍继位，是为晋成帝，但晋成帝继位时仅仅只有五岁，晋明帝临终托付王导录尚书事和中书令庾亮共同辅助晋成帝，主少国疑不能避免了。
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