汉武大帝刘彻，到了晚年的时候，不可避免地出现了恐惧死亡、害怕皇权旁落的多疑、猜忌心理，甚至对自己至亲之人都开始产生怀疑，认为他们会使用“巫蛊之术”来诅咒自己、对自己下蛊、让自己横死，随后夺取大汉帝国的至高权力。
因此，从征和二年（前91年）开始，汉武帝挑选了亲信的绣衣直指使者江充、御史章赣、按道侯韩说、黄门苏文等人，主持清查皇宫内外的行巫蛊之人、以及幕后的操控指使者。
当时，皇太子刘据因为一些事情，十分厌恶江充，甚至表露过自己登基之后，就立即杀掉江充的想法，江充对此非常害怕。恰好汉武帝此时授予了江充等人彻查巫蛊之事的权力，，于是江充利用这一次天赐良机，暗中在皇太子的宫中埋下了巫蛊法术木偶，以此构陷皇太子想要诅咒父亲汉武帝，让武帝因此去世，自己好提前登基。
皇太子刘据得知江充等人陷害自己，心中很是惶恐，想要面见汉武帝以自辩，但汉武帝此时不在长安城，而是在甘泉宫养病，江充等人又故意阻挡皇太子去甘泉宫见汉武帝，皇太子无以自明，又不想背负弑父弑君的骂名，因此在气愤难平之下，采用太子太傅石建的谏言，于当年七月，动用皇太子符令、及皇太子之母卫皇后的印绶，调动了长安驻军和部分平民发动兵变，将江充、韩说抓捕、随后处死，并占据了长安城以求自保。混乱之中，丞相、澎侯刘屈氂逃出长安，到甘泉宫向汉武帝告警。
刚开始时，汉武帝得知皇太子发兵诛杀了江充后，并不在意，还说：“太子肯定是怕江充胡乱攀扯，肆意查验各宫室，所以这样做，我回去后，太子必将羞愧而告罪。”随后，汉武帝派出使者，召皇太子到甘泉宫相见，以处置此事。
可派出的使者惧怕皇太子在暴怒之中失去理智，降罪甚至处死自己，因此根本不敢进城，在城外匆匆绕了一圈后，就急忙返回甘泉宫内，向汉武帝谎报，说皇太子确实是谋反作乱，拒不接受诏书，还要杀掉自己。汉武帝未辨真假，勃然大怒之下，断定皇太子实反，于是召见逃到甘泉宫的丞相刘屈氂，给他加盖了皇帝玺印的诏书，让他率军进攻长安，平定皇太子的叛乱。
刘屈氂是汉武帝第五子昌邑王刘髆的舅父海西侯李广利的亲家，彼此利益相关、结成一党。为了将来利益能够更大化，昌邑王能成为皇太子，他就想这一次彻底扳倒太子，扶立昌邑王。之前皇太子被江充逼迫而举兵，身为丞相的刘屈氂不惊反喜，故意不加干涉，还直接逃离长安，使得皇太子的过错被有意识扩大。
此次刘屈氂奉汉武帝的诏令出兵平乱后，火速率军队进入长安城，直接和皇太子的卫队、部分支持皇太子的平民大战了五天，长安城内因此血流成河，死伤巨万。
大战之后， ，皇太子的军队不敌丞相所率领的军队，皇太子只得放弃抵抗，带着部分家眷从长安城覆盎门逃出城。因为情况万分危急，所以皇太子出逃时，只带了两个年幼的儿子，皇太子的母亲卫皇后、妻子史良娣、孙子史皇孙刘进、皇孙夫人王翁须、皇女孙，以及刚刚出生没几个月的皇曾孙（史皇孙与皇孙夫人王翁须之子）等大部分家眷都留在了长安陈城内。
随后，除了主动自尽的卫皇后、以及年幼的皇曾孙之外，其余皇太子家眷、姬妾和门客都被入城的丞相的军队杀害，皇曾孙则被送到长安官狱中，听候处置。
征和二年（前91年）八月，皇太子逃到湖县泉鸠里隐居一个月后，行踪终于暴露，被闻讯追踪而至的军队包围，皇太子不愿意受辱、自缢而死，一起逃亡的两个皇孙也同时遇害。
数月后，汉武帝对这一次的父子相残惨剧有所醒悟，疼惜于皇太子冤屈自尽，于是开始对参与制造巫蛊案、陷害皇太子的佞臣们进行追责、惩罚。已死的江充被夷灭三族，黄门苏文被烧死在横桥上。当初积极追捕皇太子至泉鸠里、被汉武帝一度确认为功劳最大的莽通被公开处死，当时在泉鸠里追捕皇太子时，曾经对皇太子父子动过兵刃的人，统统被族灭。
故意纵容皇太子犯错，事后又几乎杀死皇太子满门的丞相阿刘屈氂，以及姻亲贰师将军李广利也被汉武帝认为是结党暗害皇太子，好制造机会让昌邑王继任皇太子，于是汉武帝将刘屈氂定为大逆不道之罪，于长安东市腰斩，诛灭其直系家族（刘屈氂是武帝亲侄、中山王刘胜之子、汉景帝之孙，所以不能夷三族。要不然连汉武帝本人都属于其内）。此时正率军出击匈奴的李广利在得知这个消息后，投降了匈奴，李氏宗族也被族诛。
虽然汉武帝认为皇太子是冤枉的，但皇太子毕竟私自动兵和父亲对抗，犯下了大罪，所以汉武帝并没有第一时间赦免皇太子唯一在世的血脉——皇曾孙，而是让他继续住在官狱中，没有想好怎么处置这个曾孙。
当时主管官狱的廷尉监邴吉很是可怜皇太子这唯一留下的血脉、于是将襁褓中的皇曾孙安排在宽敞、干净、暖和的房间中照顾，还指定性格柔和、行事稳重的女囚胡组、郭征卿两人负责哺育皇曾孙，同时，邴吉私下还用自己的俸禄买来衣食，交给胡组、郭征卿，抚养皇曾孙，邴吉对年幼的皇曾孙，实在是有莫大的恩德。
此后数年，孤苦无依的皇曾孙在邴吉的照顾下，顽强地在长安官狱中生活、成长，幸得上天和善良的人们照顾，皇曾孙身体健康、无病无灾，出于讨口彩、好养活的祝愿，皇曾孙得以被取名为“刘病己”。
后元二年（前87年）春二月，七十高龄的汉武帝病重，于是离开了长安城，在长杨宫、五柞宫内养病。当时，有术士向汉武帝奏报说，长安监狱内有天子气，恐对君王不利，晚年的汉武帝心情喜怒无常、并极度害怕死亡、于是派内谒者令郭穣返回长安，宣布自己的诏命，把长安城内二十六座官狱中的犯人，不分男女老幼、罪过轻重，一律杀掉，以消除威胁自己的王气。
当时，皇曾孙刘病己刚刚满五岁，还是住在官狱内，由邴吉安排人照顾。这个时候，郭穣已经奉汉武帝的诏令，连杀了数座官狱内的犯人，并来到了邴吉管理的官狱中，要执行汉武帝的诏令，杀掉狱内所有的犯人。
因为担心皇曾孙的安危，邴吉心急如焚，于是命令紧闭监狱大门，并大声呵斥郭穣说：“即使是一个普通人，都不能被无故杀死，何况皇曾孙还在这里！”坚持不开门放郭穣进来。
就这样，邴吉在狱内一直坚守到天亮，郭穣始终也没办法进入官狱，只好返回五柞宫，向汉武帝禀告此事，并趁机弹劾邴吉不奉皇帝诏令、形同谋反。但得知皇曾孙还在世的汉武帝却立即醒悟过来，非但没有处罚邴吉，反而无限唏嘘地自言自语：“这是上天注定，邴吉才会这样做吧。”
随后，汉武帝大赦天下，宣布官狱中的罪犯、除了谋逆罪之外，都可以出狱，年幼的皇曾孙刘病己，在邴吉的舍命保护之下，否极泰来，得以被释放，离开了居住五年的官狱。出狱后的皇曾孙因为父母家人已经全部去世、无依无靠，所以没有地方可去，邴吉怜悯这个小孩儿，把他接到自己家里，抚育了几个月。
后元二年（前87年）二月十二，汉武帝病重即将不治，临终前，汉前武帝下诏，正式立八岁的幼子刘弗陵为皇太子，同时，命宗正寺将流落在民间的皇曾孙刘病己录入宗室族谱中，承认了他的皇室身份。二月十四，在位五十四年的汉武帝刘彻驾崩，年七十一岁。二月十五，皇太子刘弗陵在辅政大臣霍光等人的支持下正式登基称帝，即汉昭帝。
比自己只大三岁的叔祖汉昭帝登基时，从官狱被释放的皇曾孙刘病己还在邴吉家中暂住，几个月后，邴吉找到皇曾孙的祖母史良娣娘家，亲手把他交给了史良娣的兄长史恭，切切摆脱史家好生抚育皇曾孙。
当时，皇曾孙的外曾祖母、史良娣的母亲贞君老太太还在世，看到外曾孙形单影只、孤苦无依的可怜样子后，心里很是难过，于是亲自照看、抚养刘病已，把他当做最亲最亲的晚辈对待，命运坎坷的皇曾孙从此生活才稍稍得以安定。
元凤元年（前80年），皇曾孙刘病己已经年满十二岁（虚岁），汉昭帝这时候已经从霍光口中得知了这个侄孙的事情，以及他出狱后的生活。出于亲亲之情、以及维护皇室的尊严，汉昭帝下诏，把皇曾孙从其祖母史良娣的母家中接出，改交给掖庭养育，使皇曾孙的生活待遇有了很大的改变。
当时的掖庭令张贺，曾曾经皇太子的家吏，受过皇太子的旧恩，一直想要报答皇太子，所以皇曾孙来到掖庭后，张贺对他很是体贴照顾， 除了朝廷赐予的份养育额外，还用自己的俸禄来供养刘病已，送他读书、教导他成长。皇曾孙得以在掖庭内健康成长、生活安逸。
此外，皇曾孙的叔祖汉昭帝还下诏重申了他的宗室身份，不过没有给他封爵，但平日里每逢朝廷有大典或者宴飨祭祀仪式时，皇曾孙都可以用平民的身份参与朝会、行礼赴宴。
元平元年（前74年）四月十七，汉昭帝因病驾崩于长安未央宫，因为他没有子嗣，所以汉家皇统遭遇断绝的危险。执掌朝政大权的大将军霍光经过一番挑选之后，以上官皇后（霍光外孙女）的名义下达诏令，征召昌邑王刘贺（汉昭帝侄子）赴长安，为汉昭帝的嗣子，先主持汉昭帝葬礼，再正式登基为帝。
元平元年（前74年）六月初一，昌邑王刘贺抵达长安，拜见上官皇后之后，于六月初二在汉昭帝灵柩前接受皇帝玺印、绶带，承袭了皇位，并尊上官皇后为皇太后。
但刘贺在成为嗣皇帝后，在短短二十七天内，就做了一千一百二十七件不符法度、祖制，并荒淫失德之事，并准备利用皇帝的身份掌握权力，趁机剪除霍氏势力。霍光辅政多年，在朝堂中耳目众多，很快知道此事，由此厌恶忌恨刘贺，于是和车骑将军张安世（掖庭令张贺的弟弟）策划废黜刘贺，另立新帝。
元平元年（前74年）六月二十八，霍光领头，丞相杨敞、宗正刘德、车骑将军张安世、御史大夫蔡谊等人附和，一起向上官皇太后陈述刘贺荒诞失德、不守礼法、的情况，郑重请皇太后下诏，废除其皇帝之位，另立新帝。上官皇太后下诏批准了群臣的弹劾，召刘贺觐见，当众宣布废黜他的皇帝之位，之后刘贺被送到宗正寺暂时居住。
刘贺被废黜后，霍光准备从宗室中挑选合适者，入继汉昭帝之嗣。此时，已经升为大将军长史、光禄大夫的邴吉向霍光推荐时年十八岁的皇曾孙刘病己，说他精通经术，人品端正、才能优异，请让他入宫服侍皇太后（就是继承皇位）。同时，朝廷重臣、太仆杜延年的儿子杜佗和刘病已相识、关系很好，车骑将军张安世的幼子张彭祖与刘病已又曾经同窗读书、情同手足，所以，杜延年和张安世都赞同邴吉的意见，向霍光推荐立皇曾孙为嗣皇帝。
霍光也觉得皇曾孙年轻无知、又没有强有力的家族势力以及外家作为援助，于是同意邴吉、杜延年、张安世的意见，向上官皇太后上奏说皇曾孙由掖庭抚养，从师学习、操行节俭、 慈仁爱人，可以作为孝昭皇帝之嗣。上官太后当然没有别的意见，马上同意了。
于是霍光派出宗正刘德为使者，到皇曾孙在长安城内的尚冠里居所，先以皇太后的名义给皇曾孙赐衣冠，再用太仆寺的专车将皇曾孙迎接到宗正府，然后斋戒沐浴、学习行礼，以备皇太后的召见。
元平元年（前74年）七月初四，皇曾孙刘病已以平民的身份进入皇宫未央宫，参拜上官皇太后。皇太后先授予刘病己阳武侯印绶，再让他出殿外会见群臣。在丞相杨敞的领头之下，群臣对阳武侯参拜行礼，然后郑重地将皇帝玺、绶进献给阳武侯。
阳武侯刘病已接受皇帝玺、绶后，再入殿内，叩拜皇太后，然后在群臣的簇拥下拜谒了高帝庙，正式即皇帝位，同时改名为“刘询”。当年那个出生不久就家破人亡、襁褓中便被关进监狱，五岁后又以平民身份流落于民间的孤苦幼儿，在经历了坎坷艰苦的青少年岁月后，终于得以登基称帝，走上了人生巅峰，这就是西汉第十代皇帝——汉中宗孝宣皇帝刘询。
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