伊犁，是新疆自然条件最优越的地方。为何？伊犁位于新疆的伊犁河谷，是新疆的第一宝地。首先，这里水资源丰富。伊犁处于天山南北山脉的三角形区域，伊犁河谷呈现一个呈喇叭口形，有利于接受从大西洋的水汽。
因而伊犁风坡降水量可达到600-800毫米，河谷地带也能够达到200-350毫米。这让伊犁成为了新疆最湿润的地区。而伊犁河的年径流量达到228亿立方米，和海河相当，是黄河的五分之二。这对于西北地区来说就是一个奇迹。
同时，伊犁的以天山为屏障，以开口面向整个中亚，在西边又有哈萨克的戈壁滩和巴尔喀什湖为天险，是西域民族经营、征服中亚甚至东欧的大本营。历史上，著名的西域大国都在伊犁河谷发展壮大，例如乌孙、西突厥、西辽、察合台汗国、准噶尔汗国等。
清代灭准噶尔汗国后，将伊犁作为新疆的首府，在此设置了伊犁将军府。当时的伊犁不仅仅要管理整个新疆的军务，还要对哈萨克进行羁縻控制。从地理位置上来看，伊犁处于整个中亚和新疆的中心位置。然而，随着俄国不断在中亚和西域扩张，导致伊犁逐渐成为了一座边城。
到1822年，俄国已经基本控制了哈萨克，于是废除了哈萨克的可汗制，将整个哈萨克纳入到了俄国的行政管辖范围内，此举标志着哈萨克汗国正式灭亡。随后，俄国开始在新疆渗透。1851年，俄国逼迫清朝签订了《伊犁塔尔巴哈台通商章程》。根据该条约，俄国取得了在伊犁、塔城修建房屋、货栈、免税贸易等特权；俄国可派领事管理贸易事务，若俄商违反当地规章制度即交俄罗斯贸易官员究办。通过这个条约，中国西北的口岸被打开。
不过，俄国的野心是喂不饱的。1862年，西北的陕甘和新疆爆发了大规模的回变，中国内陆通往西北交通被阻断，俄国则趁机要求和清朝划定西北的边界线，并且出兵占据了外西北大片土地。清朝不同意，俄国则威胁出兵帮助回军，进攻甘肃。清朝无奈，只能让乌里雅苏台将军和俄国签订了《勘分西北界约记》，中国失去了44万平方公里的土地。
在清朝忙于镇压陕甘回变的时候，浩罕国的军事贵族阿古伯在俄国的唆使下侵略新疆，建立了“哲德沙尔汗国”。俄国哪能错过这样的机会，他们公开越过《勘分西北界约记》划定的边界线，直接占领了伊犁。清朝多次要求俄国交换，俄国都以种种理由拒绝。
左宗棠歼灭阿古柏入侵势力后，正式向俄国提出了收回伊犁。当时，叛乱分子白彦虎等逃亡了俄国，伊犁将军金顺派遣使者到阿拉木图，要求俄国交还伊犁事兼引渡白彦虎，俄国方面将之拒绝。
于是，清朝方面在1878年派遣盛京将军完颜崇厚出使俄国，进行谈判。完颜崇厚只知道伊犁非常重要，必须收回，但是在其他方面则没有原则。他出使俄国之前，翰林院侍讲张佩纶建议他走陆路，到新疆和左宗棠商量后再进入俄国，但是完颜崇厚还是乘船到达了俄国，这就使得他和左宗棠缺乏必要的沟通。
完颜崇厚到达俄国后，俄国方面根本就没有准备谈判，他们干脆让白彦虎、伯克
胡里的残部进犯新疆，结果被清朝抓住了把柄，外交上陷入了被动。这样，俄国才正是和完颜崇厚进行谈判。完颜崇厚在外交上一窍不通，他不懂利用俄国被动的局面，反而被俄国胁迫愚弄。他将谈判内容发给北京，清廷认为大苛刻，要求完颜崇厚拒绝，然而完颜崇厚却擅自和俄国签订了《交收伊犁条约》。
崇厚
此条约规定，中国向俄国赔偿500万卢布的“代守损失”；将霍尔果斯河以西及伊犁南境的特克斯河流域的大片土地割让给俄国，如此就让伊犁成为了一座孤城；俄国商人可以在新疆全境开展免税贸易；俄国在嘉峪关、乌鲁木齐、哈密、吐鲁番、古城、乌里雅苏台、科布多等地设立领事馆。
消息传来，举国震惊，朝廷上下都痛斥完颜崇厚，要求拒绝签约。经过廷议后，慈禧太后听取大家的意见，将完颜崇厚下狱论罪。1880年，清朝照会俄国，表示完颜崇厚签订的条约“违训越权”，“窒碍难行”，要求修改。于是，清朝派遣曾纪泽到俄国进行谈判。
曾纪泽（1839年—1890年），是曾国藩的次子，为中国近代史上著名的外交家。他从小接受严格的教育，精通经史、算术。洋务运动展开后，他又力学英语，研究西方科技文化，被人们称赞为“学贯中西”。
曾纪泽
1878年，慈禧太后派遣他出使英国、法国，在英法订造船炮。在此期间，他深入了解欧洲各国的历史和社会，研究国际法。他亲自负责大使馆的建设，提倡节约，防止贪污，得到了欧洲国家的敬重。
当清朝决定派遣曾纪泽进行谈判后，俄国则试图以武力威胁中国。他们在东北到西北的漫长边疆上陈兵无数，甚至派遣舰队到达中国沿海。清朝见状，也准备开战，而左宗棠当时已经年近七旬，他不顾年迈，让士兵抬着棺材进入新疆，决定以武力收复伊犁。
清朝难得的强硬反而让俄国有些力不从心。当时，俄国和土耳其的战争刚刚结束，财政空虚，于是不得不同意和中国谈判。1880年，曾纪泽到达彼得堡。由于之前崇厚已经和俄国签订了苛刻的条约，使得曾纪泽谈判的难度很大，所谓“俄人桀骜狙诈，无端尚且生风”“探虎而索已投之食”。他研究了总理衙门的文件，决定采取“宽于商贾而严于界址”的指导思想，选择“力争分界，酌允通商”。
的确，钱赔出去的可以赚回来，但是土地割让出去了就很难收回了。于是他提出要收回伊犁全部地区，减少通商口岸、领事馆数量以及贸易特权。俄国方面收到这些条款后，立即翻脸，扬言将谈判地点改在北京。清廷最担心外国人在北京谈判，因此要求曾纪泽作出适当的让步。
随后，谈判恢复。俄国得知清朝不想割让土地，于是不再坚持割占特克斯河谷地区，而是要求得到更多的特权和赔款。最终，双方签订了《伊犁条约》。
根据此条约，曾纪泽收回了伊犁九城和特克斯河谷2万平方公里的土地，但是依然割占了7万多平方公里的领土。在通商特权方面，将“均不纳税”收为“暂不纳税”；在领事馆方面，将新增的领事馆数量减少到2个。赔款方面则由500万卢布增加到了900万卢布。
《伊犁条约》失地情况
和之前相比，《伊犁条约》依然未能收回伊犁全部地区，但是保住了更多的土地，也适当减少了俄国的特权。所谓弱国无外交，曾纪泽能够争取到此种局面已经十分不容易。当然，清朝最后也一定程度上软弱了，不然全国上下同心，一定能够让俄国归还整个伊犁。
收回伊犁后，左宗棠、谭钟麟和刘锦棠等提出了在新疆设省的方案。1884年，新疆省正式成立，刘锦棠为甘肃新疆巡抚、魏光焘为新疆布政使。从此，新疆就正式和内陆的行政区划整齐划一，加速了新疆的改土归流，促进了新疆的经济发展。此后的20年，新疆相对稳定，直到辛亥革命的爆发才再次出现危机。
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