1945年9月，美国以联合国名义占领日本，细菌学专家莫瑞·桑德斯奉命前往日本調查日军细菌战内幕。他却没有料到，日方派给他的助手竟是细菌战骨干成员、军医内藤良一。由于日方的层层设阻，桑德斯尽管间接获得一些包括人体实验的情报，却始终无法打开以石井四郎为首的细菌战骨干成员的缺口。后来经过内藤的“点拨”，桑德斯获知若想获得细菌战资料，前提是必须对细菌战战犯免于追究。于是桑德斯请示麦克阿瑟，麦克阿瑟明确表示了免于战犯追究，获取细菌战资料的基本方针。
这以后，美国政府又相继派出汤普森、费尔、希尔等几任调查官，与石井四郎等细菌战战犯展开周旋，其根本目的是不惜一切代价获得细菌战资料，即使对这些反国际法、反人道的细菌战战犯网开一面也在所不惜。
当时的日本执政当局为了保护天皇不作为战犯受到审判，串通并指使石井等细菌战战犯暗箱操作，为美国调查官层层设阻。内藤则是中心人物，由他出面向北野政次、增田知贞等骨干成员发出指示，订立口径一致的攻守同盟。
在内藤给北野的信中，明确指示其不得供出“0”和“保作”。“0”即人体实验，“保作”即细菌攻击作战。
另一方面，还是由内藤出面，不断向美国调查官发出暗示。1947年4月22日，另一名细菌战骨干成员龟井贯一郎以传达增田知贞态度的名义向美国调查官提出：“增田知贞急于和你（费尔博士）合作，但是利用细菌战进攻的话题是非常敏感的，而且从前与研制细菌战有关的日本人都不愿再提起。战败后不久，石井要求他的下属不准寄匿名信控告他在细菌战中进行人体试验，或要求把他作为战犯起诉。所以，日本有关人员不敢说出实情，担心自己或其他人被牵连其中。日本投降后，由桑德斯和汤普森负责的审问很快就开始进行了，然而，如果让了解实验详细情况的工作人员确信，审问只是从单纯的科学角度出发，我相信你会得到更多信息。”
1947年4月22日，龟井贯一郎向美国细菌战调查官表示：“增田知贞承认进行过人体实验，受害者是犯有死罪的'马路大，参与人体实验的人员曾发誓不透露事情真相。但我确信，如果审问出于科学角度，你会得到详细情报。”细菌战犯的表白，共同之处是以细菌战资料为诱饵，换取美国不予追究细菌战战犯的承诺。
1947年5月8日及5月9日，美国明确表明了不作为战犯予以追究的态度，石井四郎才最后登场表示愿意为美国效劳。1947年5月6日，美国占领军总司令部致电请示国内最高当局，决定对石井四郎等人提供的细菌战资料“不作为战犯证据使用”。
1947年8月1日，美国国务、陆军、海军三部远东委员会正式以SFE188/2文件下发，批准了占领军总司令部的方案。这样，美国以攫取日军细菌战资料为筹码，免于追究细菌战犯的美日肮脏交易达成。据美国调查官费尔1947年6月20日的报告，美国获取的细菌战资料包括19名日军细菌战重要人物撰写的报告书;对中国实施12次细菌战攻击的资料及地图;8份关于细菌战的报告和文件等。同年8月，又获取3份报告及显微镜照片。此外，费尔报告中未提及的还有一份现存美国国家档案馆的《Q报告》（计744页），系1940年日军细菌部队对农安、长春等地57名鼠疫死亡患者的解剖报告。
以石井四郎为首的日军细菌战犯因此逍遥法外，甚至有人重返日本政府的医疗、疫学、防疫等机构，还有人担任日本国立大学校长、医学部长、绿十字协会会长、医疗关系会社社长等要职，继续掩盖战争时期犯下的不可饶恕的罪行，也使日军细菌战罪恶长期隐匿在黑暗之中。
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