历代中医珍本集成共分为十四大门类介绍：1.医方类2.儿科类3.本草类4.内科类5.外科类6.养生类7.通论类8.医案类9.妇科类10.眼科类11.针灸类12.伤寒类13.医经类14.诊断类.

第1册：医津一筏/(清)江之兰撰

医经读/(清)沈又彭撰

素问校义/(清)胡澍著

内经辨言/(清)俞樾著

第2册：群经见智录/恽树珏著

内经讲义/恽树珏著

读内经记/秦伯未著

第3册：伤寒总病论/(宋)庞安时撰

伤寒微旨论(宋)/韩祗和撰

伤寒明理续论/(明)陶华撰

第4册：伤寒补亡论/(宋)郭雍撰

第5册：伤寒六经辨证治法/(清)沈明宗编注

伤寒论研究/恽树珏撰

第6册：本草衍义/(宋)寇宗奭撰

本草衍句/不著撰者

第7册；用药禁忌书/陆循一纂

第8册：南阳药证汇解/(清)吴槐绶著

论药集/恽树珏著

第9册：博济方/(宋)王衮撰

杂类名方/(元)杜思敬辑

第10册：史载之方/(宋)史堪撰

全生指迷方/(宋)王贶撰

洪氏集验方/(宋)洪遵撰

类证普济本事方续集/(宋)许叔微撰

第11册：局方发挥/(元)朱震亨撰

虺后方/(明)喻政辑

凌临灵方/(清)凌奂撰

金匮翼方选按/恽树珏辑

第12册：䱐溪单方选/陆晋笙辑

䱐溪外治方选/陆晋笙辑

第13册：察病指南/(宋)施发撰

脉诀指掌/(元)朱震亨撰

三指禅/(清)周学霆撰

第14册：黄帝内经太素四诊补证/(隋)杨上善撰注，(清)廖平补证

脉诀秘传/(清)沈李龙撰

脉学发微/恽树珏撰

第15册：学医随笔/(宋)魏了翁撰

活法机要/(元)朱震亨撰

医经溯洄集/(元)王履著

云岐子保命集论类要/(金)张璧撰

第16册：马氏医论/(清)马文植著

知医必辨/(清)李文荣著

医易一理/(清)邵同珍著

和缓遗风/(清)金子久著

第17册：临证笔记/恽树珏著

论医集/恽树珏著

第18册：摄养枕中方/(唐)孙思邈撰

推篷寤语/(明)李豫亨著

病榻寤言/(明)陆树声著

医先/(明)王文禄撰

老老恒言/(清)曹庭栋著

巢氏病源补养宜导法/(隋)巢元方原著，(清)廖平辑，(清)曹炳章补辑

第19册：食医心鉴/(唐)昝殷撰

饮食须知/(元)贾铭著

食鉴本草/(清)费伯雄撰

随息居饮食谱/(清)王士雄撰

第20册：阴证略例/(元)王好古著

温证指归/(清)周魁著

第21册：证治心传/(明)袁班辑

医阶辩证/(清)汪必昌著

医学妙谛/(清)何其伟著

评琴书屋医略/(清)潘名熊著

第22册：素女方/不著撰者

病症辨异/陆成一编

第23册：咳论经旨/(清)凌德辑

治蛊新方/(清)路顺德纂

风劳鼓病论/恽树珏著

第24册：刘涓子鬼遗方/(南北朝)刘涓子撰，(南齐)龚庆宣编

外科精义/(元)齐德之著

第25册：集验背疽方/(宋)李迅撰

外科方外奇方/(清)凌奂撰

疡科纲要/张寿颐撰

第26册：钱氏儿科案疏/(宋)钱乙原著，张山雷疏注，何光华补注

保赤新书/恽树珏著

第27册：田氏保婴集/不著撰者

幼科金针/(明)秦昌遇著

儿科醒/(清)芝屿樵客撰

第28册：慈幼新书/(明)程云鹏辑

第29册：产育宝庆集/(宋)郭稽中纂

卫生家宝产科备要/(宋)朱端章辑

女科折衷纂要/(清)凌德辑

第30册：沈氏女科辑要笺疏/(清)沈又彭辑，张寿颐笺疏

第31册：女科秘诀大全/(清)陈莲舫编

第32册：备急灸法/(宋)闻人耆年编

十二经穴病候撮要/恽树珏辑

针灸医案/李长泰著

第33册：程松崖眼科/(明)程玠撰

一草亭目科全书/(明)邓苑撰

异授眼科/不著撰者

眼科三字经/(清)胡巨瑗著

第34册：罗谦甫治验案/(元)罗天益著

怪疴单/(元)朱震亨著

仿寓意草/(清)李冠仙撰

第35册：曹仁伯医案论/(清)曹存心著

过庭录存/(清)曹存心著

千里医案/(清)张千里著

金氏门诊方案/(清)金子久著

第36册：惜分阴轩医案/周镇著

第37册：医案摘奇/(清)傅松元著

雪雅堂医案/(清)张士骧著

第38册：药盦医案全集/恽树珏著

第39册：䱐溪医案选摘要/陆咏㛑辑

第40册：清代名医医话精华/秦伯未编[1]

（括喻嘉言医话精华，魏玉璜医话精华，张石顽医话精华，徐灵胎医话精华，何鸿舫医话精华，林义桐医话精华，王孟英医话精华，李冠仙医话精华，齐有堂医话精华，许珊林医话精华，徐玉台医话精华，程观泉医话精华，许恩普医话精华，余听鸿医话精华，吴东旸医话精华，李修之医话精华，张畹香医话精华，姚龙光医话精华，张希白医话精华，魏筱泉医话精华）